看的第二遍了 第一遍看的忘記了 所以整理一下 以防又忘
雖然套路很老 圖也沒R做的好 但借鑒的地方還是很多
IF 3分左右
PMID: 28901457 PMCID: PMC5780015 DOI: 10.3892/or.2017.5946
在肝癌中的生信分析-確定關(guān)鍵基因
GEO上下載基因，然后對基因進行篩選，篩選差異基因丧靡，然后做PPI網(wǎng)絡(luò)眨攘，蛋白互作網(wǎng)絡(luò)可視化，上下調(diào)基因標(biāo)注，差異基因功能富集，關(guān)鍵基因富集，生存分析看是否有關(guān)系继低。
GEO數(shù)據(jù)下載和篩選差異基因
GEO網(wǎng)站 GSEXXX
比較時注意 cancer在下 Nomal在上
按住Ctrl選擇 Shifit連續(xù)選 比較 SAVE ALL
保存TXT 復(fù)制到EXCEL
然后篩選差異基因 條件logFC（fold change）的絕對值≥1 , adj.p-value＜0.01
對多個芯片取交集差異基因（Venn圖）
對篩選好的基因做Venn圖
保存EXCEL和TXT數(shù)據(jù)
做PPI及上下調(diào)基因標(biāo)注Cytoscape
蛋白互作網(wǎng)路 百度STRING
PPI互作網(wǎng)絡(luò)，將所篩選的全部差異基因輸入稍走，然后download TSV格式文件袁翁，EXCEL或Cytoscape打開，Cytoscape婿脸。按File+Import+Network+File.
Style美化
上下調(diào)基因篩選
在之前EXCEL文件中對基因列和logFC列進行上下調(diào)標(biāo)注粱胜，VLOOK函數(shù)應(yīng)用，上調(diào)UP盖淡，下調(diào)DOWN,logFC≥1 up年柠，logFC≤-1 down。然后復(fù)制到TXT文檔中，導(dǎo)入Cytoscape冗恨，F(xiàn)ile+Import+table+File答憔。File collar ，按group分組掀抹，選擇顏色形狀虐拓。
顯著Module和關(guān)鍵基因篩選
上下調(diào)基因篩選完成之后，APP+Manger+install MCODE 然后analysis傲武，得出關(guān)鍵基因
記下篩選參數(shù)
顯著Module
每個seed download
差異基因和最顯著Module的GO及KEGG富集分析
打開DAVID網(wǎng)站 Functional Annotation,導(dǎo)入差異基因蓉驹，選擇OFFICIAL-GENE-SYMBOL,GENE LIST-SUBMIT LIST.
FDR值 矯正后p值
關(guān)鍵基因相互作用網(wǎng)絡(luò)及功能分析
將之前SED保存的關(guān)鍵基因到EXCEL中星澳，復(fù)制到cbioportal中做NETWORK感混。
黑色為關(guān)鍵基因，其余為共表達(dá)基因区转。
功能分析
Cytoscape疟位，APPS+BINGO然后導(dǎo)入關(guān)鍵基因瞻润，選擇GO種類，物種甜刻，start BINGO
熱圖
使用在線網(wǎng)站UCSC绍撞，選擇癌癥類型，Genomic得院，Gene Expression
然后選擇亞型 Grade Symple type傻铣，最后拼接一起
hub gene生存分析
也是使用在線網(wǎng)站cbioportal，選擇TCGA數(shù)據(jù)祥绞，然后survival
關(guān)鍵基因 OncomineMeta分析
Search 關(guān)鍵基因非洲，選擇cancer type，選擇研究對象勾上就谜，compare比較怪蔑，記錄p值和fold change，然后拼接
關(guān)鍵基因 Oncomine分析
選擇關(guān)鍵基因 cancer typ 分級
