多重檢驗(yàn)——FWER,FDR,FCR

A/B實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)——如何避免多重檢驗(yàn)錯(cuò)誤中花吟,介紹了什么是多重檢驗(yàn)巩检,并且介紹了Bonferroni correction耿芹、Holm–Bonferroni method烛占。本篇將更深入討論應(yīng)對(duì)多重檢驗(yàn)的策略嚎于。

符號(hào)定義

  • m:總檢驗(yàn)假設(shè)數(shù)
  • m0:零假設(shè)正確的數(shù)量泵额,我們無(wú)法得知
  • m - m0:備擇假設(shè)正確的數(shù)量
  • V:假陽(yáng)性結(jié)論數(shù)量
  • S:真陽(yáng)性數(shù)量
  • T:假陰性數(shù)量
  • U:真陰性數(shù)量
  • R = V + S:拒絕零假設(shè)數(shù)量

在m個(gè)假設(shè)檢驗(yàn)中涮母,m0個(gè)零假設(shè)為真谆趾,R是觀察到的顯著情況的隨機(jī)變量,S叛本、T沪蓬、U、V都是不可觀測(cè)的隨機(jī)變量来候。

FWER(Family-wise error rate)

代表一系列檢驗(yàn)中跷叉,至少存在一個(gè)假陽(yáng)性的概率:
FWER = P_r(V >= 1)

控制過(guò)程

無(wú)論檢驗(yàn)間是否獨(dú)立的,\alpha \leq m * \alpha_{sub}都成立营搅。
利用這個(gè)不等式云挟,可以通過(guò)Bonferroni correctionHolm–Bonferroni method來(lái)對(duì)FWER進(jìn)行控制转质。

缺點(diǎn)

由于FWER限制過(guò)于嚴(yán)格园欣,會(huì)導(dǎo)致power相對(duì)比較低,容易錯(cuò)失正確的決策機(jī)會(huì)休蟹。
例如當(dāng)兩個(gè)比較是完全相關(guān)沸枯,多次比較并不會(huì)增加假陽(yáng)性水平,但是矯正后卻增加了假陰性赂弓。

FDR(False discovery rate)

發(fā)現(xiàn)中假陽(yáng)性錯(cuò)誤的比例期望:
Q = V / R,
FDR = Q_E = E[Q] = E[V/R|R>0]*P(R > 0)

控制過(guò)程

Benjamini–Hochberg procedure(BH step-up procedure)
  1. 將多重比較的P值排序绑榴,找到滿足P_{(k)} \leq \frac{k}{m} {\alpha} 的最大的k
  2. 拒絕1 ~ k對(duì)應(yīng)的原假設(shè)盈魁。

檢驗(yàn)間獨(dú)立或者正相關(guān)情況下翔怎,HB過(guò)程控制結(jié)果滿足:
E(Q) \leq \frac{m_0}{m}\alpha \leq \alpha

如何理解?


  1. 設(shè)共有M個(gè)假設(shè)备埃,M_0個(gè)零假設(shè)為真姓惑,它們的P值為均勻分布褐奴,顯著水平為h,則期望的假陽(yáng)性數(shù)量為h * M_0;
  2. 紅線的斜率為\alpha / M于毙,紅線下方最大的P值對(duì)應(yīng)的序號(hào)為L敦冬;
  3. 拒絕零假設(shè)中,期望的假陽(yáng)性數(shù)為h * M_0 = M_0\frac{\alpha * L}{M}唯沮,因此:
    FDR \leq \frac{M_0\frac{\alpha * L}{M}}{L} = \alpha *{ M_0} / M \leq \alpha

HB過(guò)程在每次比較獨(dú)立或者正相關(guān)時(shí)是有效的脖旱。

Benjamini–Yekutieli procedure

此過(guò)程在任意情況下,都能控制假陽(yáng)性介蛉。方式為在BH過(guò)程中萌庆,引入?yún)?shù)c,找到最大k滿足P_{(k)} \le \frac{k}{m * {c(m)}}\alpha币旧。

  • 如果檢驗(yàn)間獨(dú)立或者正相關(guān)践险,c(m) = 1
  • 其他情況吹菱,c(m) = \sum _{i=1}^{m}\frac{1}{i}巍虫。

缺點(diǎn)

相對(duì)于FWER,有較高的假陽(yáng)性率鳍刷。

FCR(False coverage rate)

錯(cuò)誤覆蓋率占遥。FWER、FDR用于控制P值输瓜,F(xiàn)CR用于控制置信區(qū)間瓦胎。

控制過(guò)程

BH過(guò)程對(duì)應(yīng)的置信區(qū)間修正
  1. 將多重比較的P值排序,找到滿足P_{(k)} \leq \frac{k}{m} {\alpha} 的最大的k尤揣;
  2. 拒絕1 ~ k對(duì)應(yīng)的原假設(shè)搔啊;
  3. 為每個(gè)比較中的參數(shù),構(gòu)建 1 - \frac{k}{m} {\alpha} 水平的置信區(qū)間芹缔。

結(jié)語(yǔ)

我認(rèn)為需要根據(jù)不同情況坯癣,選擇適合自己的標(biāo)準(zhǔn)與方法。
目的明確最欠,決策指標(biāo)明確示罗,測(cè)試干預(yù)是否有效,也許FWER來(lái)進(jìn)行控制比較合適芝硬;探索性實(shí)驗(yàn)蚜点,指標(biāo)很多的情況下,可能FDR會(huì)更適合拌阴。

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