展示DAVID富集分析結果中感興趣的GO條目和KEGG通路

相信大家對GO和KEGG富集分析并不陌生,有時候富集分析會得到很多顯著的結果宠哄。全部展示壹将,版面不夠。但是如果只展示前幾個顯著的GO條目或者KEGG通路的話毛嫉,跟自己研究的對象相關的又不在里面诽俯。

今天小編就來幫助大家解決這個尷尬的問題,把我們感興趣的GO條目和KEGG通路挑出來承粤,然后再來畫圖暴区。有人可能要抬杠了,這不是偽造數(shù)據嗎辛臊?NO仙粱,NO, NO浪讳, 我們挑選出來展示的結果肯定也要是顯著的缰盏。我們沒有篡改任何數(shù)據,只是把“最美”的一面展示給大家淹遵。如果你一定要抬杠口猜,我們也可以把完整結果放到附件里面。

關于DAVID這個工具透揣,小編前面也用了好幾期的內容來給大家介紹济炎。如何使用DAVID做GO和KEGG富集分析,并且給大家演示了如何使用Excel辐真,零代碼展示GO和KEGG富集分析的結果须尚。

1.基因富集工具DAVID介紹(一)-基因ID轉換
2.基因富集工具DAVID介紹(二)-KEGG富集分析
3.基因富集工具DAVID介紹(三)-零代碼展示KEGG富集結果
4.基因富集工具DAVID介紹(四)-GO富集分析及柱形圖展示

5.零代碼GO富集分析—柱形圖同時展示BP,MF,CC,KEGG

6.零代碼GO富集分析—一張圖展示BP,MF,CC

也給大家介紹了,使用R語言來展示DAVID富集分析的結果侍咱。

?【R】四種風格展示DAVID GO富集分析結果

? 【R語言】DAVID KEGG富集分析結果可視化

如果把上面的內容都理解了耐床,展示部分結果就是手到擒來的事情。只需要三步

1)下載DAIVD富集分析完整結果

GO富集分析結果

KEGG富集分析結果


2)挑出自己感興趣的GO條目或者KEGG通路

這一步又有兩種方法楔脯,第一種是做加法撩轰,從完整的結果里面挑出感興趣的結果,一般GO展示30條結果昧廷,MF,CC,BP各10條堪嫂。KEGG一般展示10條結果。這樣工作量比較小木柬。另外一種方法是做減法皆串,從完整結果里面刪除不要的條目和通路。這里可以根據自己的喜好選擇眉枕。確保挑選出來的結果格式跟原始結果格式是一致的恶复。

3)采用Excel或者R來展示挑選出來的結果

采用Excel展示結果可以參考

?基因富集工具DAVID介紹(三)-零代碼展示KEGG富集結果
?基因富集工具DAVID介紹(四)-GO富集分析及柱形圖展示

?零代碼GO富集分析—柱形圖同時展示BP,MF,CC,KEGG

?零代碼GO富集分析—一張圖展示BP,MF,CC

使用R來展示結果可以參考

?【R】四種風格展示DAVID GO富集分析結果

? 【R語言】DAVID KEGG富集分析結果可視化

我們也提供了完整的視頻教程

?DAVID進行GO/KEGG富集分析及結果可視化

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
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