未知三維結(jié)構(gòu)蛋白的多重序列比對分析：
1慷垮、多重序列比對:
將需要比對的文件以FASTA格式保存在同一個文檔中隔箍，建議擴(kuò)展名保存為fas格式（txt也可以），最好保存在桌面（或者保存在英文目錄的文件夾歹鱼，不然有漢字的文件夾clustalX2.1會報錯）
clustalX2.1-File-Load sequence file打開文檔
然后進(jìn)行多重比對Alignment-Do complete alignment:
最后保存為aln格式谈喳，以便后期使用：
- 三維蛋白結(jié)構(gòu)下載：
本例中這個蛋白的空間結(jié)構(gòu)未知，在沒有已知蛋白結(jié)構(gòu)文件的情況钮孵，可以將目的序列提交到蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站分析骂倘，推薦使用Zhang Lab 的I-TASSER server 服務(wù)器：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/.
請注意：先要注冊才能使用。
https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/registration.html
用自己想要比對的蛋白序列進(jìn)行同源蛋白建模：
最后的比對結(jié)果如下：
下載top1中的pbd文件格式巴席，也就是建模好的氨基酸三維結(jié)構(gòu)文件历涝，用于后期的序列分析：
對于三維結(jié)構(gòu)已知的蛋白，可以在PDB數(shù)據(jù)庫下載參考序列的PDB文件漾唉，打開PDB網(wǎng)站（https://www.rcsb.org/）
切換到“Sequence”標(biāo)簽（https://www.rcsb.org/pages/search_features#search_sequences）谦铃，粘貼入?yún)⒖夹蛄械男蛄行Γc擊搜索圖標(biāo)疼电。
搜索結(jié)果中會顯示參考序列的結(jié)構(gòu)文件模聋，點擊對應(yīng)的圖標(biāo)，下載PDB文件般此。
3.提交ESPript3.0 著色美化：
http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
分別將.aln文件和下載的蛋白結(jié)構(gòu)文件.pdb 文件一起上傳對應(yīng)：
設(shè)置其中的參數(shù)：
是否在每行前顯示氨基酸數(shù)量：
是否顯示序列一致性與相似性：
字體大小蚪战，每行放多少氨基酸以及行距（自己可以設(shè)置）
導(dǎo)出文件格式設(shè)置：
最后點擊網(wǎng)站左上方的“Submit”按鈕即可。（瀏覽器左下角會顯示上傳進(jìn)度）
結(jié)果自動彈出：
點擊PDF文件預(yù)覽：（唯美的結(jié)果就展現(xiàn)在面前~）
沒自動彈出文件的原因可能是瀏覽的彈出窗口阻止了結(jié)果窗口的彈出铐懊，可以在”工具“-”彈出窗口阻止程序“-”關(guān)閉彈出窗口阻止程序“邀桑。也可以將ESPript網(wǎng)站設(shè)置為允許彈出的網(wǎng)站。
如有不妥之處請各位大神指出來科乎，相互學(xué)習(xí)壁畸！
轉(zhuǎn)載自基迪奧生物
