學(xué)生信的那些事兒之二 - (小白)怎么學(xué)生信

只有當(dāng)一個人對自己失去信心的那一刻产艾,他才是真的過時了。——《飛馳人生》

什么是生物信息學(xué)

生物信息學(xué)(Bioinformatics)是研究生物信息的采集闷堡、處理隘膘、存儲、傳播杠览,分析和解釋等各方面的學(xué)科弯菊,也是隨著生命科學(xué)計算機科學(xué)的迅猛發(fā)展,生命科學(xué)和計算機科學(xué)相結(jié)合形成的一門新學(xué)科踱阿。它通過綜合利用生物學(xué)误续,計算機科學(xué)和信息技術(shù)而揭示大量而復(fù)雜的生物數(shù)據(jù)所賦有的生物學(xué)奧秘。<來自百度百科>

簡單點說扫茅,生物信息學(xué)就是綜合利用統(tǒng)計學(xué)蹋嵌,計算機科學(xué)和信息技術(shù)對生物學(xué)數(shù)據(jù)進行分析研究,揭示生物數(shù)據(jù)中隱藏奧秘的一門學(xué)科葫隙。

毫無生信背景的人適合做生信么

什么專業(yè)背景的人適合做生物信息分析這一行栽烂?根據(jù)上面的定義其實不難發(fā)現(xiàn),一個生信人需要具備統(tǒng)計學(xué)恋脚,計算機科學(xué)和信息科學(xué)方面的知識儲備腺办,不過個人認為每一個意欲投身生信行業(yè)的的人需要明確的一點是:這些知識和技能很重要,但是在生信工程師的整個知識體系中糟描,這部分不是最重要的(不是不重要怀喉,只是非最重要),這些都是工具船响,提升我們處理生物數(shù)據(jù)的效率躬拢,挖掘數(shù)據(jù)隱含信息的高效工具,注意是工具见间!有了這些工具我們可以短時間內(nèi)高效處理海量數(shù)據(jù)聊闯,某種程度上大大加快科研的進程。就像小時候收小麥還是人工用鐮刀在炎炎烈日下不停揮舞米诉,一季農(nóng)忙可能得持續(xù)半月有余菱蔬,而現(xiàn)在隨著聯(lián)合收割機一頓猛如虎的操作,一個上午大幾十畝地就輕輕松松搞定史侣,甚至都沒有了農(nóng)忙時節(jié)的氣氛拴泌,因為實在太快了。

顯而易見惊橱,工具面對的對象就是最重要的了蚪腐,也就是系統(tǒng)的生物學(xué)知識。這方面知識儲備的構(gòu)建真難說一朝一夕就能完成李皇,純計算機背景出身的人削茁,你花很長時間可能也無法跟他解釋清楚什么是中心法則宙枷,什么叫Chip-seq, 或者染色體之類掉房。只有具備了系統(tǒng)的生物學(xué)知識茧跋,我們才能去閱讀相關(guān)文獻,理解作者的研究目的卓囚,實驗方案設(shè)計和idea創(chuàng)新瘾杭,也才能知道怎樣更好地去使用其他工具。

絲毫沒有貶低計算機科學(xué)的意思哪亿,但是沒辦法粥烁,誰讓這是生物學(xué)的主場呢。你可以在市面上的培訓(xùn)機構(gòu)花三四個月的時間參加密集的計算機技能課程培訓(xùn)蝇棉,結(jié)業(yè)后就可以去一家互聯(lián)網(wǎng)公司寫代碼(我有不少同學(xué)就是這么干的讨阻,現(xiàn)在開開心心做碼農(nóng),畢竟一入生(物)門深似捍垡螅···)钝吮。但是我不敢說給一個人同樣的時間,他可以把生物學(xué)知識也掌握的那么好板辽。(此處討論是不涉及大牛和天才的奇瘦,畢竟那樣的存在沒辦法討論啊)

