利用最大似然法構(gòu)建水稻蛋白系統(tǒng)進化樹
1 蛋白序列獲取
在MSU上檢索蛋白序列，最終檢索獲取到770條蛋白序列苛预。
2 多序列比對
利用CLUSTALW 2.1軟件（Higgins DG等,2007）孵稽，使用默認參數(shù)许起，對770條蛋白序列進行多序列比對。
3 構(gòu)建系統(tǒng)進化樹
利用IQ-TREE 1.6.12構(gòu)建系統(tǒng)進化樹菩鲜。使用最大似然法（Maximum Likelihood园细，ML），設(shè)置自動測試546種替換模型接校，最終選用最優(yōu)替換模型JTT+R10猛频，bootstrap重復(fù)1000次。
4 繪制系統(tǒng)進化樹
利用iTOL 5.4（Ivica Letunic等蛛勉，2006）鹿寻，繪制系統(tǒng)進化樹，刪除bootstrap value低于70的分枝诽凌。
5 檢驗
參考Guo-Liang Wang（2011）毡熏、Hong-Wei Xue（2012）、Narendra Tuteja（2012）侣诵、Ki-Hong Jung（2014）等發(fā)表的關(guān)于某蛋白的文章痢法，將770條蛋白系統(tǒng)進化樹與文獻中的系統(tǒng)進化樹進行比較狱窘，結(jié)果基本一致。
