Distinct Urinary Metabolic Profile of Human Colorectal Cancer
Journal of proteome IF= 3.95
摘要：
尋找代謝診斷標(biāo)志物對(duì)結(jié)直腸癌（CRC）的診斷和治療意義重大。作者收集了不同CRC分期樣本（健康103例夹孔，CRC101例），并用GC-MS進(jìn)行分析貌夕。最終發(fā)現(xiàn)很多代謝通路都發(fā)生了改變，如TCA cycle, urea cycle, pyrimidine metabolism, tryptophan metabolism, polyamine metabolism, as well as gut microbial?host co-metabolism in CRC subjects懂诗。作者的發(fā)現(xiàn)證實(shí)了腸道微生物-寄主的共代謝會(huì)導(dǎo)致CRC病人自身代謝物的改變蜂嗽。同時(shí)，作者鑒定了代謝marker如殃恒，citrate, hippurate, pcresol, 2-aminobutyrate, myristate, putrescine, and kynurenate植旧，并用ROC曲線(xiàn)表示AUC值分別為0.993和0.998辱揭。
那么都用到了什么技術(shù)路線(xiàn)呢，一起來(lái)學(xué)習(xí)下吧
一 臨床信息
作者收集了如下比較翔實(shí)的臨床信息病附，其中包含了年齡问窃，分期，分化等完沪。一個(gè)詳細(xì)的臨床信息對(duì)代謝組學(xué)來(lái)說(shuō)意義重大
二 樣本質(zhì)量
作者用GC-MS和UPLC-MS測(cè)CRC的尿樣域庇，一共得到了261個(gè)代謝物。繪制了PCA和PLS-DA圖覆积，圖中顯示實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組分的很開(kāi)听皿。這表明樣本質(zhì)量很好
三 差異代謝物
通過(guò)UPLC-MS和GC-MS得到的35個(gè)差異代謝物，表中的幾個(gè)指標(biāo)分別是：
VIP： OPLS-DA得到的重要性值
Pb: T檢驗(yàn)得到的P值
Pc：秩和檢驗(yàn)得到的P值
（為啥要把兩種統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)并排呢）
FC：倍數(shù)變化
metabolite: 代謝物名稱(chēng)
metabolic pathway：代謝物所在通路
四 鎖定7個(gè)變化較大的差異代謝物
作者比較了35個(gè)差異代謝物宽档，綜合考慮了AUC尉姨，F(xiàn)C，VIP吗冤，選出了7個(gè)代謝物又厉。并用邏輯回歸將其構(gòu)建模型，得到AUC值如下圖椎瘟。
citrate, kynurenate, 2-aminobutyrate, and hippurate這四種代謝物在癌和癌旁之間的相對(duì)含量
五 比較六個(gè)變化較大代謝物在不同分期之間的差異表達(dá)
六 受到影響較大的通路
通過(guò)這個(gè)通路覆致，作者成功的將他們的研究和腸道菌群扯到一起，搖身一變成熱點(diǎn)肺蔚。
不過(guò)結(jié)直腸癌和腸道菌群本來(lái)也關(guān)系密切嘛煌妈。
就這些，感覺(jué)實(shí)驗(yàn)時(shí)間一星期婆排，分析數(shù)據(jù)一星期声旺，3分文章就出來(lái)了……
