【R語言學(xué)習(xí)】生信人應(yīng)該這樣學(xué)R語言--學(xué)習(xí)筆記(3)

  1. 多個探針對應(yīng)同一個基因取最大表達(dá)量探針極簡代碼

  2. 學(xué)習(xí)資源:

  3. 看分布數(shù)目:table(a[,8] == "RNA-Seq");

    返回行號:which(a[,8] == "RNA-Seq")或者grep("RNA-Seq",a[,8]grepl("RNA-Seq",a[,8]返回T或F);

    獲取行:b<-a[which(a[,8] == "RNA-Seq"),] 或者b<-a[a[,8]=="RNA-Seq",]嚣伐。

  4. t.test(a,b) t檢驗

  5. sub("PE","",tmp) 替換赂毯;

  6. unique(sub("PE","",tmp))

  7. boxplot(log(exprSet+1)) 注意要+1战虏;

  8. exprSet<-exprSet[apply(exprSet,1,function(x) sum(x>1) > 5),]

  9. a<-read.csv("*.csv",stringsAsFactors)<-F)

42.略

  1. vignette()查看某個包的幫助文檔。如vignette("stringr")

  2. ggpubr boxplot 搜索

  3. shiny交互網(wǎng)頁

  4. localhost 查看服務(wù)器

  5. HTML](https://www.w3school.com.cn/html/index.asp)及HTML DOM基礎(chǔ)知識党涕,實例:peerJ期刊探索烦感、爬取開放期刊影響因子及審稿時長

  6. ID轉(zhuǎn)換大全

  7. R語言中的排序,集合運算膛堤,reshape手趣,以及merge總結(jié)

  8. 對entrez ID 跟symbol表示的基因進(jìn)行KEGG注釋

  9. 傳送門生信編程題目

  10. R基礎(chǔ)繪圖:

    text(a,b,,labels=" ",font=1肥荔,...) #a,b指坐標(biāo)绿渣,font字體,cex方法倍數(shù)燕耿,pch符號(點的樣式)中符,lty線的類型,lwd線的寬度

    rug(cars$dist,side = 2) rug坐標(biāo)軸及密度誉帅,bty邊框

    grid(nx=NA, ny=8, lwd=1, col='skyblue') grid網(wǎng)格

    type=p淀散、l、c蚜锨、s等: 點档插、線、其他

    plot(pv~uv,xlab=R.version.string,ylab = Sys.time()) Sys.time()

    pv <- sample(100,10) sample()

    segments(pv[1],uv[1],pv[5],uv[5]) 線段

    arrows(1,3,8,3,angle = 60);text(9,3,'angle=60') 箭頭類型 angle=0,30,60,90

    lines() 折線圖亚再, barplot()柱狀圖(beside=T)郭膛、條形圖(horiz=T),

    #設(shè)定顏色
    library(RColorBrewer)
    col <- brewer.pal(11,'Spectral')[1:11]
    

    title(main= ,sub= )

    #ggplot作圖
    ggplot(mpg, aes(displ, hwy,color=class)) +
      geom_point() +
      facet_wrap(~class)
    
    ggplot(mpg, aes(hwy)) + geom_histogram()  #直方圖
    ggplot(mpg, aes(manufacturer)) + geom_bar()  #柱狀圖
    ggplot(mpg, aes(hwy)) + geom_freqpoly()  #頻率多邊形
    ggplot(economics, aes(date, unemploy / pop)) +geom_line()  #時間序列
    ggplot(economics, aes(unemploy / pop, uempmed)) + geom_path()  #路徑圖
    
  11. P13氛悬、P20(10min)饲鄙、P31-33習(xí)題講解 暫時跳過

  12. 安裝包常用命令:

install.packages(" ",repos = "http://mirror./////")

BiocManager::install(" ")

devtools::install_github("davidgohel/ReporteRs")
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