以下是查到的資料穿剖，目前似懂非懂哲思。
關于對接盒子的設置 是分子對接的一個重要參數(shù)。
分子的大小可以通過回轉半徑Rg有效地描述佳鳖，Rg是廣泛使用的分子尺寸和質(zhì)量分布指標霍殴。
研究表明，最高的預測精度在Rg/box尺寸比為0.35腋颠，對應2.857×Rg的盒子大小繁成。
Rg為配體的Rg，只計算重原子淑玫。
那么本文的重點就是計算出Rg了巾腕！我開始查。
文中的計算網(wǎng)頁打不開絮蒿，我從百度百科看到公式是：
從博士論文《用分子模擬方法研究周質(zhì)轉運體系蛋白的結構與功能關系》中查到分子模擬中的回轉半徑計算應該是：
關于回轉半徑的解釋：
引自《食品中大小分子相互作用.ppt》
微信公眾號云生信 #軟件工具#Gromacs使用教程（已經(jīng)斷更一年）
http://www.yinfotek.com/blog/autodock-vina2
提到設置盒子位置時尊搬，需要：
Grid > Set Map Types > Choose Ligand…
選擇1UY6，點擊Select Ligand土涝。
Grid > Grid Box…
彈出Grid Options對話框佛寿。
Center > Center on ligand
此時，盒子中心自動移動到以配體分子的質(zhì)心但壮，Center Grid Box下的數(shù)值變?yōu)閤 center: 3.031冀泻、y center: 10.63和z center: 25.073。
點擊Spacing (angstrom)右側的滑輪蜡饵，輸入1弹渔，或者直接拖住滑輪向右滑至數(shù)值為1。
調(diào)整number of points in x-dimension溯祸、number of points in y-dimension和number of points in z-dimension為24肢专、22和22
根據(jù)實際舞肆，調(diào)整盒子直至將配體分子包括住。
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