常用的linux命令

1. 命令邏輯

在liunx中幾乎所有命令以及軟件運(yùn)行的邏輯茵休，都是

命令或者軟件名開頭+具體運(yùn)行參數(shù)+文件名

命令邏輯（格式）：

命令 + 參數(shù) + 文件

options parameter filename
例子1：
tar -zxvf data.tar.gz
例子2：
bowtie -v 0 -x 參考基因組 -1 reads1 -2 reads2 -S 輸出文件

在例2中薪棒，
bowtie為命令;
-v,-x,-1,-2,-S都為參數(shù)；
參考基因組泽篮，輸出文件盗尸，reads1/2為文件

2. 命令快捷鍵

pwd:   print working directory 顯示工作目錄
    
cd:    change directory 切換目錄
    
ls:    list information about the files 顯示當(dāng)前目錄文件信息
    
. :    當(dāng)前目錄 

..:    上級(jí)目錄
    
~ ：   家目錄
    
/ :    根目錄或者目錄分隔符
    
Tab    ：補(bǔ)全
    
Ctrl C : 終止任務(wù) #遇到刷屏的時(shí)侯柑船，很有用
    
Ctrl U : 剪切光標(biāo)位置到行首的字符
    
Corl K : 剪切光標(biāo)位置到行尾的字符
    
Ctrl L : 清屏
    
Ctrl E : 回到行尾
    
Ctrl A : 行首
    
Ctrl W : 剪切一個(gè)單詞
    
Ctrl Y ： 粘貼
    
Ctrl Z : 暫停任務(wù)

3. CD命令（切換文件夾）

cd   ##切換到上層目錄 相對(duì)路徑
    
cd ../..  ##切換到上上層目錄 相對(duì)路徑

cd /    ##切換到根目錄

cd /bin ##切換到根目錄下的bin帽撑，絕對(duì)路徑

cd ~   ##回到用戶家目錄
cd      ##同上
cd -   ##返回上一次的工作目錄

4.ls 顯示當(dāng)前目錄文件信息

-a ##列出全部文件，包括隱藏文件
-l ##列出目錄詳細(xì)信息
-h ##將目錄容量轉(zhuǎn)換為人類易讀方式 human
-s ##以文件大小排序 size
-t ##以時(shí)間排序 time
-R ##遞歸目錄列出文件
-d ##顯示目錄本身鞍时，而非目錄下文件亏拉、
我常用：ls  -ltAh
每次輸很麻煩扣蜻，可以將這個(gè)命令寫入到.bashrc文件中，
以后每次輸入lr就可以了及塘，如下圖莽使。
vim ~/.bashrc
    alias lr='ls -ltAh --color' 

5.建立文件夾或者文件

創(chuàng)建文件夾：
mkdir  make a directory
mkdir fileName

創(chuàng)建文件：
touch 摸出一個(gè)文件，空格連續(xù)創(chuàng)建多個(gè)文件夾
touch 2 3 4 5  
> 標(biāo)準(zhǔn)重定向符允許我們創(chuàng)建一個(gè) 0KB 的空文件笙僚。
vim fileName 

6. 文件命名規(guī)則和方式

規(guī)則：
不要用 / 芳肌，所有的字符都合法。
空格符肋层、制表符亿笤、特殊字符 @  $ & ( ) - 等，
最好不要用栋猖。

方式：
 連字符間隔
 my_first_type
 
 蛇形命名
 myFirstName
 
一般用連字符間隔更好一點(diǎn)净薛，避免出錯(cuò)

7.文件移動(dòng)刪除復(fù)制命名

- 移動(dòng)  mv filename  路徑
- 重命名 mv file file2 
- 復(fù)制 cp filename 路徑
- 刪除 rm 文件名
- 批量刪除 rm -rf *共有文件名部分
         - [-f]  ## force 強(qiáng)制刪除
         - [-i]  ## 在刪除前提醒
         - [-r]  ## 刪除文件夾 

例如 rm -rf *fastq 
刪除所有以fastq結(jié)尾的文件。
   

8.創(chuàng)建軟鏈接

- 相當(dāng)于創(chuàng)建快捷方式
- ln link 鏈接
   - 軟鏈接（常用）
   - 硬鏈接（默認(rèn)）
- 常見參數(shù)：不加參數(shù)為硬鏈接 加 -s 軟鏈接
- ln -s 路徑   (絕對(duì)路徑)
- ln -s 目標(biāo)文件  目標(biāo)路徑

9.文件夾和文件管理

- tar : tape archive 壓縮或者解壓文件
   - -c  ##   創(chuàng)建新的壓縮文件
   - -x  ##   解壓縮
   - -f  ##   輸出結(jié)果到文件或設(shè)備
   - -v ##   在處理文件時(shí)顯示進(jìn)度
   - -j  ##   輸出bzip2
   - -z ##   輸出給gzip
 -  解壓 （常用）
   - tar -zxvf  壓縮包名 
   - tar -zxvf *tar.gz (批量解壓)
  
  - 壓縮 （常用）
    - tar -zcvf  壓縮后的名稱 待壓縮文件名
        

10. 文件查看

- cat     
  -A ## 列出所有內(nèi)容
  -n ## 打印出行號(hào) 
  -b ## 參數(shù)僅打印出非空白行號(hào)    
 cat >file   [>重定向]  看到的輸出的一個(gè)文件里
 cat >>file 不覆蓋原文件內(nèi)容蒲拉，添加內(nèi)容到文件里
 
- zcat 查看壓縮文件 
- tac 逆向查看 

- head 看頭十行   -n ##參數(shù)看多少行
- |  管道符 ## 前一個(gè)命令結(jié)果 輸出到 下面命令
- tail  -n 100 ##看后100行,默認(rèn)10行

