2019-10-10-生信人的linux考試后10題-解題記錄

11.安裝 samtools 軟件

生信軟件安裝：參考http://www.reibang.com/p/a2a7510908cf

  • 登錄服務(wù)器
ssh gz16@118.24.223.116
pd19162

1 安裝Miniconda3

mkdir -p ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 查看conda是否按照成功
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/biosoft$ conda --version
conda 4.7.10

2.設(shè)置conda鏡像

source ~/.bashrc
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.使用conda 安裝samtools 軟件

#如果不確定之前是否安裝過，可先查看
conda search samtools
#安裝指令
conda install -y samtools
#安裝過程（省略中間部分）
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/biosoft$ conda install -y samtools
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
...
Downloading and Extracting Packages
libssh2-1.8.2        | 257 KB    | ##################################### | 100%
samtools-1.9         | 299 KB    | ##################################### | 100%
certifi-2019.9.11    | 147 KB    | ##################################### | 100%
ca-certificates-2019 | 144 KB    | ##################################### | 100%
openssl-1.1.1c       | 2.1 MB    | ##################################### | 100%
conda-4.7.12         | 3.0 MB    | ##################################### | 100%
htslib-1.9           | 1.2 MB    | ##################################### | 100%
libdeflate-1.2       | 63 KB     | ##################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

十二拇惋、打開 后綴為BAM 的文件寥粹，找到產(chǎn)生該文件的命令月培。 提示一下命令是：

/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 20 -x /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 -S /home/jianmingzeng/data/public/allMouse/alignment/WT_rep2_Input.sam -U /tmp/41440.unp

由于在當(dāng)前服務(wù)器沒有找到bam文件，查到前10題里面有個(gè)下載的壓縮包里面有bam文件
返回復(fù)現(xiàn)

九劣坊、下載http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip文件得问，并且解壓，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)背稼。

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
ls -ll
unzip rmDuplicate.zip
cd rmDuplicate
tree

十、打開第九題解壓的文件玻蝌，進(jìn)入rmDuplicate/samtools/single文件夾里面蟹肘，查看后綴為.sam的文件词疼，搞清楚 生物信息學(xué)里面的SAM/BAM定義是什么。

cd samtools/single/
less -S tmp.sam #最佳查看方式
cat tmp.sam
vim tmp.sam
#vim編輯器退出需要先`esc`帘腹，輸入`:`輸入`q/q!/wq`退出
# 打開bam 文件前2行
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ less -S tmp.sam | head -n 2
SRR1042600.42157053 0   chr1    629895  42  51M *   0   0   ATAACCAATACTACCAATCANTACTCATCATTAATAATCATAATGGCTATA CCCFFFFFHHHHHJJJJJJJ#4AGHJJIIJJIIIIIJJJJIJIIIIJJIJI AS:i:-6 XN:i:0  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:2  MD:Z:11C8A30    YT:Z:UU
SRR1042600.42212881 0   chr1    629895  42  51M *   0   0   ATAACCAATACTACCAATCANTACTCATCATTAATAATCATAATGGCTATA @@<FDFFBFDHHFJEIIGJI#3AFHGEHEIJIIGIIGGIJIIJIGIIGIIJ AS:i:-6 XN:i:0  XM:i:2  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:2  MD:Z:11C8A30    YT:Z:UU

十三題贰盗、根據(jù)上面的命令，找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38具體有多少條染色體阳欲。

由于當(dāng)前服務(wù)器沒有/home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38所有還是在上面的題目中解壓的文件目錄下查找
找到在~/rmDuplicate/samtools/single目錄下游2個(gè)bam文件

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ ls
readme.txt  tmp.rmdup.bam     tmp.sam         tmp.sorted.vcf.gz
tmp.header  tmp.rmdup.vcf.gz  tmp.sorted.bam
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ samtools view -H tmp.rmdup.bam | head -n 10
@HD VN:1.0  SO:coordinate
@SQ SN:chr1 LN:248956422
@SQ SN:chr10    LN:133797422
@SQ SN:chr11    LN:135086622
@SQ SN:chr11_KI270721v1_random  LN:100316
@SQ SN:chr12    LN:133275309
@SQ SN:chr13    LN:114364328
@SQ SN:chr14    LN:107043718
@SQ SN:chr14_GL000009v2_random  LN:201709
@SQ SN:chr14_GL000225v1_random  LN:211173
#因?yàn)槭嵌M(jìn)制壓縮文件舵盈，查看不能用less而應(yīng)該用zless
zless -S tmp.rmdup.bam

