雜合度

1 使用plink挑選個(gè)體

plink --vcf SNP_qc0818.vcf --recode --out SNP_qc0818   --make-bed --double-id --allow-extra-chr  #先將vcf文件轉(zhuǎn)換為plink的輸入文件格式
plink --bfile SNP_qc0818 --noweb --keep bsz.txt --recode --make-bed --out BSZ1 --double-id --allow-extra-chr #提取bsz.txt中的樣本
plink --file BSZ1 --hardy --out BSZ_hardy  --allow-extra-chr#計(jì)算位點(diǎn)雜合度
#結(jié)果見.hwe文件

注意bsz.txt是要提取的樣本名，為兩列红碑。

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