之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站，一個是build2 ；另一個是CLUE平臺盅抚。bulid2在cMAP在線分析——舊版build2的使用 那期已經(jīng)講解過，今天就來簡單介紹下CLUE平臺的使用！由于CLUE平臺的功能很多塔猾，會分多期講解。上一期cMAP新版clue的使用——List Marker已經(jīng)簡單介紹了List Maker的操作方法稽坤，今天開始 query的介紹丈甸！
cMAP新版clue在線分析 糯俗，網(wǎng)站：https://clue.io/。
cMAP新版clue在線分析 睦擂，網(wǎng)站：https://clue.io/得湘。
clue的主工具區(qū)（Tools）
今天主要介紹query，該工具主要用于比較輸入signature list與參考數(shù)據(jù)庫中表達譜的相似性顿仇。
- 首先淘正，點擊tools—query，進入如下界面臼闻，（1）命名本次分析鸿吆，這命名為Myfirst individual query；（2）在query參數(shù)處些阅，選擇L1000數(shù)據(jù)庫伞剑。
Individual query
- 然后選擇individual query，在"UP-regulated genes"加載所要分析的基因list市埋，系統(tǒng)會彈出之前在網(wǎng)站上傳的基因list黎泣，這里我們選擇"mygene_up"；在"DOWN-regulated genes"同理缤谎，上傳它的配對下調(diào)基因"mygene_down"抒倚，這是個可選項，如果沒有可不選坷澡。（這里強調(diào)下：基因list的數(shù)量只能在10-150之間個基因托呕，上下調(diào)加起來不超過300個基因）
- 加載基因list成功后如下圖，這時候需要核實自己上傳的基因名稱有沒有問題频敛，網(wǎng)站系統(tǒng)能不能識別项郊，系統(tǒng)給出三種表示：
Invalid gene代表不能識別，說明基因名稱不是正確的Entrez ID或HUGO symbol斟赚。
Valid gene代表可識別着降，說明基因名稱正確。
Valid but not used in query代表可識別但未收錄在L1000數(shù)據(jù)中拗军。L1000數(shù)據(jù)庫大概收錄有10000左右的基因任洞，不包括所有已知基因。
從以下結(jié)果來看发侵，加載的數(shù)據(jù)中沒有不被識別的情況交掏，因此數(shù)據(jù)是合格的，點擊submit進行分析刃鳄。
- 分析自動運行盅弛，這過程比較費時間，這次運行大概跑了三十分鐘。熊尉。罐柳。。如下展示狰住，運行結(jié)束张吉。
batch query（批量）
- 點擊tools—query，進入如下界面催植，（1）-命名本次分析肮蛹，這命名為Myfirst individual query；（2）在query參數(shù)處创南，選擇L1000數(shù)據(jù)庫伦忠。（3）選擇batch query
- 然后加載基因集，首先上傳UP的基因集稿辙，這里彈出選擇框昆码，選擇提前整理好的"cancer_up"；同理上傳DOWN的基因集邻储，這里彈出選擇框赋咽，選擇提前整理好的"cancer_down"。
- UP和DOWN的基因集成功上傳后吨娜，發(fā)現(xiàn)有警告信息脓匿，提醒我基因list里有不能被識別的基因（由于這里隨便找了個gene symbol數(shù)據(jù)做測試，沒有提前評估數(shù)據(jù)宦赠，比較懶哈哈陪毡，大家自己的數(shù)據(jù)做之前,先進行EntreID轉(zhuǎn)化，這樣保險點）勾扭，我這邊就直接忽略這個警告信息啦毡琉，點擊sumit，進行分析妙色。
同樣的绊起，運行時間也需要二三十分鐘，運行結(jié)束如下：
結(jié)果線上查看
HEAT MAP查看結(jié)果
運行結(jié)束后燎斩，我們來看看結(jié)果，以"Myfirst individual query"為例蜂绎，點擊HEAT MAP
