1.進(jìn)行群落組成分析
mkdir taxa_sum_plot
summarize_taxa_through_plots.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary -m mapping.txt
可到對(duì)應(yīng)目錄下找到相應(yīng)的 txt 數(shù)據(jù)文件和 html 展示文件
圖1
還可以選用mappinging文件中的任意一列進(jìn)行統(tǒng)計(jì)
summarize_taxa_through_plots.py -i?otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary_group -m mapping.txt -c Group -s
得到如下效果
圖2
2.繪制 OTU 熱圖
make_otu_heatmap
make_otu_heatmap.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o heatmap/heatmap.pdf -m mapping.txt -t phylogeny/rep_set.tre
圖3
qiime畫圖效果并不好，建議用 R 作圖
3.繪制 OTU Network 圖
makedir otu_networks
make_otu_network.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o otu_networks -m mapping.txt
生成的文件導(dǎo)入 Cytoscape?
