銅死亡生信分析的文章已經(jīng)漸漸出來(lái)了。
作為一個(gè)現(xiàn)象級(jí)熱點(diǎn)前塔，必然是會(huì)被反反復(fù)復(fù)研究和發(fā)表的嚣艇。
小編做的銅死亡生信文章也已經(jīng)發(fā)表數(shù)篇，腫瘤和非腫瘤都有华弓。
銅死亡相關(guān)的生信在腫瘤和非腫瘤中均適合食零，歡迎咨詢小編。
生信分析咨詢
請(qǐng)關(guān)注生信小課堂
影響因子：8.78
研究概述：銅中毒是一種銅依賴的細(xì)胞死亡機(jī)制寂屏，與腫瘤進(jìn)展贰谣、預(yù)后和免疫反應(yīng)有關(guān)。然而迁霎，Cuproptosis相關(guān)基因(CRGs)在三陰性乳腺癌(TNBC)腫瘤微環(huán)境(TME)中的潛在作用尚不清楚吱抚。本研究從在線數(shù)據(jù)庫(kù)中收集了346例TNBC樣本并進(jìn)行分類。研究不同亞組與TME的臨床病理特征考廉、免疫浸潤(rùn)特征和突變狀態(tài)之間的關(guān)系秘豹。最后，通過(guò)構(gòu)建列線圖和校準(zhǔn)曲線來(lái)預(yù)測(cè)患者的生存概率昌粤，以提高CRG_score的臨床適用性既绕。本研究揭示了CRGs對(duì)TNBC的TME、臨床病理特征及預(yù)后的潛在影響涮坐。
研究結(jié)果：
一凄贩、乳腺癌中CRG的遺傳變異及銅死亡相關(guān)CRG的富集
1、從文獻(xiàn)中鑒定了16個(gè)與銅死亡相關(guān)的基因袱讹，總結(jié)了這些CRG在乳腺癌中的CNV發(fā)生位置疲扎、發(fā)生率和體細(xì)胞突變的發(fā)生率。（圖1A、B椒丧、E）
2壹甥、構(gòu)建了CRGs的相互作用網(wǎng)絡(luò)，主成分分析（PCA）顯示四個(gè)隊(duì)列的數(shù)據(jù)離散度降低瓜挽。說(shuō)明CRG表達(dá)失調(diào)在乳腺癌發(fā)生中起著關(guān)鍵作用盹廷。（圖1C、D）
3久橙、相關(guān)性分析表明俄占，5個(gè)基因的差異表達(dá)與預(yù)后顯著相關(guān)。GO分析顯示淆衷，這些基因主要參與生物過(guò)程和分子功能缸榄。KEGG結(jié)果表明，這5個(gè)DEGs在三羧酸循環(huán)中顯著富集祝拯。疾病富集分析顯示甚带，營(yíng)養(yǎng)缺乏、毛發(fā)疾病和金屬代謝紊亂等疾病與CRGs相關(guān)（圖2A-C）
二佳头、基于CRGs的腫瘤分類及相關(guān)免疫浸潤(rùn)鹰贵、CRG的生成和功能注釋
1、TCGA TNBC隊(duì)列根據(jù)兩種不同的CRGs分為聚類A和聚類B康嘉。PCA顯示兩組間CRGs的轉(zhuǎn)錄譜存在顯著差異（圖3A-C）
2碉输、B組富含先天免疫細(xì)胞浸潤(rùn)，包括活化的B細(xì)胞亭珍、活化的樹突狀細(xì)胞等敷钾。A組顯示LIAS、LIPT1肄梨、DLST和ATP7A的表達(dá)水平升高阻荒。兩組間腫瘤分期存在差異。簇A在基質(zhì)和致癌激活通路中顯著富集众羡，如TGF信號(hào)通路侨赡、粘附相關(guān)信號(hào)通路等。A顯示出生存曲線的劣勢(shì)（圖3D-G）
3粱侣、CRG的生成和功能注釋：TNBC患者被分為兩個(gè)基因亞組辆毡，分別為C1和C2，腫瘤分期的T4甜害、M1、N2-3和VI期主要集中在C1組球昨，并被證實(shí)與較差的OS相關(guān)尔店；ATP7A主要在C1組中表達(dá)，而LIPT1和PDHA1在C2組中顯著富集。（圖4A-E）
三嚣州、建立預(yù)測(cè)模型鲫售、檢測(cè)有效性
1、首先利用LASSO分析及l(fā)ambda回歸建立了基因模型该肴，并構(gòu)建了CRG評(píng)分系統(tǒng)情竹。高分組與CRG聚類B匹配，低分組與CRG聚類A匹配匀哄；在CRG_score和基因簇的亞組比較中秦效，我們發(fā)現(xiàn)C1的CRG_score高于C2。CRG_score和基因聚類之間存在顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（圖5A-E）
2涎嚼、評(píng)分低的患者都存活阱州，而一些評(píng)分高的患者已經(jīng)死亡嚼吞。在兩個(gè)CRG基因簇中均觀察到與抑制調(diào)控相關(guān)的基因顯著表達(dá)（圖5F-G）
3光酣、在訓(xùn)練集A、驗(yàn)證集B敢靡、LOOCV驗(yàn)證集三組隊(duì)列中立哑，比較了低夜惭、高亞組患者的生存概率、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分分布铛绰、生存狀態(tài)和相關(guān)基因表達(dá)诈茧。總的來(lái)說(shuō)至耻，高亞組的預(yù)后較差若皱。（圖6A-I）
