基因組的序列版本權(quán)威發(fā)布者是Genome Reference?Consortium
hg38對應(yīng)于GRCh38莉给,初版本發(fā)布于2013年12月。
hg19對應(yīng)于GRCh37,初版本發(fā)布于2009年2月尿这。
版本間轉(zhuǎn)換
UCSC上有展示歷次人的基因組版本大致情況缴阎,其網(wǎng)址:http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQreleases.html
部分內(nèi)容截圖如下:
當(dāng)然也有其它物種的基因組版本缠黍,此處未列出
可以看到hg38對應(yīng)于GRCh38,于2013年12月發(fā)布药蜻,上一代版本hg19對應(yīng)于GRCh37瓷式,發(fā)布于2009年2月。現(xiàn)在人類基因組版本發(fā)布統(tǒng)一由Genome?Reference Consortium負責(zé)了语泽。
版本間轉(zhuǎn)換工具:
LiftOver@UCSC
Remap@NCBI
Ensembl API
AssemblyConverter@Ensembl
Crossmap@sourceforge
rtracklayer@BioConductor
flo@github
LifeoverVcf@Picard(vcf only)
基因組子版本間的差別
即使是同一基因組版本如hg38贸典,在網(wǎng)站上存儲也有不同的“子版本”,主要是完整性及注釋等的區(qū)別踱卵。
基因組序列注釋可以從Gencode下載廊驼,也可以用BioConductor的AnnotationHub來注釋。