文獻(xiàn)：通過RNP-MaP確定RNA與蛋白質(zhì)作用的核心功能區(qū)域的方法來分析RNA-蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)
發(fā)表時間：2021年3月
BACKGROUND
作者
生物化學(xué)實驗室，研究領(lǐng)域是RNA的結(jié)構(gòu)與功能鉴未，RNA治療炉爆。
研究方向主要有兩個：①通過化學(xué)原理膀篮，高分辨率地研究RNA空間結(jié)構(gòu)及其功能。
②用如上技術(shù)研究以RNA為基礎(chǔ)的生物系統(tǒng)的作用、功能以及其疾病機(jī)理憔古。
General Idea
文章發(fā)表了一種新的研究RNA-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的方法——RNP-MaP仆邓，應(yīng)用于U1核糖核蛋白鲜滩、RNase P和RMRP蛋白、XIST長非編碼RNA結(jié)合蛋白這三種蛋白質(zhì)节值，與其相結(jié)合的RNA的相互作用關(guān)系徙硅，從而證明了RNP-MaP是一種高效的方法。
DETAILS
1)Mechanism——RNP-MaP strategy
? ? ? ? 運用一種可以進(jìn)入細(xì)胞的化合物NHS-diazirine (SDA)對蛋白質(zhì)及其在RNA上的結(jié)合位點進(jìn)行交聯(lián)搞疗。具體原理如下：
? ? ? ? SDA有兩個反應(yīng)區(qū)域嗓蘑，一個亞氨基，可以與氨基酸（主要是賴氨酸）反應(yīng)形成氨鍵贴汪；另一個反應(yīng)區(qū)域是雙吖丙啶脐往，經(jīng)過長波紫外照射后形成卡賓或重氮化合物，攻擊核苷酸扳埂。交聯(lián)條件：氨基距離4A以內(nèi)业簿，賴氨酸約8A。
? ? ? ? 將SDA加入細(xì)胞培養(yǎng)基阳懂，SDA進(jìn)入細(xì)胞與蛋白質(zhì)交聯(lián)梅尤，用紫外光照射，產(chǎn)生卡賓或重氮化合物并與RNA相應(yīng)位點交聯(lián)岩调。將細(xì)胞裂解并消化蛋白質(zhì)巷燥，得到交聯(lián)多肽加合物的RNA鏈。將RNA反轉(zhuǎn)錄号枕，cDNA測序缰揪，數(shù)據(jù)分析后可以得到突變標(biāo)記的蛋白質(zhì)結(jié)合位點以及蛋白質(zhì)結(jié)合位點之間的關(guān)聯(lián)。
? ? ? ? 在缺失SDA或缺失UV light照射或細(xì)胞外的條件下測試該方法葱淳，發(fā)現(xiàn)SDA+UV+細(xì)胞內(nèi)都是實驗成功的必要條件钝腺。
2) Experiment 1：U1 small nuclear ribonucleoprotein
3) Experiment 2：conserved interaction network in RNase P and RMRP RNAs
be continued......
REFERENCE
[1] Weidmann, C.A., Mustoe, A.M., Jariwala, P.B.?et al.?Analysis of RNA–protein networks with RNP-MaP defines functional hubs on RNA.?Nat Biotechnol?39,?347–356 (2021).
[2]?https://chem.unc.edu/faculty/weeks-kevin/
