最近又重新做起了進化，這里就記錄一下的在這個過程中遇到的問題吧~
這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問：
報錯情景：hmmer / hmmsearch寞奸，在使用pfam下載的文件時痕貌，并不報錯，但是相同的命令用于hmmbuild構(gòu)建的hmm文件時雄可，出現(xiàn)以下報錯：
報錯信息：如下圖
可能原因分析：由于官方文件并不報錯凿傅，那么問題就出現(xiàn)在hmm文件，或者是hmmbuild上了数苫，查看構(gòu)建的文件聪舒，缺少幾行參數(shù)：
雖然domain不一樣，但是大體不影響虐急。問題應(yīng)該就出現(xiàn)在這個上面箱残，可是怎么解決呢？
檢索內(nèi)容：
首先站內(nèi)搜索了一下止吁，有一個hmmer之hmmsearch用法翻譯被辑，沒有找到源頭問題，因此翻查了用戶手冊敬惦，鏈接如下：
http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf
解決方案：
找到問題所在了盼理，出在hmmbuild上，并沒有使用 Stockholm 格式的比對文件俄删，同時需要提供這些相關(guān)選項的注釋宏怔。
在使用沒有這些信息的hmm文件時，不能使用
--cut-ga --cut-nc --cut-tc 參數(shù)畴椰。
問題拓展：
這三個參數(shù)對應(yīng)的模型是否有特殊的應(yīng)用場景臊诊？
如果不使用這個參數(shù)，是否對分析會產(chǎn)生較大影響斜脂？
還有一個神奇的視頻教程抓艳，由于售價499我就沒有進去瞧瞧...
這個文檔應(yīng)該有續(xù)篇，如果有大神能夠幫忙解決的話帚戳，煩請賜教玷或，感謝~