得到如下界面栅表，該界面是用熱圖的形式來呈現(xiàn)整體數(shù)據(jù)，列為不同的cell ID师枣，行為Perturbagen怪瓶，且注釋有數(shù)據(jù)庫來/名稱/描述/ts_pc（不同score閾值條件下的占比）/不同cell score值的中位數(shù)。熱圖顏色代表score值践美，越紅值越高洗贰，越灰越低找岖。最左側(cè)是篩選區(qū)，根據(jù)自己需要設(shè)置即可敛滋。
這個界面非常棒许布，選擇右側(cè)的CLUE Card，然后點擊感興趣的小分子行绎晃，還給我們提供該分子記錄的化學(xué)式結(jié)構(gòu)蜜唾，以及詳細介紹。
DETAILED LIST查看結(jié)果
得到如下結(jié)果界面庶艾，下面介紹常用的幾個參數(shù)鍵：
1-Perturbagen Type代表數(shù)據(jù)庫的分類（小分子成分袁余、敲除、過表達咱揍、CMap）颖榜，看個人分析需要選擇適合的庫，大部分用此庫的目的都在于分析與小分子藥物處理表達譜數(shù)據(jù)之間的相似性煤裙，因此Compond用的比較多掩完。
2-右側(cè)以條形圖的可視化形式呈現(xiàn)結(jié)果，有兩個篩選框积暖。"Subset by"有cell lines和Perturbagen type藤为。該功能主要用于在線可視化查看。
3.1-當(dāng)"Subset by"選擇以cell lines展示時夺刑，summary可以進一步選擇不同細胞系缅疟；
3.2-當(dāng)"Subset by"選擇以Perturbagen type展示時，summary可以進一步選擇不同類型的數(shù)據(jù)遍愿；
4-除了以上可視化呈現(xiàn)結(jié)果外存淫，還可以如下用表格形式呈現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)共計8559條信息（這是針對所有數(shù)據(jù)庫的結(jié)果）沼填。點擊1處設(shè)置按鈕桅咆，選擇所需要的列，然后點擊2處的export即可導(dǎo)出結(jié)果坞笙。
結(jié)果線下查閱
按照DETAILED LIST里的內(nèi)容岩饼，只導(dǎo)出compand的結(jié)果（共計2429條信息），本地txt文本結(jié)果如下薛夜，包含最重要的那幾個信息籍茧，Score值、compond的名稱梯澜。在很多涉及cmap的文章中寞冯，數(shù)據(jù)的呈現(xiàn)主要涉及Score值、name、MoA和Target吮龄。詳細的結(jié)果附件??export.xlsx
以上結(jié)果就展示了我上傳的基因list與這2429組小分子處理表達譜數(shù)據(jù)的相似性俭茧。相似程度以score值來評估，score的取值范圍在-100到100之間漓帚，結(jié)果按照從高到低降序排列母债，數(shù)值越靠近100說明該基因list與該條小分子處理記錄越相似；數(shù)值越靠近-100說明該基因list與該條小分子處理記錄越相反胰默。
為了方便大家理解场斑，假如我上傳的基因list是一組乳腺癌的signature，以上結(jié)果羅列了與2429個小分子的相似性牵署，排名靠前的那些說明表達相似漏隐，排名靠后的那些說明表達拮抗，這些顯示出拮抗的小分子可以是治療乳腺癌的候選藥物奴迅。
最后青责，使用過程中有疑問的話，可直接參考幫助網(wǎng)頁：https://clue.io/connectopedia/
往期回顧
miR-circ靶向關(guān)系如何批量預(yù)測取具？
Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（一）
miRNA靶標預(yù)測數(shù)據(jù)的答疑解惑脖隶！
Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）
Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（三）
今天的內(nèi)容就到這里，更多內(nèi)容可關(guān)注公共號“YJY技能修煉”~~~
