ceRNA是個啥典蝌?
首先肯定要先搞清楚ceRNA是個啥,英文名competing endogenous RNAs头谜,咱給翻譯成——競爭性內(nèi)源RNA骏掀。其實簡單去理解只要理解一個核心就是,lncRNA可能競爭性結(jié)合miRNA柱告,影響miRNA調(diào)控mRNA截驮。 它并不是一個新的物種,如果說lncRNA性別為男际度,miRNA性別為女葵袭,ceRNA并不是太監(jiān),這時候ceRNA講的是花前月下的男女朋友(還是出軌呀)乖菱,當然啦坡锡,有些lncRNA很有可能是單身狗。
摘要
基于這樣一個知識背景窒所,我們來看那些正兒八經(jīng)的不花錢不動腦的故事是怎樣煉成的鹉勒,我們還是老辦法,先看摘要了解下大概的內(nèi)容:
看完這個吵取,大家心里就有數(shù)了禽额,總結(jié)一下就是用TCGA RNA-seq數(shù)據(jù)構(gòu)建了TNBC的ceRNA網(wǎng)絡(luò),然后做了一個小小的RT-qPCR驗證皮官,當然是不怎么花錢的脯倒。
咱們老規(guī)矩,看圖說話捺氢,首先就是差異分析的結(jié)果藻丢,包括mRNA, miRNA, lncRNA三次,作者做了個熱圖意思一下摄乒,這里首先就是咱找到三批差異RNA了郁岩。
接下來,這個就是那個著名的幾乎都會看到表示下用到的sample臨床信息分布情況缺狠,讓大家知道下病人大體的分布情況。
生存分析
大家這個大家都認識萍摊,就是生存曲線嘛挤茄,有意思的是作者的描述,4個代表性的基因冰木,小編同學覺得似乎不是很合理穷劈。其實這里是作者批量的用K-M法對咱上一步篩選到的差異基因做生存分析笼恰,然后選出跟預后相關(guān)的,然后作者就這么代表性的放了4個歇终。
大家很容易想到通過差異基因的生存分析會得到一部分lncRNA,miRNA,mRNA社证,然后就基于這些基于構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)。大家當然關(guān)心這些基因又是怎么構(gòu)建的嘞评凝,小編給大家找句原文的話追葡,
we selected 66 DElncRNAs that could bind to 24 DEmiRNAs based on miRcode. Then, mRNAs targeted by the DEmiRNAs were searched using two target gene prediction databases miRTarBase and Targetscan,
說白了就是用三個數(shù)據(jù)庫完成lncRNA找miRNA,再用miRNA找mRNA奕短,妥妥的三角戀宜肉。
繼續(xù)往下走,就是自己找了30對sample做了幾個qP驗證翎碑,如果是小編谬返,這樣的文章打死不驗證,誠然日杈,作者根本就沒有繼續(xù)深入的想法了遣铝,做幾個qPCR何用,實在想完成動作莉擒,完全可以試圖找?guī)讉€其它數(shù)據(jù)集驗證下酿炸。
總結(jié)陳詞
以后本小編要自己給增加一部分總結(jié)陳詞(奇葩說看多了hh),文獻需要具備以下的TCGA數(shù)據(jù)下載分析能力啰劲,批量生存分析的能力梁沧,cytoscape構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)(完全可以做的更好看些嘛),然后就沒有然后啦蝇裤。
從文獻整體來看思路實在是簡單粗暴廷支,確實是達到了不怎花錢又不動腦的目的,但簡單粗暴的教大家灌水實在不是小編同學的本意栓辜,它僅僅是一個工具恋拍,師傅領(lǐng)進門,修行在個人藕甩,數(shù)據(jù)庫的使用施敢,分析方法的使用全在個人。小編同學相信無論是一篇文獻狭莱,一個人的價值都在于其不可替代性僵娃。
似乎好久沒有雞湯,想必這個時候很是合適:勢利紛華腋妙,不近者為潔默怨,近之而不染者尤潔;智械機巧骤素,不知者為高匙睹, 知之而不用者為尤高愚屁,污泥不染,知巧不用痕檬。出自《菜根譚》
明代 洪應(yīng)明
與諸君共勉