最近學(xué)習(xí)了生信技能樹的《Chip-seq測序數(shù)據(jù)分析》課程吠各，在下載SRA數(shù)據(jù)的時候唠雕，卡殼了。搞了好幾天骇吭。
按照曾老師B站中的說法橙弱，應(yīng)該用sra-tools中的prefetch來下載，但是速度就像冬眠的蝸牛燥狰，紋絲不動棘脐！只好另擇他徑。
微信發(fā)給曾老師龙致，提示需要用aspera來下載蛀缝。搜了下面的兩個帖子，
學(xué)員分享-aspera踩坑記錄
https://cloud.tencent.com/developer/article/1665360
使用aspera從EBI下載fastq數(shù)據(jù)目代，拋棄NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫吧屈梁！
https://mp.weixin.qq.com/s/8xWl_DAYhFnLjdlg5ZcdIw
但真正正規(guī)的說明書在這里：
https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-aspera
結(jié)合自己一點薄弱的Linux知識，愣是給搞下來了榛了。
具體步驟如下：
首先創(chuàng)造了虛擬環(huán)境chipseq在讶，所有的操作都是在其中進行。
利用conda安裝aspera：
conda install -y -chcc aspera-cli #注意帖子里面空格缺乏霜大，都是坑构哺。
which ascp #找到ascp的位置
找到要下載的數(shù)據(jù)的BioProject；一般知道它的GEO accession和SRA number就可以從GEO和SRA網(wǎng)站上找到战坤。通過下面這個網(wǎng)站進入https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
圖片1
在其中相應(yīng)位置輸入PRJNA156325曙强，就可以找到自己想要的SRA數(shù)據(jù)。
注意show column selection的下拉菜單途茫，其中要選中sra_ftp碟嘴，（具體我也不知道ftp是個什么鬼，帖子里面還說用xftp傳到自己的Linux系統(tǒng)中的操作目錄中囊卜，我也不會臀防，悶著頭往前操作）眠菇。如果選擇fastq_ftp，就可以看到gz格式的數(shù)據(jù)袱衷。傳說fastq數(shù)據(jù)是SRA數(shù)據(jù)處理后得到的捎废，也不知道，后面學(xué)到了再說吧致燥。#這里的ftp地址很重要登疗，我就是參照帖子里的下載方式，用這個地址改一下嫌蚤，然后下載的辐益。
登錄自己的騰訊云
PS: 這幾天搗鼓了幾下，學(xué)會了用阿里云app登錄騰訊云脱吱，終于可以在手機上操作自己的騰訊云操作系統(tǒng)了智政，功夫不負有心人。
[root@VM-0-11-centos ~]#su xiangyukong
(base) [xiangyukong@VM-0-11-centos root]$ conda
deactivate #這里（base）是提示在base這個虛擬環(huán)境中箱蝠，可以用conda deactivate退出這個操作環(huán)境续捂，變成如下樣子
[xiangyukong@VM-0-11-centos root]$ cd ~
[xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$source activate
chipseq#繼續(xù)操作，進入chipseq虛擬環(huán)境中宦搬。用conda
info --envs可以看到自己究竟有幾個虛擬環(huán)境牙瓢。
(chipseq) [xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$
我的srr.list在~/projetc/epi/sra里面：下載正式開始：注意這里的"$id"，很神奇哦间校。
(chipseq) [xiangyukong@VM-0-11-centos ~]$catsrr.list |while read id;
do
echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i?~/miniconda3/envs/chipseq/etc/asperaweb_id_dsa.opensshera-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/srr/SRR391/"$id"~/project/epi/sra";
done>sra.download.sh
原來看著很迷糊矾克，后來仔細一看，不就是while-do-done嘛憔足。
后面的>sra.download.sh不知道是干啥的胁附。
參考帖子里面的內(nèi)容，執(zhí)行了下面這句滓彰，據(jù)說是可以后臺執(zhí)行的汉嗽。sra.download.log也不知道是干啥的。
nohup bash sra.download.sh>sra.download.log &
于是就下載成功了找蜜。
圖片2，可以看到下載過程稳析。
可以用top看到執(zhí)行的程序洗做，
用ps -ef | grep ascp看到執(zhí)行的ascp程序。