4、ROC曲線結(jié)果表明尘颓，該預(yù)測(cè)模型對(duì)短期隨訪和長(zhǎng)期隨訪均有良好的預(yù)測(cè)價(jià)值走触。并且，CRG對(duì)TNBC有獨(dú)特的影響疤苹。（圖6J-N）
5互广、臨床相關(guān)分析中，高CRG_scores在年輕女性中觀察到較多卧土，兩組間腫瘤位置無(wú)顯著性差異惫皱。單因素和多因素Cox回歸分析證實(shí)，腫瘤分期和CRG_score是TNBC患者OS的獨(dú)立預(yù)后因素尤莺。CRG_score也具有與年齡無(wú)關(guān)的預(yù)后價(jià)值（圖7A-G）
四旅敷、亞組間免疫活性的比較
1、更多的內(nèi)皮細(xì)胞和CAFs與高危組相關(guān)颤霎；CD4記憶靜息T細(xì)胞媳谁、嗜酸性粒細(xì)胞等與LIPT1呈顯著負(fù)相關(guān)涂滴。調(diào)節(jié)性T細(xì)胞和NK細(xì)胞與ATP7A呈顯著的負(fù)相關(guān)。對(duì)不同亞組進(jìn)行的TME評(píng)分顯示晴音，高分組的腫瘤間質(zhì)評(píng)分較高柔纵。CRG_scores較高，患者預(yù)后較差锤躁。低評(píng)分組的MSI較高搁料，預(yù)后較好。（圖8A-D）
2系羞、圖8E顯示了高危組和低危組之間的免疫評(píng)分郭计、基質(zhì)評(píng)分和免疫細(xì)胞表達(dá)水平的差異。兩組間三個(gè)常見的免疫檢查點(diǎn)基因PDCD1觉啊、CD274和CTLA4沒有差異拣宏。CRG_score組患者僅通過(guò)抗CTLA-4治療才顯示出顯著的治療效果。（圖8E-J）
五杠人、CRG_score的遺傳特征和TNBC的腫瘤體細(xì)胞突變
1勋乾、低評(píng)分組的TMB更為廣泛。低評(píng)分組中最明顯的體細(xì)胞突變?yōu)門P53和TTN嗡善，而高評(píng)分組中最明顯的體細(xì)胞突變?yōu)門P53和PTEN辑莫。（圖9A-B）
2、生存分析顯示罩引，低CRG_score和H-TMB的亞組具有較好的生存獲益各吨，而高CRG_score和L-TMB的亞組的生存概率較低。（圖9C-D）
3袁铐、GO及KEGG分析表明揭蜒，ATP7A和CRG_score在C1組中含量較高，這與大多數(shù)癌癥中信號(hào)通路的富集相一致剔桨。（圖9E-F）
六屉更、基于CRG_score的列線圖的構(gòu)建與評(píng)價(jià)、藥物敏感性評(píng)價(jià)
1洒缀、使用三個(gè)參數(shù)瑰谜，年齡、腫瘤分期和CRG_score树绩，來(lái)預(yù)測(cè)OS萨脑，結(jié)果顯示，列線圖與理想模型一致饺饭。ROC結(jié)果顯示渤早，新的列線圖預(yù)測(cè)模型具有較高的精度。（圖10A-E）
2瘫俊、厄洛替尼鹊杖、依托泊苷等在高CRG_scores患者中的半抑制濃度值較低提鸟。低CRG_scores的患者中，伊馬替尼仅淑、比卡魯胺、貝洛替尼等化療藥物的半抑制濃度值顯著降低胸哥。表明涯竟，CRGs與藥物敏感性相關(guān)（圖11A-H）
七、抑制ATP7A可以抑制乳腺癌細(xì)胞的增殖和遷移能力
1空厌、敲低ATP7A后庐船，顯著抑制了乳腺癌細(xì)胞的增殖能力。
2嘲更、Transwell遷移實(shí)驗(yàn)顯示ATP7基因敲低的乳腺癌細(xì)胞的遷移細(xì)胞數(shù)量顯著減少筐钟。綜上所述，ATP7A表達(dá)顯著抑制了乳腺癌細(xì)胞的增殖和遷移能力赋朦，這與其在乳腺癌患者中的致瘤作用相一致篓冲。（圖12）
研究總結(jié)：
本研究發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)具有免疫細(xì)胞浸潤(rùn)特征的CRG簇，與免疫炎癥簇和免疫缺乏簇高度一致宠哄。此外壹将，研究證明該基因特征可以用來(lái)評(píng)估腫瘤免疫細(xì)胞浸潤(rùn)、臨床特征和預(yù)后狀態(tài)毛嫉。低CRG_score的特點(diǎn)是腫瘤突變負(fù)荷和免疫激活較高诽俯，生存概率高，對(duì)CTLA4的免疫反應(yīng)性強(qiáng)承粤，而高CRG_score的特點(diǎn)是間質(zhì)通路激活和免疫抑制暴区。CRG與TNBC的腫瘤免疫密切相關(guān)，是預(yù)測(cè)患者預(yù)后的潛在工具辛臊。我們的數(shù)據(jù)為未來(lái)新藥的開發(fā)提供了新的方向仙粱。
