????????GO授嘀,KEGG,GSEA等久負(fù)盛名的功能富集分析方法對于解析各種基因的調(diào)控功能和互作網(wǎng)絡(luò)起到非常重要的作用贡歧。但這些方法的一個(gè)很大的局限性就是只能針對蛋白質(zhì)編碼進(jìn)行進(jìn)行分析整胃。因此,對于像miRNA拷获,lncRNA和circRNA等非編碼RNA的功能預(yù)測與分析時(shí)就需要采取迂回戰(zhàn)略篮撑,即通過靶向關(guān)系(例如miRNA靶向調(diào)控蛋白編碼基因),共表達(dá)關(guān)系(例如非編碼RNA與蛋白質(zhì)編碼基因的共表達(dá)情況)和基因座位關(guān)系(例如lncRNA附近的蛋白編碼基因匆瓜,circRNA的宿主蛋白基因)等將非編碼RNA集轉(zhuǎn)換為對應(yīng)的編碼RNA集赢笨,再使用GO,KEGG驮吱,GSEA等工具進(jìn)行功能富集分析茧妒。
????????本研究則基于已有的lncRNA相關(guān)功能注釋,開發(fā)了直接使用lncRNA進(jìn)行功能富集的工具——lncSEA (http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php)左冬。
三言兩語
1. lncSEA整合18個(gè)lncRNA相關(guān)數(shù)據(jù)集桐筏,包括細(xì)胞標(biāo)志物相關(guān)lncRNA,藥物相關(guān)lncRNA拇砰,外泌體相關(guān)lncRNA梅忌,進(jìn)化保守lncRNA,lncRNA亞細(xì)胞定位等除破;
2. 基于lncRNA一致的功能注釋牧氮,lncSEA可以直接使用lncRNA進(jìn)行功能富集分析;
3. lncSEA同時(shí)匯總了lncRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)數(shù)據(jù)皂岔,可以分析參與lncRNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子蹋笼,超級(jí)增強(qiáng)子等反式和順式調(diào)控因子展姐。
Reference
Chen, J. et al. LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis. Nucleic Acids Res 49, D969-D980 (2021).