- more 主頁查看 空格翻頁肃拜，回車換行。

- less  
   - -N 顯示行號(hào)
   - -S 單行顯示
   - zless 查看壓縮文件[[#^ua4qw9]]
   - q 退出
   - 空格翻頁
   - enter 下一行
   - 上下左右查看文本內(nèi)容
 常用 less -ns  單行查看并且顯示行號(hào)

11. 文本查看 操作 統(tǒng)計(jì)

- wc 統(tǒng)計(jì)文本 words count
   - -l 統(tǒng)計(jì)行數(shù)
   - -w 統(tǒng)計(jì)字符串?dāng)?shù)
   - -c 統(tǒng)計(jì)字節(jié)數(shù)
   - cat fileName | wc -l


- cut #####文本切割
   - -d ## 指定分隔符 默認(rèn) \t (制表符)
   - -f ## 輸出哪幾列 （字段fields) 5雌团，1-3
   - less -NS 文件名 | cut -f  數(shù)字（第幾列）
   - less -S 文件 | cut -d 'F' 1
  cat NPB_bwa_clean.out | cut -f 98,698 > NPB_bwa_clean_600line.bam

- sort #####排序 
   - -n 按照數(shù)值從小到大排序
   - -V  按照字符串中含有的數(shù)值進(jìn)行排序
   - -r 逆向排序
   - -k 指定區(qū)域
   - -t 指定分隔符

- uniq :####去除重復(fù)行（只能去除相連的重復(fù)）
    - -c 統(tǒng)計(jì)每個(gè)字符串連續(xù)出現(xiàn)的行數(shù)
    - cat file1 | cut -f 3 | sort | uniq -c
    
- paste #####文本合并（合并到文件的右邊）
    - -d 指定分隔符
    - -s 按行合并  
    - cat 文件1 文件2 > 文件3 用于文件拼接

12. 文件字符編輯

- tr #### 字符替換
  - -d 刪除指定字符
  - -s 縮減連續(xù)重復(fù)字符
  - cat 文件名 | cut -f 4 | head | tr ' ' '\t'（把空格替換成tab鍵）


- grep 文本搜索工具燃领，可以使用正則表達(dá)式匹配模式搜索文本，并把匹配行打印出來
  - -w word精確查找某個(gè)關(guān)鍵詞
  - -c 統(tǒng)計(jì)匹配成功的行的數(shù)量
  - -v 反向選擇辱姨，即輸出沒有沒有匹配的行
  - -n 顯示匹配成功的行所在的行號(hào)
  - -r 從目錄中查找pattern
  - -e 指定多個(gè)匹配模式
  - -f 從指定文件中讀取要匹配的pattern
  - -i 忽略大小寫

正則表達(dá)式 是對(duì)字符串操作的一種邏輯公式柿菩，就是用事先定義好的一些特定字符，及這些特定字符的組合雨涛，組成一個(gè) ”規(guī)則字符串”枢舶，這個(gè)“規(guī)則字符串”用來表達(dá)對(duì)字符串的一種過濾邏輯。
  - ^  行首
  - $ 行尾
  - .  換行符之外的任意單個(gè)字符
  - 替久？匹配之前項(xiàng)0次或者一次
  - + 匹配1次或者多次
  - * 匹配0次或者多次
  - {n} 匹配n次
  - ｛n,｝匹配至少n次
  - ｛m,n｝至少m,最多n
  - [] 匹配任意一個(gè)
  - [^] 排除字符
  - | 或者

- cat fileName | grep '^A'
- cat fileName | grep ')$'


流編輯器 一般用來對(duì)文本進(jìn)行增刪改查（直接顯示屏幕上）
- sed -選項(xiàng)    ‘腳本’   文件名
 - -n 禁止顯示所有輸入內(nèi)容凉泄，只顯示經(jīng)過sed處理的行
 - -e 直接在命令模式下進(jìn)行sed的動(dòng)作編輯，接要執(zhí)行的1或多個(gè)命令
 - -i 直接修改讀取的文件內(nèi)容蚯根，不輸出 
 - script 腳本
   - 2 取第二行
   - 2,4 取第二行到第四行
   - 2后众，$ 取第二行到最后一行
   - 2~3 從第二行開始，每隔三行取一行
   - 2颅拦，+4 取第二行到2+4行
   - /pattern/ 匹配上 pattern 的行
   - [!]表示否定
   - a: append 在指定行**后**添加一行內(nèi)容為 a 后面接的字串
   - i: insert 在指定行**前**增加一行 ,內(nèi)容為 i 后面接的子串
   - -d: delete 刪除某一行或者某幾行蒂誉，也可指定刪除匹配上的行
   - c: change 改變指定行的內(nèi)容
   - s 替換 使用格式為 ’s/pattern(要替換的字符)/new（字符）[flags]'
   把pattern替換成new，默認(rèn)只替換一個(gè)距帅，可以指定flag替換多少
   - y 轉(zhuǎn)換 實(shí)現(xiàn)字符一對(duì)一轉(zhuǎn)換 格式 ‘y/inchars/outchars/'
   - p: print 把匹配或者修改的行打印出來右锨，通常與-n聯(lián)用

- sed提取某一行
sed -n '1,10p' > a.txt

- 統(tǒng)計(jì)特定字符串出現(xiàn)的次數(shù)

grep -o targetStr 文件名 | wc -l
  
grep -o targetStr_1\|targetStr_2\|targetStr_3…… 文件名 | wc -l

awk -v RS="@#$j" '{print gsub(/N/,"&")}' 文件名

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