綜上,個人認為有一定生物學(xué)背景的人適合考慮做生物信息分析這一行劲弦。而大家經(jīng)常說的"小白"可不可以做耳标,我覺得這個"小白"是有限定條件的,那就是他只是計算機知識的小白邑跪,如果這兩方面都白的晃眼次坡,要么你現(xiàn)在年齡尚淺 (比如剛上大學(xué)),要么你屬于那種不在此文討論范圍內(nèi)的天才画畅,可以一目十行贸毕,且過目不忘。

怎么開始夜赵,怎么學(xué)

大概兩個月前決定自學(xué)生信(市場上有一些不錯的培訓(xùn)班明棍,但是工作原因,目前還無法完全脫產(chǎn)專心投入寇僧,不久以后還是會去的)摊腋,還參加了知名某樹的三天線下培訓(xùn)。開課之前雖然講師已經(jīng)提前布置了一些"作業(yè)"嘁傀,比如提前看看馬哥的Linux教學(xué)視頻兴蒸,看看他們已經(jīng)在一些視頻網(wǎng)站發(fā)布的免費入門視頻,看是真的看了细办,但是講真橙凳,參加培訓(xùn)的時候還是很快陷入一臉懵逼的狀態(tài)蕾殴,感覺經(jīng)常跟不上老師的節(jié)奏(可能是我天資愚鈍)。分析了下主要原因:

  • 老師使用的命令看不懂 (包括跟命令配合使用的一些參數(shù))

  • 課后練習(xí)時發(fā)現(xiàn)岛啸,有時候即便復(fù)制老師命令也無法運行 (這個就要提到活學(xué)活用了钓觉,報錯可能是自己的系統(tǒng)跟老師的設(shè)置不一樣,或者有些軟件沒有安裝)

  • 想去解決問題的時候發(fā)現(xiàn)不知道從哪里入手

后來反思了一下出現(xiàn)這些問題的原因坚踩。首先荡灾,對于培訓(xùn)來說畢竟時間有限,老師上課前其實是基本默認Linux的基本命令學(xué)員已經(jīng)了解的七七八八了 (然而很多時候并不是瞬铸,大部分時候?qū)W生都比較懶的···)批幌。其次,對于個人準(zhǔn)備以及后續(xù)練習(xí)來說嗓节,Linux系統(tǒng)和基本命令知識的匱乏很要命荧缘,個人感覺如果沒有起碼從頭到尾看完一本入門書,在面對實際問題的時候可能寸步難行拦宣,因為幾乎每個命令都得去查一下截粗,或者面對報錯根本不知道為什么報錯,該通過什么途徑去解決報錯恢着。

這個時候就很地帶高人出現(xiàn)桐愉,指點一二,告訴我學(xué)生信入門的步驟掰派,第一步做什么从诲,第二步做什么···,然后按照指導(dǎo)路線執(zhí)行和勤加練習(xí)就行靡羡。尷尬就尷尬在胸中憋著一股勁兒系洛,不知道從何開始,使向哪里略步。作為在痛苦的海洋里撲騰過幾下的小白描扯,有幾點經(jīng)驗分享下,希望對一些人有一點點的借鑒:

  1. 開始跑那些很炫酷的組學(xué)流程之前趟薄,鄭重建議看幾本Linux的入門書籍绽诚,推薦《鳥哥的Linux私房菜》,《Linux命令行與shell腳本編程大全》杭煎,還有相關(guān)的視頻恩够,比如馬哥的Linux視頻教程。后續(xù)還需要讀一讀生物統(tǒng)計學(xué)的教材羡铲,生物信息學(xué)的教材蜂桶,肯定有幫助的。

  2. 網(wǎng)絡(luò)上免費的組學(xué)分析的視頻教學(xué)建議可以看也切,也可以先不看扑媚。如果越過第一步直接來第二步腰湾,極大概率你完全聽不懂,甚至?xí)驌裟阈⌒〉淖孕判慕桑钦堄涗浵伦约翰欢牡胤椒逊唬缓笕タ碙inux入門書和視頻,然后再回來看押桃,一定會有豁然開朗的感覺葵萎!

