一篇PloS ONE文章的完整分析過程(含數(shù)據(jù))

各位小伙伴們好准脂,好久沒寫文章了劫扒,前幾次我們分享文獻(xiàn)的時候都是先看文章,再研究作者為什么要這么分析狸膏。今天我們換一個思路沟饥,先把真實的數(shù)據(jù)給你,你會怎么分析湾戳?

話不多說贤旷,開工!

這是一個真實的數(shù)據(jù)砾脑,病例的是因器官功能障礙入住ICU病房幼驶,且預(yù)期住院時間>48h的175名重癥患者。

研究者分別記錄了基線韧衣、7天县遣、14天糜颠、21天、28天患者的12項生物標(biāo)志物萧求,(血紅蛋白其兴,肌酸酐,白蛋白夸政,白細(xì)胞介素-6元旬,促紅細(xì)胞生成素,鐵守问,總鐵結(jié)合能力[TIBC]匀归,轉(zhuǎn)鐵蛋白,鐵蛋白耗帕,轉(zhuǎn)鐵蛋白飽和度穆端,葉酸和維生素B12),同時記錄了患者在ICU期間是否進(jìn)行過紅細(xì)胞輸血仿便。

數(shù)據(jù)就是這些体啰,相信很多醫(yī)生都可以拿到類似的數(shù)據(jù),下面請大家思考一下嗽仪,如果你有這些數(shù)據(jù)荒勇,該怎么寫出一篇2-3分的文章?

一千個人有一千個哈默雷特闻坚,下面我就展示一下我的分析思路沽翔,拋磚引玉,希望對大家有所啟發(fā)窿凤。

? ?? 1.確定XYZ

動手之前仅偎,我們先理清頭緒:什么是研究的XYZ。

在這個數(shù)據(jù)中我們不難看出雳殊,很多指標(biāo)都可以當(dāng)做X橘沥,但是的Y只有1個:是否輸血。當(dāng)然相种,這是因為這個數(shù)據(jù)只保留了這一個結(jié)局威恼,如果大家拿到的原始數(shù)據(jù)比較多,可以通過查文獻(xiàn)的方式確定自己的研究方向寝并,這次不做過多討論箫措。

確定了研究的結(jié)局Y,我們可以開始動手做了衬潦。這次分析我使用的是易侕統(tǒng)計軟件斤蔓,是一款基于R語言的軟件,大家可以選擇自己熟悉的SAS镀岛、SPSS弦牡,都可以重現(xiàn)友驮。

我把數(shù)據(jù)導(dǎo)入軟件,大概瀏覽了一下數(shù)據(jù)的合理性驾锰,是否有明顯錯誤卸留,中文符號等,結(jié)果不錯椭豫,這個數(shù)據(jù)清理的很干凈耻瑟,可以直接分析。

確定Y之后赏酥,首先要做的就是找到一個我們感興趣的X喳整,好在我們的X不多,所以我們可以分別進(jìn)行一次單因素分析裸扶,看看有沒有好的結(jié)果框都。

從掃描的結(jié)果來看,有6個生物標(biāo)志物(血紅蛋白呵晨,白蛋白魏保,IL-6,TIBC何荚,轉(zhuǎn)鐵蛋白和鐵蛋白水平)都和Y輸血量有直接的關(guān)系囱淋。

? ?? 2.確定寫作思路

有了初步結(jié)果猪杭,我想到了2個寫作方向餐塘,第一是在這6個標(biāo)志物中找到其中最有意思的1個,找找有沒有閾值飽和效應(yīng)皂吮,寫一篇危險因素的文章戒傻。第二個是使用單獨或聯(lián)合多個標(biāo)志物做一個預(yù)測模型

我簡單做了一下文獻(xiàn)檢索蜂筹,發(fā)現(xiàn)單獨研究血紅蛋白需纳,白蛋白,IL-6艺挪,TIBC不翩,轉(zhuǎn)鐵蛋白和鐵蛋白水平的危險因素文章已經(jīng)很多了,沒有太多新意麻裳,現(xiàn)有的數(shù)據(jù)中也沒有閾值飽和效應(yīng)等特別的發(fā)現(xiàn)口蝠。那么剩下的就是第二個思路,預(yù)測模型津坑。

? ?? 3.預(yù)測模型的套路

預(yù)測模型的做法是有套路的妙蔗,大家可以看看我之前分享的幾篇文獻(xiàn):

從一篇新英格蘭文章學(xué)習(xí)預(yù)測模型分析

?。做預(yù)測模型的時候疆瑰,我們先分別看一下單個因素的預(yù)測效果眉反。如果單個預(yù)測AUC達(dá)到0.8以上昙啄,那么往往可以直接寫單因素的預(yù)測模型。如果效果不好寸五,可以嘗試多種組合方式梳凛,找到

指標(biāo)最少、最易獲得的組合

梳杏。

? ?? 4.文章圖表的制作

有了結(jié)論和思路伶跷,文章的圖表制作就清晰明了。大家可以查看前幾期文獻(xiàn)分享穩(wěn)固而知新秘狞。

表1是研究人群描述叭莫。需要展示研究的基本情況,在易侕軟件中實現(xiàn)非常簡單烁试。(不過要注意雇初,因為很多生化指標(biāo)是偏態(tài)的,所以要用Q1-Q3的方式展示)

表2可以放單因素和多因素分析减响,調(diào)整年齡靖诗、BMI、既往史等混雜因素支示。

表3是預(yù)測模型的主要結(jié)果刊橘,我們分別展示著6個因素的AUC。其中TIBC因為AUC達(dá)到了0.835颂鸿,所以我們可以直接用它來作為單一因素預(yù)測模型促绵。

圖1可以單獨展示TIBC的預(yù)測模型ROC曲線,文章就全部結(jié)束了嘴纺。

? ?? 5.總結(jié)

上面就是我的分析思路了败晴,當(dāng)然因為篇幅原因,我簡化了思考過程栽渴,很多細(xì)節(jié)沒有過多討論尖坤,肯定有不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)牡胤?/strong>,不過重點在于思考過程的分享闲擦,希望對大家有所啟發(fā)慢味。

這篇文章最后發(fā)表在了Plos ONE上面,當(dāng)然這篇文章和我沒有任何關(guān)系墅冷。只是前兩天看文獻(xiàn)的時候看到了原始數(shù)據(jù)纯路,覺得很有趣,所以就把作者的思路重現(xiàn)了一遍俺榆,以供大家學(xué)習(xí)感昼。

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0210067

大家可以對比一下原文和我展示出來的圖表,基本上沒有差距罐脊,只是在展示形式上定嗓,作者把表2表3做到了一張表中蜕琴,這樣展示的效率更高,值得學(xué)習(xí)宵溅。

同時凌简,作者還把這175個人分成了建模組和驗證組,但是在正文中沒有展示圖表恃逻,而是放在了附表中雏搂。

因為推文不能分享PDF,想要文獻(xiàn)和原始數(shù)據(jù)的小伙伴可以加入下面的QQ群寇损,在群文件中免費下載凸郑,今后我們也會把一些好的文獻(xiàn)發(fā)到群里,歡迎加入矛市。

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