查看生信基礎(chǔ)數(shù)據(jù)格式參考生信菜鳥團(tuán)-專題學(xué)習(xí)目錄(2)
數(shù)據(jù)格式專題
1.FastQ和FastA格式
2.SAM格式
3.gff/gtf格式
4.Bigwig/Wiggle格式
5.bed格式
6.vcf格式
7.Blast&Blat

簡(jiǎn)單探索后找到染色體信息

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ samtools view -H tmp.rmdup.bam | awk '{print $2}'| sort | uniq -c| grep -v '_'
      1 ID:bowtie2
      1 SN:chr1
       ...
      1 SN:chrM
      1 SN:chrX
      1 SN:chrY
      1 VN:1.0

十四題、上面的后綴為bam的文件的第二列球化，只有 0 和 16 兩個(gè)數(shù)字秽晚，用 cut/sort/uniq等命令統(tǒng)計(jì)它們的個(gè)數(shù)。

因?yàn)楹驮瓉淼臄?shù)據(jù)不同筒愚，這里tmp.rmdup.bam文件第二列是LN:248956422應(yīng)該是染色體位置信息但不是單純的數(shù)值赴蝇，因此換別的bam文件

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ cat tmp.sam | awk '{print $2}' | sort | uniq -c
     29 0
     24 16
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/single$ samtools view tmp.sorted.bam |awk '{print $2}' | sort | uniq -c
     29 0
     24 16

十五題、重新打開 rmDuplicate/samtools/paired 文件夾下面的后綴為BAM 的文件巢掺，再次查看第二列句伶，并且統(tǒng)計(jì)。

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ cd rmDuplicate/samtools/paired/
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ ls
readme.txt  tmp.rmdup.bam     tmp.sam         tmp.sorted.vcf.gz
tmp.header  tmp.rmdup.vcf.gz  tmp.sorted.bam
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ zless -S tmp.sorted.bam | head -n 2
BAM'
    @HD VN:1.3  SO:coordinate
@SQ SN:chr10    LN:135534747
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ samtools view tmp.sorted.bam | head -n 2
D00691:39:C7HGRANXX:7:1102:7445:18770   99  chr10   93614   60  126M    =93621  133 GGCACGTGGTGACCCCACTCATGGTAGCAGACACCAGGTGGTTCAGGTCACCATAGGTGGGTGTGGGCAGTTTTAGGGTCTTGGAACATATGTCATACAGAGCTTCGTTATCTATGCAAAAGGTCT  BBBBBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF<FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF  NM:i:0  MD:Z:126    AS:i:126    XS:i:111XA:Z:chr3,-197846908,126M,3;chr9,-141070974,126M,3;chr1,-808987,126M,4;chr4,+190904265,126M,4;  MQ:i:60
D00691:39:C7HGRANXX:7:1102:7445:18770   147 chr10   93621   60  126M    =93614  -133    GGTGACCCCACTCATGGTAGCAGACACCAGGTGGTTCAGGTCACCATAGGTGGGTGTGGGCAGTTTTAGGGTCTTGGAACATATGTCATACAGAGCTTCGTTATCTATGCAAAAGGTCTCATCTGC  FFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFBBBBB  NM:i:0  MD:Z:126    AS:i:126    XS:i:111XA:Z:chr9,+141070967,126M,3;chr3,+197846902,1S125M,3;   MQ:i:60
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ samtools view tmp.sorted.bam | awk '{print $2}'
99
147
323
387
353
97
371
433
97
99
147
99
147
99
147
99
147
99
99
147
147
163
163
83
83
163
83
99
147
99
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ samtools view tmp.sorted.bam | awk '{print $2}'| sort |uniq -c
      8 147
      3 163
      1 323
      1 353
      1 371
      1 387
      1 433
      3 83
      2 97
      9 99

十六題陆淀、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip 文件考余，并且解壓，查看里面的文件夾結(jié)構(gòu)轧苫， 這個(gè)文件有2.3M楚堤，注意留心下載時(shí)間及下載速度。

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/rmDuplicate/samtools/paired$ cd ~
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip
--2019-10-10 12:19:16--  http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip
Resolving www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)... 123.206.72.184
Connecting to www.biotrainee.com (www.biotrainee.com)|123.206.72.184|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 2391084 (2.3M) [application/zip]
Saving to: 'sickle-results.zip'

sickle-results.zip   32%[=====>              ] 765.01K  51.3KB/s    eta 21s

#下載完成后解壓縮并查看目錄結(jié)構(gòu)
2019-10-10 12:19:36 (118 KB/s) - 'sickle-results.zip' saved [2391084/2391084]

