一:小分子數(shù)據(jù)庫
來源：
小分子互作研究寶典：各大數(shù)據(jù)庫總結(jié) (sohu.com)
中藥分析相關數(shù)據(jù)庫教程 - 云生物 (yunbios.net)
一今布、STITCH
提供化合物與靶基因互作關系信息
網(wǎng)址：http://stitch.embl.de
數(shù)據(jù)庫使用方式
STITCH網(wǎng)站的使用_嗶哩嗶哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili
研究藥的都能能用上僧须！這個數(shù)據(jù)庫太實用叁巨，比想象中更牛恬吕！ - 知乎 (zhihu.com)
二、BindingDB
主要收集藥物靶點蛋白質(zhì)和類藥小分子之間相互作用親和力的數(shù)據(jù)庫
Binding Database Home (bindingdb.org)
數(shù)據(jù)庫使用方式
Binding database數(shù)據(jù)庫是一個可公開訪問的主要收集藥物靶點蛋白質(zhì)和類藥小分子之間相互作用親和力的數(shù)據(jù)類型包括Ki瓜饥、IC50嗤堰、Kd、EC50等 | 藥研導航 (drugx.cn)
三宠蚂、Pharmmapper
預測小分子生物活性的反向藥效團匹配
PharmMapper (lilab-ecust.cn)
數(shù)據(jù)庫使用方式
PharmMapper:一個藥效團匹配與潛在識別靶標在線平臺 | 小康學習 | 計算化學與分子模擬愛好者 (kangsgo.com)
PharmMapper:小分子藥物預測作用靶點的在線平臺 – sci666
藥效團模型找靶點式撼，讓你的小分子找到回家的路 (sohu.com)
四、ChEMBL
ChEMBL Database (ebi.ac.uk)
藥物化學數(shù)據(jù)庫ChEMBL介紹 - 知乎 (zhihu.com)
五求厕、DrugBank
http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
Drugbank：最強大的綜合性藥物數(shù)據(jù)庫著隆，收藏 - 知乎 (zhihu.com)
六、TCMSP
TCMSP : Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform. | TCMSP (tcmsp-e.com)
七呀癣、TTD
Therapeutic Target Database (TTD) (idrblab.net)
八,SEA數(shù)據(jù)庫
Similarity Ensemble Approach
SEA數(shù)據(jù)庫是完全基于化合物結(jié)構(gòu)進行預測的數(shù)據(jù)庫美浦，所以相比較與其他基于文本挖掘的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫可能可以得到一些較為新穎的未報道過的化合物—蛋白關系對
二十艾，自己動手豐衣足食之數(shù)據(jù)庫
如何從ZINC數(shù)庫（www.zinc15.docking.org）下載虛擬篩選化合物庫 - 知乎 (zhihu.com)
1.BindingDB
這是一個公共收錄實驗測定的蛋白質(zhì)-配體的結(jié)合親 和力的數(shù)據(jù)庫抵代。
（1）實驗測定的結(jié)合親和力； （2）側(cè)重測定候選藥物靶點蛋白與小分子或 類藥分子等配體的相互作用親和力忘嫉。目前含有620000 個蛋白—配體結(jié)合數(shù)據(jù)荤牍，5500個蛋白靶點，超過 270 000 個類藥小分 子庆冕。康吵。
2.PDTD
