劉小澤寫于2020.3.27
ChIP-Seq的目的是研究感興趣蛋白在基因組上的結合位點森篷，可以用來鑒定轉錄因子（transcription factor, TF）的結合位點或者轉錄后更廣范圍的組蛋白修飾（histone marks），一般與調控元件有關个粱。
高通量測序（high-throughput sequencing ,HTS）2005年首次提出客们，平臺包含了：二代測序Illumina/Solexa, Roche/454, SOLiD (ABI), Ion Torrent以及三代測序Pacbio（曾打算被illumina以12億美元收購，但未成功）, Oxford Nanopore。這里主要討論illumina產出的數(shù)據(jù)（畢竟現(xiàn)在市場份額最大叙淌，2018年達到83.9%），其他平臺也是類似耗啦，只不過在文庫制備凿菩、測序的步驟有差別。
染色質免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation 帜讲，ChIP）技術誕生很早衅谷，由Orlando等人創(chuàng)立于1997年，發(fā)表于2000年似将，先利用Microarray技術 ChIP-chip获黔，后2007年利用DNA sequencing技術 ChIP-seq。
詳細的實驗步驟：
- 交聯(lián)染色質免疫沉淀的 ChIP 方案 (crosslinking/X-ChIP=》主流)：https://www.abcam.cn/protocols/cross-linking-chromatin-immunoprecipitation-x-chip-protocol-2
- 自然染色質免疫沉淀方案 (native/N-ChIP)：https://www.abcam.cn/protocols/native-chromatin-immunoprecipitation-protocol
染色質準備
整個流程從福爾馬林對染色質上的蛋白與DNA交聯(lián)開始
染色質是指間期細胞核內由DNA在验、組蛋白玷氏、非組蛋白及少量RNA 組成的線性復合結構，是間期細胞遺傳物質存在的形式
染色體是指細胞在有絲分裂或減數(shù)分裂過程中腋舌，由染色質聚縮而成的棒狀結構盏触。 實際上，兩者化學組成沒有差異，而包裝程度即構型不同
這樣就相當于拍了個照片赞辩，把基因組上分布的蛋白質和各種修飾定格下來
然后雌芽，把交聯(lián)的染色質進行超聲裂解，一般破碎后的片段大小為200bp左右
note：
以上是采用交聯(lián)的ChIP-seq（X-ChIP）辨嗽，如果是N-ChIP則采用微球菌核酸酶裂解染色質以獲取DNA片段（一般會得到147bp左右的片段）世落，這種方案一般用于組蛋白修飾；但對于其他轉錄因子的研究糟需，如果交聯(lián)方法使得抗原表位（就是抗原決定部位）被掩屉佳，不能被抗體識別，那么也可以使用N-ChIP去做洲押；但真心不推薦使用N-ChIP去做轉錄因子的研究武花，因為它們和染色質的結合比較松散，而N-ChIP的方法可能會破壞這本來就松散的聯(lián)系诅诱，丟失很多相關的DNA
抗原表位指抗原表面上決定抗原特異性的化學官能基髓堪。 抗原表位可被免疫系統(tǒng)（尤其是抗體、B細胞或者T細胞）識別娘荡。
免疫沉淀
接下來干旁，與蛋白特異性結合的 或者 與感興趣的修飾部位特異結合的 抗體就出動了。用來識別蛋白-DNA復合物并帶它們出來（俗稱“拉下來”）炮沐。而這些抗體本身是帶有“標簽”的（可以想象成：抗體一個頭有一個磁鐵N極争群，待他把蛋白-DNA復合物結合，完成任務后大年，總部使用另外的磁鐵S極把這個抗體連同復合物一起救走）【術語是：be pulled down and enriched using beads binding to the antibody】
救回來以后换薄，要進行清洗（去掉那些沒有特異性結合的），蛋白又被消化掉翔试，剩下的DNA被收集純化起來轻要，準備建庫和測序
建庫
一般需要修補DNA的兩端、加上接頭垦缅，另外如果測序儀的一條lane需要測不同的樣本冲泥，那么還需要為DNA加上用于區(qū)分樣本的index 接頭（方便測序結束后將reads歸類）
該加的都加好后，進行純化和PCR擴增（保證測序上機濃度）壁涎。而擴增這里就是眾所周知的引入偏差的一環(huán)凡恍，在保證上機濃度前提下，PCR擴增的循環(huán)數(shù)應該限制到越小越好怔球。之后建好的文庫嚼酝，就要加載到測序儀的玻璃載片（術語：flow cell，和顯微鏡的玻璃載片很像）進行測序
測序
對DNA片段測序都是從5’測到3‘竟坛，接頭也分正反（forward and reverse兩種類型）闽巩，它們也是隨機連接到雙鏈DNA片段上的钧舌；
單端測序：可以從forward或者reverse任一個接頭一端開始
雙端測序：從forward和reverse接頭同時開始
產生的測序讀長（read，測序就像讀書一樣一字一句涎跨，所以產出的數(shù)據(jù)是名詞read延刘，翻譯為讀長）一般比文庫制備的DNA片段要短（從兩邊向中間測，不過也不排除有測通的情況）
總結
A圖就是實驗步驟六敬；B圖是之后會介紹的數(shù)據(jù)處理步驟
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