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接觸這么多組學(xué)數(shù)據(jù)歼冰,大家肯定做過(guò)各種相關(guān)性分析靡狞。大到幾個(gè)轉(zhuǎn)錄組樣本的整體相關(guān)性分析,小到挑選了一些候選基因看它們?cè)诓煌瑯颖局械谋磉_(dá)模式相關(guān)性隔嫡。當(dāng)我們做完了相關(guān)性分析的時(shí)候甸怕,常常會(huì)用下面這種圖形來(lái)展示:
465.jpeg
那么問(wèn)題來(lái)了,有沒有別的方法腮恩,可以讓我的相關(guān)性分析展現(xiàn)方式更高大上呢梢杭?
請(qǐng)出今天的主角,corrplot程序包秸滴!
老規(guī)矩武契,第一步是安裝并調(diào)用corrplot:
install.packages("corrplot")
library("corrplot")
第二步,整理數(shù)據(jù)荡含。今天就拿一些女明星的身高咒唆、體重、年齡释液、微博粉絲與女神指數(shù)的數(shù)據(jù)來(lái)分析一下(純屬杜撰)
87954.png
第三步全释,我們讀取數(shù)據(jù),并做相關(guān)性分析误债。
a<-read.table(file=file.choose(),row.names=1,header=T,sep="t")
b<-cor(a)
第四步浸船,非常簡(jiǎn)單,可以直接作圖了寝蹈。
corrplot(b) #這里默認(rèn)是圓形顯示
564123.png
還可以用餅圖(pie)李命,顏色(color)等等來(lái)顯示。
corrplot(b,method="pie")
897465.png
corrplot(b,method="color",addCoef.col="grey")
#用顏色顯示箫老,同時(shí)顯示相關(guān)系數(shù)封字,是不是跟開頭綠綠的圖一樣啦。
56123.png
第五步槽惫,是時(shí)候展示高端操作了周叮!我們把顏色對(duì)調(diào)一下辩撑,正相關(guān)為紅色界斜,負(fù)相關(guān)為海軍藍(lán)色,同時(shí)把右上角用圓形展示合冀。
col=colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3")) #設(shè)置顏色
corrplot(b,type="upper",col=col(10),tl.pos="d") #tl.pos="d"即不顯示周邊各列名字
465123.png