目前只能在冬神的電腦上面跑愕鼓，而且還需要下載nr數(shù)據(jù)庫纯命，非常非常麻煩。
我需要想一個(gè)辦法把數(shù)據(jù)庫下載ok
PSSpred的數(shù)據(jù)預(yù)處理:首先將一個(gè)個(gè)文件分割成小文件進(jìn)行處理
import sys
import os
f = open(sys.argv[1])
h = f.readlines()
length = len(h)
j=0
for i in range(length):
if h[i][0]=='>':
pro = h[i][1:-1]
j=j+1
if not os.path.exists('input/'+sys.argv[2]):
os.mkdir('input/'+sys.argv[2])
fw = open('input/'+sys.argv[2]+'/'+pro.replace("|","-")+'.fas','w')
fw.write(h[i])
else:
fw.write(h[i])
然后再寫批處理文件進(jìn)行批處理：
#!/bin/bash
start=`date +%s` #定義腳本運(yùn)行的開始時(shí)間
for file in ~/huangle/fungi_annotation/fungi_data/*
do
{
python split.py $file ${file##*/}
echo 'success split '$file' !';
}&
done
wait
end=`date +%s`
echo "TIME:`expr $end - $start`"
