Gromacs中的角度中剩，距離等分析工具的使用都涉及到特殊的分組方法舶胀，能不能以合適的格式分組是計算成功的關鍵。
選取分組主要有兩種方法唤锉，一是直接在命令中使用Select語法進行分組冬骚，二是建立相應的索引文件椅贱。
第一種方法更加靈活并支持動態(tài)選區(qū)，可以在命令中直接用''括起來放入其中只冻。當然前提是整個體系中原子命名等信息不能有重復庇麦。例如在一條碳鏈中，每個碳最好分別命名為"C1""C2"...而不能統(tǒng)一命名為"C"喜德，這樣將很難通過Select語法來甄別山橄。例如，要是要計算一條碳鏈與z軸之間的夾角舍悯，則可以使用命令gmx gangle -f ..xtc -s ..tpr -n ..ndx -g1 vector -group1 'name C1 C5 permute 1 2' -g2 z -oav -oall -oh航棱。此處的'name C1 C5 permute 1 2'意為從名為C1的原子指向名為C5原子的向量，1 2表明向量的方向從第一組指向第二組萌衬。有關Select詳細的語法和使用實例在李老師的博文中有詳細的介紹饮醇，感興趣的可以訪問這里GROMACS選區(qū)(selection)語法及用法。
若是沒有明智地提前將原子名稱區(qū)分好秕豫，或是即使用Select語法也無法選定特定的組朴艰，就只好通過建立相應的索引文件了。在distance與gangle等命令中所用的組往往需要選定兩個位置，這兩個位置應當在索引文件中成對出現(xiàn)呵晚。若是作為向量，則是從第一個向量指向第二個向量沫屡。同理饵隙，對于需要三個位置的組，則應三個為一行沮脖。下面是個簡單的例子：
[ Vector1 ] 1 5 2 6 3 7 ... [ Plane1 ] 1 3 5 2 4 6 ...
這樣金矛，在做好相應的索引文件后，就可以直接在命令執(zhí)行時選擇相應的組就可以了勺届。這時驶俊，上述的例子就可以寫成： gmx gangle -f ..xtc -s ..tpr -n ..ndx -g1 vector -group1 -g2 z -oav -oall -oh，在執(zhí)行命令后會出現(xiàn)選擇分組的提示免姿，根據(jù)提示選擇相應的組就可以了饼酿。
另外，在建立特定索引組的過程中胚膊，可以尋求出序號之間的規(guī)律故俐，寫一個小程序直接生成疮蹦。索引文件的格式很簡單窖剑，保證組名和數(shù)字就好。并不是非得使用gmx make_ndx工具的白魂。
