REMARK
該記錄用來記述結(jié)構(gòu)優(yōu)化的方法和相關(guān)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)牵舱。如用 Refmac進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,該記錄將自動(dòng)插入輸出的PDB串绩。
CRYST1 (NMR除外)
該記錄用來記述晶胞結(jié)構(gòu)參數(shù) (a, b, c, α, β, γ, 空間群) 以及 Z值 (單位結(jié)構(gòu)中的聚和鏈數(shù))芜壁。
SCALEn(n = 1, 2, 3) (NMR除外)
該記錄介紹數(shù)據(jù)中直 角坐標(biāo)向部分晶體學(xué)坐標(biāo)的轉(zhuǎn)換礁凡。
ATOM
該記錄記述了標(biāo)準(zhǔn)氨基酸 以及核酸的原子名,殘基名,直角坐標(biāo),占有率,溫度因子等信息慧妄。
HETATM
該 記錄記述了標(biāo)準(zhǔn)氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名,殘基名,直角坐標(biāo),占有率,溫度因子等信息。
TER
該記錄表示鏈的末端塞淹。在每個(gè)聚合鏈的末端都必須有TER記錄,但是由于無序序列而造成的鏈 的中斷處不需要該記錄窟蓝。
MODEL
當(dāng)一個(gè)PDB文件中包含多個(gè)結(jié) 構(gòu)時(shí)(例:NMR結(jié)構(gòu)解析),該記錄出現(xiàn)在各個(gè)模型的第一行饱普。 MODEL記錄行的第11-14列上記入模型序號(hào)。序號(hào)從1開始順序記入,在11-14列中從右起寫套耕。比如說有30個(gè)模型,則第1至9號(hào)模型,該行的 7-13列空白,在14列上記入1-9的數(shù)字;第10-30號(hào)模型,該行的7-12列空白,13-14列上記入 10-30的數(shù)字谁帕。
ENDMDL
與MODEL記錄成對(duì)出現(xiàn),記述在各模型的鏈末端的TER記錄之 后冯袍。
END
該記錄標(biāo)志PDB文件的結(jié)束,是必需的記錄。
B-factoer
The B-factor (or temperature factor) is an indicator of thermal motion about an atom. However, it should be pointed out that the B-factor is a mix of real thermal displacement, static disorder (multiple but defined conformations) and dynamic disorder (no defined conformation), and all the overlap between these definitions.
是晶體學(xué)中的一個(gè)重要參數(shù),晶體學(xué) 中結(jié)構(gòu)因子可以表達(dá)為坐標(biāo)x , y, z與Bj 因子的函數(shù)。物理學(xué)上對(duì)于Bj 的表征有很多理論模型, 最成功的是由Debye 和Waller 提出的. 將固體內(nèi)振蕩的量子本質(zhì)計(jì)算在內(nèi)后,他們將Bj 表征為絕對(duì)溫度T 和其他各基本參數(shù)的函數(shù)关划。由此可見, Bj 與原子的質(zhì)量等基本性質(zhì)有關(guān),也與實(shí)驗(yàn)溫度有關(guān)翘瓮。
B 因子體現(xiàn)了晶體中原子電子密度的“模糊度”( diffusion) , 這個(gè)“模糊度”實(shí)際上反映了蛋白質(zhì)分子在晶體中的構(gòu)象狀態(tài). B 因子越高,“模糊度”越大,相應(yīng)部位的構(gòu)象就越不穩(wěn)定贮折。在晶體學(xué)數(shù)據(jù)中, B 因子一般是以原子為單位給出的,我們可以換算成相應(yīng)殘基的B 因子,從而分析殘基的構(gòu)象穩(wěn)定性1) . 另外,計(jì)算出的B 因子中實(shí)際上包含了實(shí)驗(yàn)中的很多因素,如晶體結(jié)構(gòu)測定的實(shí)驗(yàn)誤差等,精度高的晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)提供較可靠的B 因子數(shù)據(jù)资盅。
此外，另外溫度因子還和占有率相關(guān)呵扛，如果本身結(jié)構(gòu)解析過程中占有率低每庆，也會(huì)導(dǎo)致溫度因子升高今穿。這個(gè)時(shí)候只能說是X－ray收集數(shù)據(jù)的時(shí)候這個(gè)地方的 信號(hào)比較弱，而和結(jié)構(gòu)本身的構(gòu)象如何蓝晒，沒有關(guān)系腮出。
PDB 中的晶體學(xué)數(shù)據(jù)是以原子為單位的,它所給出的B 因子是相對(duì)于每個(gè)原子的芝薇，統(tǒng)計(jì)中,首先將原子的B 因子換算成殘基的B 因子,即把每個(gè)殘基所有原子的B 因子取平均值。由于蛋白質(zhì)分子表面殘基的運(yùn)動(dòng)性比較大, B 因子相對(duì)較高, 所以在統(tǒng)計(jì)中除去了這部分殘基洛二，具體方法是將數(shù)據(jù)中B 因子高的殘基去掉10 % ,對(duì)剩下的殘基進(jìn)行統(tǒng)計(jì),計(jì)算平均值馋劈。
R-facoter
In overview, the R-factor is a measure of how well a particular model structure fits the observed electron density. Or simply, "a measure of agreement between the crystallographic model and the original X-ray diffraction data".
更多詳情晾嘶，請(qǐng)參考：http://pdbwiki.org/index.php/PDB_FAQ#Q:_What_is_the_R-factor.3F
本 文引用地址： http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=280909
