Conda 簡(jiǎn)介
Conda 是一個(gè)開(kāi)源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)溜在，用于安裝多個(gè)版本的軟件包及其依賴關(guān)系，并在它們之間輕松切換京闰。
簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)Conda就是Linux系統(tǒng)下的應(yīng)用商店颜及，你可以在通過(guò)Conda下載，安裝很多軟件蹂楣。這里我們推薦miniconda,它只包含了最基本的內(nèi)容俏站，python和conda，以及相關(guān)的必須依賴項(xiàng)痊土。精簡(jiǎn)的miniconda足夠滿足日常生信使用肄扎。
下載miniconda
推薦使用清華大學(xué)的conda鏡像，直接百度即可赁酝，然后選擇匹配自己服務(wù)器的最新版本犯祠，右鍵復(fù)制下載鏈接。
（截止發(fā)文時(shí)赞哗，以上是最新版本）
在linux中輸入命令 wget+復(fù)制好的下載鏈接雷则，回車即開(kāi)始下載。
安裝和激活miniconda
輸入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh肪笋，安裝過(guò)程中會(huì)出現(xiàn)很多版本信息月劈，回車跳過(guò)即可。
后面程序需要enter就enter,需要yes就yes藤乙。
source ~/.bashrc激活conda猜揪，再輸入conda，出現(xiàn)大段信息說(shuō)明激活成功坛梁。
添加鏡像
由于conda在國(guó)外而姐，在國(guó)內(nèi)直接訪問(wèn)速度會(huì)很慢，所以要配置鏡像划咐，以設(shè)置清華鏡像為例拴念。將代碼全部復(fù)制粘貼，回車即可褐缠。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
在miniconda上安裝和卸載軟件
1.conda list：查看目前服務(wù)器上已安裝的軟件
2.conda install fastqc -y：安裝fastqc軟件（-y表示運(yùn)行過(guò)程中遇到y(tǒng)es/no的選項(xiàng)默認(rèn)yes）
3.conda remove fastqc -y卸載軟件
Conda 環(huán)境
不同的分析項(xiàng)目需要不同的軟件政鼠，在執(zhí)行不同項(xiàng)目時(shí)需要的軟件版本也可能不同，這就需要在不同的環(huán)境里安裝不同的軟件队魏。
1.conda info --envs查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境公般，帶的是默認(rèn)環(huán)境。
2.conda create -n rna-seq python=3 fastqc -y建立名為rna-seq的環(huán)境,指定python版本是3，安裝軟件fastqc官帘。
此時(shí)再查看環(huán)境會(huì)發(fā)現(xiàn)多了一個(gè)rna-seq瞬雹，若要激活該環(huán)境則需要conda activate rna-seq，這時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)移到了新建環(huán)境前面刽虹，若要退出當(dāng)前環(huán)境酗捌，則運(yùn)行conda deavticate。