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ unzip sickle-results.zip
Archive:  sickle-results.zip
   creating: sickle-results/
  inflating: sickle-results/command.txt
  ...
  inflating: sickle-results/trimmed_output_file2_fastqc.zip
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ cd sickle-results
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results$ tree
.
|-- command.txt
|-- single_tmp_fastqc.html
|-- single_tmp_fastqc.zip
|-- test1_fastqc.html
|-- test1_fastqc.zip
|-- test2_fastqc.html
|-- test2_fastqc.zip
|-- trimmed_output_file1_fastqc.html
|-- trimmed_output_file1_fastqc.zip
|-- trimmed_output_file2_fastqc.html
`-- trimmed_output_file2_fastqc.zip

這里面有個(gè)command.txt,其中有些代碼可參考安裝軟件

十七題浸剩、解壓sickle-results/single_tmp_fastqc.zip文件钾军，并且進(jìn)入解壓后的文件夾鳄袍，找到fastqc_data.txt文件绢要，并且搜索該文本文件以 >>開頭的有多少行？

插曲拗小，忘記基礎(chǔ)解壓縮指令重罪，反而寫成壓縮指令，回頭復(fù)習(xí)一下

  • 1).gzip 和gunzip 指令
    功能： gzip 用于壓縮文件
    gunzip 用于解壓文件
  • 2). zip指令 和 unzip 指令
    功能：zip 用于壓縮文件
    unzip 用于解壓文件
  • zip 常用選項(xiàng)：
    -r 遞歸壓縮
    unzip 常用選項(xiàng)：
    -d <目錄> 指定解壓后的文件的存放目錄
  • 3). tar 指令
    功能：打包指令最后打包的文件是.tar.gz文件
    注意：打包用-zcvf
    解壓用-zxvf
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results$ gunzip single_tmp_fastqc.zip.gz
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results$ ll
total 3028
drwxrwxr-x  2 gz16 gz16   4096 Oct 10 12:33 ./
drwxr-xr-x 14 gz16 gz     4096 Oct 10 12:20 ../
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16    901 Oct  6  2016 command.txt
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 259290 Oct  6  2016 single_tmp_fastqc.html
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 260908 Oct  6  2016 single_tmp_fastqc.zip
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 308721 Oct  6  2016 test1_fastqc.html
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 334674 Oct  6  2016 test1_fastqc.zip
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 305348 Oct  6  2016 test2_fastqc.html
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 332699 Oct  6  2016 test2_fastqc.zip
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 305987 Oct  6  2016 trimmed_output_file1_fastqc.html
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 329011 Oct  6  2016 trimmed_output_file1_fastqc.zip
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 302503 Oct  6  2016 trimmed_output_file2_fastqc.html
-rw-rw-r--  1 gz16 gz16 328552 Oct  6  2016 trimmed_output_file2_fastqc.zip
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results$ unzip single_tmp_fastqc.zip
Archive:  single_tmp_fastqc.zip
   creating: single_tmp_fastqc/
   creating: single_tmp_fastqc/Icons/
   creating: single_tmp_fastqc/Images/
  inflating: single_tmp_fastqc/Icons/fastqc_icon.png
  ...
  inflating: single_tmp_fastqc/fastqc.fo
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results$ cd single_tmp_fastqc/
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results/single_tmp_fastqc$ ls
Icons  Images  fastqc.fo  fastqc_data.txt  fastqc_report.html  summary.txt
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results/single_tmp_fastqc$ less -S fastqc_data.txt | awk '/^>>/{print $0}'
>>Basic Statistics  pass
>>END_MODULE
...
>>Kmer Content  warn
>>END_MODULE
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~/sickle-results/single_tmp_fastqc$ less -S fastqc_data.txt | awk '/^>>/{print $0}' | wc -l
24

十八題哀九、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件剿配，去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感興趣的基因?qū)?yīng)的 refseq數(shù)據(jù)庫 ID，然后找到它們的hg38.tss 文件的哪一行阅束。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1827

cd ~
wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ head hg38.tss
NR_046018   chr1    9874    13874   0
NR_024540   chr1    27370   31370   1
NR_104148   chr7    64664083    64668083    0
NR_111960   chrX    44871175    44875175    0
NR_028458   chr14   92104621    92108621    1
NR_028459   chr14   92104621    92108621    1
NR_026818   chr1    34081   38081   1
NR_026820   chr1    34081   38081   1
NR_026822   chr1    34081   38081   1
NM_001005484    chr1    67091   71091   0
#參考基因NR_...或者NM_...
#在NCBI選取目的基因RCAN1轉(zhuǎn)錄本c:NM_203418 在hg38.tss文件的第3467行
(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ grep -n NM_203418 hg38.tss
3467:NM_203418  chr21   34525010    34529010    1