    如果不看导犹,也就是先看Linux入門書然后再來看組學(xué)視頻唱凯,估計你能跟上講師的思路,但是可能就沒有那種由不懂到懂得快感了谎痢。

  3. 遇到問題先自己嘗試解決是一種美德 - 善用搜索技能磕昼。就像重啟電腦或者手機可以解決絕大部分問題一樣,遇到生信運行報錯的問題节猿,在網(wǎng)上搜索一般來說可以解決你99%的問題票从,太陽底下沒有新鮮事,你想象不到有多少人前仆后繼的踩過你現(xiàn)在踩得坑滨嘱,也想象不到有多少樂于分享的前輩寫了非常棒的解決問題的教程峰鄙。搜狗微信搜索,百度搜索太雨,谷歌搜索等等吟榴,善用搜索關(guān)鍵字。要有探索欲囊扳,尋根究源的意識吩翻,中文的教程不滿意就去看英文原版的manual,總有一款適合你锥咸。

  4. 始終目標(biāo)明確狭瞎。學(xué)生信是為了給自己的項目錦上添花,加速自己的科研進程搏予?還是想把生信作為自己的職業(yè)熊锭,給更多的人分享,讓更多的人受益雪侥?不同的目標(biāo)碗殷,學(xué)習(xí)過程中的側(cè)重點是不一樣的。

  5. 分享校镐。其實上面的條條所謂的"經(jīng)驗"亿扁,很多前輩都已經(jīng)諄諄教誨很多次了,我再說一次有沒有意義鸟廓?對我當(dāng)然有从祝,畢竟教學(xué)相長不是一句空話襟己,我花幾個小時的時間寫這一篇文章就讓我回顧了自己近兩個月在生信自學(xué)道路上走過的溝溝坎坎。每一次的分享都是梳理自己的思路和總結(jié)的機會牍陌,不求突飛猛進擎浴,日拱一卒也值得欣喜。對其他人毒涧,可能會有贮预,也可能不會有,緣分的事契讲,就隨緣吧仿吞。

其他的碎碎念

除卻上面的,還想嘮叨幾句捡偏。就是關(guān)于學(xué)習(xí)這件事唤冈,不管是一門學(xué)問還是一項技能,學(xué)要多久呢银伟?這個很難說你虹,畢竟人和人都不一樣。但是很多東西還是可以預(yù)測的彤避,或者說是有統(tǒng)計意義的 (生統(tǒng)來了)傅物。比如張三和李四學(xué)同時開始生信,可能張三花了4個月入門琉预,李四卻用了5個月或者半年董饰,這個差異可以說是不顯著的,基本可以忽略模孩。而且一般來說兩者的差距不會到一年兩年尖阔,正態(tài)分布的原理在這里也會適用。生物信息學(xué)不是那么簡單的一門學(xué)問榨咐,是很嚴肅的介却,所以整天想著可以一個月速成,半年搖身一變?nèi)?nèi)獨立潮頭的大牛块茁,這個就很不嚴肅了齿坷。憑什么呢,對吧数焊?那么多優(yōu)秀的前輩持續(xù)學(xué)習(xí)精進了四五年都依然謙虛好學(xué)永淌,不敢懈怠,才有今天的成績佩耳。

所以遂蛀,整個過程中心態(tài)也很重要。遇到困難挫折是太正常不過了干厚,在一開始就應(yīng)該做好打持久戰(zhàn)的心理準(zhǔn)備李滴,然后步步為營螃宙,日日精進。

習(xí)大大說:偉大的事業(yè)之所以偉大所坯,不僅因為這種事也是正義的谆扎、宏大的,而且因為這種事也不是一帆風(fēng)順的芹助。偉大的人物之所以偉大堂湖,不僅因為這樣的人物為人民、為民族状土、為人類建立了豐功偉績无蜂,而且因為這樣的人物在艱苦磨礪中鑄就了堅強的意志和高尚的人格。

貌似一下子到了社會主義價值觀的高度···

Anyway, 一起快樂學(xué)生信声诸!


作為初學(xué)者酱讶,很多分享肯定不成熟退盯,甚至有錯誤的成分彼乌,熱烈歡迎所有人的所有建議和指正。

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