一搀绣、題名
宏基因組分析平臺建設(shè)與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)挖掘(徐西林2016)
二攒霹、文章結(jié)構(gòu)
摘要
Abstract
英文縮略詞中英文注釋表
第一章緒論
第二章基于16SrRNA數(shù)據(jù)的疾病預(yù)測平臺構(gòu)建
第三章基于蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)的卵巢癌預(yù)后預(yù)測分析
第四章總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡歷
三岖圈、關(guān)鍵詞及摘要解讀
關(guān)鍵詞：高通量測序盾计；生物信息學(xué)羹幸；疾布顾琛；16SrRNA栅受；蛋白質(zhì)組學(xué)
摘要
1将硝、基于16S rRNA數(shù)據(jù)的疾病預(yù)測平臺構(gòu)建：
1.1、近年來的研究熱點之一屏镊。目前宏基因組學(xué)分析的工具很多依疼，但數(shù)據(jù)分析仍是個難題，特別是對于缺乏生物信息學(xué)或計算機背景的用戶來說而芥。
1.2涛贯、為了解決這個難題，本研究開發(fā)了一個用戶使用友好的宏基因組分析平臺--MetaDP（Disease Prediction for Metagenomic Datasets）蔚出，該平臺針對16S rRNA測序數(shù)據(jù)構(gòu)建了一套自動分析流程弟翘，包含了質(zhì)量過濾虫腋、操作性分類單元（Operational Taxonomic Unit,OTU）聚類、多樣性分析以及疾病預(yù)測稀余。
1.3悦冀、并將平臺應(yīng)用于108個兒童腸道微生物16S rRNA測序數(shù)據(jù)分析，并構(gòu)建了一個基于支持向量機（Support Vector Machine睛琳，SVM）的腸道應(yīng)激綜合征（Intestinal Bowel Syndrome盒蟆，IBS）預(yù)測模型。
2师骗、基于蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)的卵巢癌預(yù)后預(yù)測分析：
2.1历等、大部分卵巢癌患者發(fā)現(xiàn)時已為晚期，5年生存率低辟癌。因此寒屯，尋找有效、準(zhǔn)確的預(yù)后生物標(biāo)志物對卵巢癌的治療與預(yù)后具有重要的意義黍少。
2.2寡夹、對174個卵巢癌患者的蛋白質(zhì)組學(xué)樣本進(jìn)行生物信息學(xué)分析，最終獲得13個差異蛋白標(biāo)志物厂置。通過功能富集分析發(fā)現(xiàn)菩掏，這些蛋白標(biāo)志物顯著富集到多個細(xì)胞黏附過程中，且與腫瘤相關(guān)的PPAR通路顯著關(guān)聯(lián)昵济。
2.3智绸、將這些蛋白標(biāo)志物應(yīng)用于多個卵巢癌數(shù)據(jù)集，進(jìn)行預(yù)后評估驗證访忿，均表現(xiàn)出穩(wěn)定传于、良好的預(yù)后預(yù)測效果。結(jié)果表明該研究發(fā)現(xiàn)了一組可靠的卵巢癌生物標(biāo)志物醉顽，可以有效地預(yù)測預(yù)后效果，有利于改善病人的生存質(zhì)量平挑。
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