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單核苷酸多態(tài)性(SNPs)是人類最常見的遺傳變異,是研究疾病遺傳基礎(chǔ)的寶貴資源梅誓。在相關(guān)疾病研究中恰梢,常常涉及將基因表達(dá)的變異與基因型聯(lián)系起來的表達(dá)數(shù)量性狀位點(eQTL)分析;與表觀調(diào)控相關(guān)的DNA甲基化數(shù)量性狀位點(meQTL)分析梗掰;影響剪接調(diào)控的剪接數(shù)量性狀位點(sQTLs)分析嵌言。

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PancanQTL包含cis-eQTL分析中的5606570對eQTL基因和trans-eQTL分析中中的231210對eQTL基因;其中22212個eQTL與患者總體生存相關(guān)购裙;337131個eQTL與現(xiàn)有GWAS位點重疊懂版。


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Pancan-meQTL

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Pancan-meQTL包含8028964個順式和965050個反式meQTL;其中23432個meQTL與患者總生存時間相關(guān)恩掷;2214458個meQTL與現(xiàn)有GWAS位點重疊倡鲸。


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CancerSplicingQTL

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CancerSplicingQTL包含4599598個sQTLs誓焦;17072個sQTLs與患者總生存時間相關(guān)胆敞;1180132個sQTLs與已知的GWAS連鎖不平衡區(qū)域重疊。


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首發(fā)公號:國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺

參考文獻(xiàn)

[1]Gong J, Mei S, Liu C, et al. PancanQTL: systematic identification of cis-eQTLs and trans-eQTLs in 33 cancer types. Nucleic acids research 2018;46:D971-D6.

[2] Gong J, Wan H, Mei S, et al. Pancan-meQTL: a database to systematically evaluate the effects of genetic variants on methylation in human cancer. Nucleic acids research 2018.

[3]?Gong J,?Wan H,?Mei S, et al.Pancan-meQTL: a?database?to?systematically?evaluate?the?effects?of?genetic?variants?on?methylation?in?human?cancer.Nucleic Acids Res.?2019 Jan 8;47(D1):D1066-D1072.?

圖片來源:PancanQTL秦叛、Pancan-meQTL晦溪、CancerSplicingQTL官網(wǎng)、參考文獻(xiàn)挣跋,如有侵權(quán)請聯(lián)系刪除三圆。

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