自學(xué)生信兩個(gè)月了躲舌，都是自己在網(wǎng)上東找找西找找丑婿，總覺得連門都沒入∶恍叮總說最高效的學(xué)習(xí)方法就是輸出羹奉，而最好的輸出就是教別人。當(dāng)然給別人講課我還遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到约计，但自己學(xué)完诀拭，寫下來，也算是一種輸出了吧煤蚌。
1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
DAVID是一個(gè)可以做ID轉(zhuǎn)換耕挨、富集分析等多種生信分析的綜合數(shù)據(jù)庫。
以DAVID上的GO分析結(jié)果為例尉桩，主要需要Category筒占，Term，Count蜘犁，F(xiàn)DR翰苫，F(xiàn)old Enrichment這幾列。
隨便用幾個(gè)基因舉例子这橙，正常的數(shù)據(jù)中應(yīng)取FDR<0.05奏窑，但是由于是隨機(jī)挑選的基因，這里就用PValue代替了
2. 作圖
library(ggplot2)
go<-read.table(file = "go.txt",header = T,sep = "\t") #導(dǎo)入文件
ggplot(data = go)+
geom_bar(aes(y=reorder(Term,Count),x=Count,fill=-log(PValue)),stat='identity')+
# Y軸為Term屈扎，以Count數(shù)排列埃唯，X軸為Count數(shù)；繪圖函數(shù)里的stat參數(shù)表示對(duì)樣本點(diǎn)做統(tǒng)計(jì)的方式助隧，默認(rèn)為identity筑凫，表示一個(gè)x對(duì)應(yīng)一個(gè)y
scale_fill_gradient(expression(-log["10"](P.value)),low="blue",high="red")+
# 設(shè)置圖例
ylab("")+
xlab("Gene count")+ # 設(shè)置坐標(biāo)軸名稱
theme_bw() # 設(shè)置背景
ggsave(filename = "go.png",height = 6,width = 10,units = "in",dpi=600) # 保存圖片
結(jié)果如圖
go.png
剩下的小細(xì)節(jié)可以根據(jù)自己的喜好修改啦，比如配色并村，字體，背景線等等滓技。