這是一個雙功能數(shù)據(jù)庫，包含 已確證藥物靶點访递、潛在藥 物靶點的結(jié)構(gòu)和信息晦嵌。 （1）側(cè)重收錄有 3D 結(jié)構(gòu)的藥物靶點；（2）整合了在線服務器 TarFisDock 通過分 子對接識別潛在的結(jié)合靶點拷姿。含有1 207 個條目惭载，包含 841 個已確定或潛在的藥物靶點的 PDB 蛋白晶體結(jié)構(gòu)信息。
3.DrugBank
這是一個包含詳細的藥物數(shù) 據(jù)和相應藥物靶點信息 的生物信息學和化學信 息學綜合性數(shù)據(jù)庫响巢。（1）全面的藥物的化學描滔、藥理和醫(yī)藥相關的 數(shù)據(jù)；（2）詳細的藥物靶點的序列踪古、結(jié)構(gòu)和通路信 息含长。1985 個 FDA 批準小分子藥物，204 個FDA 批準生物藥伏穆，93 個保健品拘泞，超過6 000 個實驗藥物和超過 4 331 個非冗 余靶點蛋白序列。
4.SuperTarget
一個分析藥物—靶點相 互作用的網(wǎng)絡資源枕扫，靶點 蛋白和相應藥物一站式 數(shù)據(jù)倉庫陪腌。 （1）提供藥物適應癥、藥物副作用、代謝信 息和靶點蛋白質(zhì)的通路和 GO 注釋等 信息偷厦； （2）收錄 3 萬多條藥物-靶點相互作用的信息商叹。6 219 個靶點，195 770 個化合物只泼，282個藥物—靶點相關的通路，6532 個藥 物—靶點相關的本體論卵洗，63 個細胞色素请唱。
5.TDR
（1）豐富的與熱帶疾病的病原體相關的遺傳 學和藥理學數(shù)據(jù)； （2）使用權值算法來計算評估靶點的成藥性过蹂。448 個靶點十绑、968 個化合物和配體。
6.PHARMACOLOGY[5
一個包含批準藥物和其 它小分子的生物靶點信 息的數(shù)據(jù)庫酷勺。 （1）包含幾個大的藥物靶點家族的信息本橙，方 便查詢； （2）提供配體的理化性質(zhì)脆诉、結(jié)構(gòu)甚亭、生物活性 和臨床狀態(tài)等信息。2 485 個藥物靶點击胜，7 個靶點家族亏狰，6 064個配體。
7.HDAPD
提供疾病相關蛋白 各種資源的數(shù)據(jù)庫偶摔。 （1）包含疾病相關蛋白的 X-ray暇唾、NMR 和電 鏡結(jié)構(gòu)； （2）靶點的細胞組成辰斋、蛋白質(zhì)功能和生物過 程信息策州。395 個 疾 病 相 關 蛋 白 ， 256 個有X-ray/NMR 結(jié)構(gòu)宫仗。
8.PharmGKB
包含遺傳够挂、基因組 學、分子和細胞表型數(shù) 據(jù)锰什、藥學基因組學研究臨 床信息的知識庫下硕。 （1）包含心血管、肺汁胆、癌癥等疾病梭姓、通路、 代謝等藥動學和藥物基因組學數(shù)據(jù)嫩码； （2）提供不同個體對藥物的反應的遺傳變異 數(shù)據(jù)誉尖。20000 個基因，3000 個疾病铸题，2 500 個 藥铡恕，53 條通路琢感，470 個基因變異。
9.STITCH
檢索已知的和預測的化 合物與蛋白質(zhì)相互作用 關系的數(shù)據(jù)庫探熔。 （1）蛋白質(zhì)—化合物的相互作用網(wǎng)絡驹针； （2）包含化合物結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)序列等信息诀艰， 與BindingDB 和 PharmGKB 等數(shù)據(jù)庫 建立了交叉鏈接柬甥。 來自 1 133 個機體的 300 000 個小分子 和 260 萬個蛋白的相互作用數(shù)據(jù)。
10.TTD
基于已發(fā)表文獻和 實驗驗證的專業(yè)的具有 治療效用的藥物靶點數(shù) 據(jù)庫其垄。 （1）收錄了已成功藥物靶點苛蒲、臨床靶點和研 究型靶點的數(shù)據(jù)，包含藥物和靶點的臨 床信息绿满，定期更新臂外。 （2）開發(fā)了靶點相似性搜索、藥物相似性搜 索等工具喇颁。387 個成功靶點漏健，723 個臨床靶點和 1469 個研究型靶點；2 071 個已批準无牵、9528 個臨床試驗和 17 803 個研究藥物漾肮，20 278 個小分子。