太棒了呼胚，原來還有這種操作，我發(fā)現(xiàn)又有一個(gè)問題解決了息裸，我需要找到6號(hào)染色體體短臂的一段序列有哪些基因蝇更，這就可以提取出來基因名稱了呀沪编，棒棒的！

十九題年扩、解析hg38.tss文件蚁廓，統(tǒng)計(jì)每條染色體的基因個(gè)數(shù)。

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ cat hg38.tss|awk '{print $2}' |sort |uniq -c
   6050 chr1
   2824 chr10
      2 chr10_GL383545v1_alt
     10 chr10_GL383546v1_alt
      2 chr10_KI270825v1_alt
   3449 chr11
  ...
   2553 chrX
      3 chrX_KI270880v1_alt
      4 chrX_KI270881v1_alt
      1 chrX_KI270913v1_alt
    414 chrY

這樣來看應(yīng)該是染色體還有很多的變體（有些不是完整的染色體）厨幻，這里就需要在去查查資料關(guān)于染色體的相關(guān)背景知識(shí)了相嵌，解答此題需要先取出這些不完整的染色體

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ cat hg38.tss|awk '{print $2}' | sort | uniq -c | grep -v '_'
   6050 chr1
   2824 chr10
   3449 chr11
   2931 chr12
   1122 chr13
   1883 chr14
   2168 chr15
   2507 chr16
   3309 chr17
    873 chr18
   3817 chr19
   4042 chr2
   1676 chr20
    868 chr21
   1274 chr22
   3277 chr3
   2250 chr4
   2684 chr5
   3029 chr6
   2720 chr7
   2069 chr8
   2301 chr9
      2 chrM
   2553 chrX
    414 chrY

發(fā)現(xiàn)還有2 個(gè)基因在chrM上，這個(gè)是什么染色體况脆，需要補(bǔ)一下背景知識(shí)

二十題饭宾、解析hg38.tss文件，統(tǒng)計(jì)NM和NR開頭的數(shù)量漠另，了解NM和NR開頭的含義

(base) gz16@VM-0-17-ubuntu:~$ cat hg38.tss |awk '{print $1}'|cut -c 1-2 |sort| uniq -c
  51064 NM
  15954 NR

關(guān)于NM和NR開頭的含義還是需要查看生信菜鳥團(tuán)的基礎(chǔ)知識(shí)專題捏雌。

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  • 惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
    文/花漫 我一把揭開白布会涎。 她就那樣靜靜地躺著涯曲，像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪在塔。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上幻件，一...
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  • 城市分裂傳說
    那天，我揣著相機(jī)與錄音蛔溃，去河邊找鬼绰沥。 笑死，一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛贺待，可吹牛的內(nèi)容都是我干的徽曲。 我是一名探鬼主播，決...
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  • 雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
    文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼麸塞，長(zhǎng)吁一口氣：“原來是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼秃臣！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起哪工，我...
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  • 萬榮殺人案實(shí)錄
    序言：老撾萬榮一對(duì)情侶失蹤奥此，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個(gè)月后雁比，有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體稚虎，經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,722評(píng)論 1贊 315
  • ?護(hù)林員之死
    正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡，尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
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  • ?白月光啟示錄
    正文 我和宋清朗相戀三年偎捎，在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了蠢终。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
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  • 活死人
    序言：一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡茴她，死狀恐怖寻拂，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出，到底是詐尸還是另有隱情丈牢，我是刑警寧澤祭钉，帶...
    沈念sama閱讀 35,737評(píng)論 5贊 346
  • ?日本核電站爆炸內(nèi)幕
    正文 年R本政府宣布，位于F島的核電站赡麦，受9級(jí)特大地震影響朴皆，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏帕识。R本人自食惡果不足惜泛粹，卻給世界環(huán)境...
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  • 男人毒藥：我在死后第九天來索命
    文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望肮疗。 院中可真熱鬧晶姊，春花似錦、人聲如沸伪货。這莊子的主人今日做“春日...
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  • 一樁弒父案钾怔，背后竟有這般陰謀
    文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至蒙挑，卻和暖如春宗侦，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間，已是汗流浹背忆蚀。 一陣腳步聲響...
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  • 情欲美人皮
    我被黑心中介騙來泰國(guó)打工矾利， 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道東北人馋袜。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 48,237評(píng)論 3贊 371
  • 代替公主和親
    正文 我出身青樓男旗，卻偏偏與公主長(zhǎng)得像，于是被迫代替她去往敵國(guó)和親欣鳖。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子察皇，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 44,976評(píng)論 2贊 355