今天的目標(biāo)是學(xué)會利用miniconda在linux上安裝軟件
總共有兩部分：準(zhǔn)備洋丐、使用
代碼一覽：
wget 下載地址
bash 文件名
source 文件名
yum install -y 軟件名
conda list
conda search 軟件名
conda install 軟件名 -y
conda remove 軟件名 -y
conda info --envs
conda create -n 環(huán)境名 python=版本號
source activate 環(huán)境名
source deactivate環(huán)境名
conda remove -n 環(huán)境名 軟件名
準(zhǔn)備
-
了解anaconda七蜘、miniconda、conda
三者皆屬于linux的軟件管理器粥惧，日常生信使用miniconda已足夠，下圖可清楚展示三者關(guān)系(引自生信星球)最盅。
- miniconda--下載突雪、安裝、激活涡贱、添加鏡像
- 下載：搜索miniconda咏删，到網(wǎng)復(fù)制所需下載地址，使用
wget 下載地址下載miniconda(linux中復(fù)制方法為：選中內(nèi)容點擊鼠標(biāo)左鍵问词，粘貼只需點擊鼠標(biāo)右鍵即可) - 安裝：輸入命令
bash 文件名進行安裝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝過程中只需全稱輸入enter或yes即可
- 激活
安裝后輸入source /~ .bashrc激活conda
- source命令通常用于重新執(zhí)行剛修改的初始化文件督函，使之立即生效，而不必注銷并重新登錄激挪。
- ~/是進入當(dāng)前用戶的主目錄侨核。比如我用的用戶名是USER 那么命令 cd ~/ 就進入了/home/USER 目錄。.bashrc 是進入.bashrc文件夾灌灾，就是用戶目錄下的名字是.bashrc的目錄搓译。
- 在剛登錄Linux時，首先啟動 /etc/profile 文件锋喜，然后再啟動用戶目錄下的 ~/.bash_profile些己、 ~/.bash_login或 ~/.profile文件中的其中一個，執(zhí)行順序為： /etc/profile -> (~/.bash_profile | ~/.bash_login | ~/.profile) -> ~/.bashrc -> /etc/bashrc -> ~/.bash_logout
總之嘿般，就是更新設(shè)置段标。
然后，輸入conda炉奴，出現(xiàn)滿屏信息代表能正常使用conda
- 添加鏡像：從國內(nèi)網(wǎng)站下載逼庞，加快下載速度
一行一行的復(fù)制一下代碼
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 安裝bzip2（壓縮軟件）
免費的阿里云沒有bzip2，因此要自行安裝
可輸入bzip2檢查是否存在這個軟件瞻赶，沒有會顯示command not found
接下來就輸入yum install -y bzip2進行安裝
使用
- 查看當(dāng)前所有軟件列表
conda list - 搜索軟件(以fastqc為例)
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y自動安裝
conda install fastqc=版本號安裝特定版本 - 卸載軟件
conda remove fastqc -y
關(guān)于conda環(huán)境
由于不同的項目所需的軟件版本可能不同赛糟，如python2 與python3，要同時進行不同項目就需要設(shè)置不同的conda 環(huán)境砸逊。
- 首先查看conda存在哪些環(huán)境(*代表此環(huán)境為默認(rèn)環(huán)境)
conda info --envs
conda environment - 添加新環(huán)境
conda create -n environment-1 python=3 fastqc trimmomatic -y(指定python版本為3,同時安裝fastqc trimmomatic兩個軟件)璧南，然后查詢
添加新環(huán)境結(jié)果 - 激活新conda環(huán)境
source activate environment-1
激活新環(huán)境
可以看到此時root前方已有新環(huán)境，且*在新環(huán)境前方师逸。 - 卸載
-卸載某環(huán)境中某軟件：conda remove -n environment-1 fastqc -y
- 卸載環(huán)境:
先退出環(huán)境：
source deactivate environment-1
再卸載
conda remove -n environment-1 --all(卸載全部司倚，包括環(huán)境)
