作為中心法則的關(guān)鍵分子婚度，RNA家族一直是研究熱點(diǎn)皱卓，microRNAs (miRNA)伟葫、長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）、環(huán)狀RNA（circRNA）....以及競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源性RNA(ceRNA)調(diào)控機(jī)制院促。
來(lái)自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)了LncACTdb 2.0數(shù)據(jù)庫(kù)筏养，覆蓋不同物種和疾病中ceRNA的綜合信息，為ceRNA研究提供寶貴的數(shù)據(jù)資源常拓。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》渐溶。
LncATCdb2.0數(shù)據(jù)庫(kù)記錄了疾病相關(guān)的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，并提供功能富集分析弄抬，網(wǎng)絡(luò)圖可視化茎辐，生存分析等結(jié)果。目前該數(shù)據(jù)庫(kù)覆蓋23個(gè)物種和213種疾病/表型掂恕，記錄了2663個(gè)實(shí)驗(yàn)支持的ceRNA互相作用拖陆，包含312個(gè)lncRNAs、131個(gè)編碼mRNA懊亡，59個(gè)circRNA和16個(gè)假基因依啰。
為什么要構(gòu)建LncATCdb2.0？
缺乏專門(mén)用于收集店枣、存儲(chǔ)速警、分析，具有實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持的ceRNA數(shù)據(jù)庫(kù)
越來(lái)越多的研究表明miRNAs受到存在有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的lncRNAs鸯两，circRNAs闷旧，假基因等的調(diào)控，從而競(jìng)爭(zhēng)性的影響miRNA與天然靶標(biāo)mRNA的結(jié)合钧唐，即ceRNA調(diào)控機(jī)制忙灼，它可以在不同生理和病理過(guò)程中動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)彼此間的表達(dá)。
目前逾柿，已經(jīng)建立了幾個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)管理miRNAs與其他分子之間的相互作用缀棍，例如starBase v2，DIANA-LncBase v2机错，miRSponge和PceRBase等爬范。然而，這些數(shù)據(jù)庫(kù)大都利用單一靶標(biāo)方法預(yù)測(cè)相互作用弱匪，并且這些數(shù)據(jù)庫(kù)中的物種僅限于人類青瀑，小鼠和植物璧亮。除了miRSponge存儲(chǔ)了具有實(shí)驗(yàn)支持的11個(gè)物種的463個(gè)ceRNA關(guān)聯(lián)外，還沒(méi)有其他專有數(shù)據(jù)庫(kù)用于收集斥难、存儲(chǔ)和分析具有實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持的ceRNA信息以及綜合注釋枝嘶。
為了解決上述需求，研究團(tuán)隊(duì)發(fā)布了LncATCdb2.0數(shù)據(jù)庫(kù)哑诊。
LncATCdb2.0能做什么群扶？
查詢功能
用戶可以使用首頁(yè)快速搜索框或者搜索模塊（高級(jí)搜索）輸入查詢的信息（lncRNA, miRNA, 基因 , 疾病名稱等），得到預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)兩部分結(jié)果镀裤，其中預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)部分搜索結(jié)果包括基本信息竞阐、ceRNA網(wǎng)絡(luò)可視化、功能富集暑劝、疾病標(biāo)志物骆莹、生存分析等；實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)結(jié)果包含基本信息（構(gòu)成該ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的各種RNA分析的名字担猛，相關(guān)的疾病等信息）幕垦。
瀏覽功能
用戶可在Browse頁(yè)面瀏覽數(shù)據(jù)庫(kù)中的預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集和實(shí)驗(yàn)支持?jǐn)?shù)據(jù)集。
用戶還可以使用LncACTBrowser工具傅联，導(dǎo)航轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)和可視化lncRNA轉(zhuǎn)錄本上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)先改。
自有數(shù)據(jù)分析功能
該數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了一種在線工具LncACT-Get, 可以上傳自己的表達(dá)譜數(shù)據(jù)，然后進(jìn)行ceRNA分析纺且。
數(shù)據(jù)下載功能
數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息是可以免費(fèi)下載的盏道。
用戶還可以提交序列在數(shù)據(jù)庫(kù)中做Blast比對(duì)。
首頁(yè)右側(cè)有“熱點(diǎn)”模塊可以讓用戶快速了解哪些分子是大家研究的熱點(diǎn)载碌；同時(shí)還提供了LncATCdb2.0的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)信息猜嘱。
LncATCdb2.0訪問(wèn)地址：http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html.
首發(fā)公號(hào)：國(guó)家基因庫(kù)大數(shù)據(jù)平臺(tái)
參考文獻(xiàn)
Wang P, Li X, Gao Y, et al. LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low-and high-throughput experiments[J]. Nucleic acids research, 2019, 47(D1): D121-D127.
圖片來(lái)源：LncATCdb2.0官網(wǎng)、參考文獻(xiàn)嫁艇，如有侵權(quán)請(qǐng)聯(lián)系刪除朗伶。
