1. circbase(http://www.circbase.org/)
????? 用于查找來源于人類捐凭、小鼠、線蟲等多物種的circRNA相關(guān)信息。直接輸入進行搜索御板,支持?circBase ID(hsa_circ_0018046)、?refseq轉(zhuǎn)錄ID(NM_018076)牛郑、gene symbol(ARMC4)怠肋、genomic coordinates (chr10:28196591-28233891)或者Gene Ontology term identifiers(注釋號)。由于我這邊打開網(wǎng)頁一搜索就報錯淹朋,所以沒有辦法演示后面的序列獲得過程笙各。
2. circBank(http://www.circbank.cn/index.html)
??? 由于circBase網(wǎng)頁打不開,所以我又找到了另一個可以獲得人類circRNA序列的circBank础芍。circBank是一個全面的人類circRNA數(shù)據(jù)庫杈抢,其中包括來自不同來源的140000多個人類注釋circRNA。除了circRNA的基本信息仑性,還包括通過兩種方法預(yù)測的結(jié)合miRNA惶楼,circRNA蛋白編碼潛力,circRNA保守性诊杆、circRNA突變和甲基化等修飾歼捐。
然后就獲得hsa_circ_0018046的circBank ID、circBase ID晨汹、染色體位置豹储、長度、基因淘这、轉(zhuǎn)錄本颂翼、注釋號以及序列等相關(guān)信息晃洒。
跟circbase相比較,circbank里面只包含人類circRNAs朦乏,沒那么全面球及,但是沒辦法誰讓我打不開那個網(wǎng)頁呢,也不知道為啥呻疹,有人知道怎么打開的小伙伴麻煩分享一下方法啊吃引。。刽锤。镊尺。