更新 2020年6月18號
這個在線工具可能是因為網(wǎng)速的的原因吧非常不好用篙耗，我錄制了一期視頻介紹了一下如何本地使用這個程序
https://www.bilibili.com/video/BV1gV411k7Bs#reply3051739156
如果大家覺得有幫助歡迎在B站關(guān)注我氯材，記得三連哈！
如果關(guān)于數(shù)據(jù)處理和數(shù)據(jù)可視化有任何問題都可以在我的公眾號 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 留言。 如果我碰巧能夠解決我就會花時間來錄制一期視頻記錄解決辦法！文末有公眾號二維碼！
論文題目
IRscope: An online program to visualize the junction sites of chloroplast genomes
期刊 影響因子
Bioinformatics 7.307
網(wǎng)址
https://irscope.shinyapps.io/irapp/
introduction
高等植物葉綠體基因組通常高度保守，長度在150kb左右命咐，環(huán)狀DNA,130個基因左右，其中80個蛋白編碼基因谐岁，30個tRNA,10個rRNA,典型的四部分結(jié)構(gòu)醋奠，兩個反向重復(fù)區(qū)（inverted repeats IRs）大的單拷貝區(qū)（large single-copy LSC）小的單拷貝區(qū)（small single-copy SSC）共有四個連接位點
葉綠體基因組的相關(guān)論文通常會有一幅圖比較不同種葉綠體基因組四個區(qū)域邊界的差異，之前看到的論文里也沒有提到這種圖是借助什么工具來做的伊佃，自己一直以為這類圖是借助PPT或者其他工具手動畫出來的窜司，今天看到的論文里提到了用來做這種圖的在線工具IRscope，上傳的文件格式包括genbank文件航揉，NCBI 的accession number,或者DOGMA的輸出文件加上葉綠體的fasta序列塞祈。自己嘗試了網(wǎng)址上提供的例子，輸出的結(jié)果如下
看起來還挺美觀的帅涂，輸出的結(jié)果是300ppi的jpg文件议薪。
畫圖借助的是R代碼尤蛮，論文也提供了畫圖用到的R源碼（source code）,可以根據(jù)自己的需求來修改源碼。抽時間再來研究他的R代碼斯议。
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