singleR這個R包霉颠,還有它配套的celldex數(shù)據(jù)庫对碌,安裝真的好麻煩啊
為了安裝它,把我的的R升到了最新版蒿偎,結(jié)果更新又很麻煩……
好不容易安上了這個包朽们,發(fā)現(xiàn)自動注釋出來的結(jié)果跟我聚類出來的圖一對比,不能說是一模一樣吧诉位,只能說是毫不相關(guān)骑脱。
最后翻到了celldex數(shù)據(jù)庫里七個參考數(shù)據(jù)集的具體內(nèi)容,在這里:
https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/celldex/inst/doc/userguide.html
發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)集里面根本就不包含我們感興趣的細胞類型苍糠,攤手叁丧。