在命令行中運行R腳本，可以使用Rscript practice.R的方式后豫，其中practice.R是我們希望運行的腳本涌穆。在Linux和Unix系統(tǒng)中，有一種更簡介的方式独旷，即通過在腳本第一行添加#! /usr/bin/env Rscript的方式署穗，來告訴操作系統(tǒng)這段腳本的要調用Rscript來運行。此時只要進入到practice.R所在的路徑中嵌洼，使用命令./practice.R便可以直接運行這段代碼案疲。類似地，如果是一段Python3腳本的話麻养，我們可以使用#! /usr/bin/env Python3
argparse is an R package which provides a command line parser to be used with Rscript to write "#!" shebang scripts that gracefully accept positional and optional arguments and automatically generate usage.
argparse包分為三個步驟：
- 使用
ArgumentParser()創(chuàng)建一個參數(shù)解析對象 - 使用
add_argument()為前面的對象增加參數(shù) - 通過
parse_args()把解析對象賦值并在后續(xù)程序中調用
我們可以先把下面的腳本儲存成為example.R褐啡，這段腳本的作用是輸出若干個隨機數(shù)，具體的隨機分布與輸出參數(shù)數(shù)量由命令行參數(shù)決定鳖昌。
#! /usr/bin/env Rscript
library(argparse)
# 創(chuàng)建參數(shù)解析對象
parser <- ArgumentParser()
# 設置參數(shù)
# 設置第一個參數(shù)verbose备畦，縮寫為v，其作用是告訴腳本是否打印完整的計算過程许昨，其缺省值為TRUE
parser$add_argument("-v", "--verbose", action="store_true", default=TRUE,
help="Print extra output [default]")
# 設置第二個參數(shù)quietly懂盐，縮寫為q，其作用是修改verbose參數(shù)糕档，當調用改參數(shù)時莉恼，verbose被修改為FALSE，從而導致不再打印計算過程
parser$add_argument("-q", "--quietly", action="store_false",
dest="verbose", help="Print little output")
# 設置第三個參數(shù)count速那，縮寫為c俐银，這是一個整數(shù)參數(shù)，缺省值5琅坡，在后續(xù)的代碼中被用作確定輸出隨機數(shù)的個數(shù)
parser$add_argument("-c", "--count", type="integer", default=5,
help="Number of random normals to generate [default %(default)s]",
metavar="number")
# 設置第四個參數(shù)generator悉患，無縮寫，用于確定調用何種隨機分布榆俺，缺省值rnorm對應于正態(tài)分布
parser$add_argument("--generator", default="rnorm",
help = "Function to generate random deviates [default \"%(default)s\"]")
# 設置第五個參數(shù)mean售躁，無縮寫坞淮，浮點數(shù)，用于確定正態(tài)分布的均值陪捷，缺省值為0
parser$add_argument("--mean", default=0, type="double",
help="Mean if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")
# 設置第五個參數(shù)sd回窘，無縮寫，浮點數(shù)市袖，用于確定正態(tài)分布的標準差啡直，缺省值為1
parser$add_argument("--sd", default=1, type="double",
metavar="standard deviation",
help="Standard deviation if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")
# 調用解析器，此時args就被賦值為命令行參數(shù)輸入的相應值
args <- parser$parse_args()
# 根據(jù)verbose確定是否打印計算過程
if ( args$verbose ) {
write("writing some verbose output to standard error...\n", stderr())
}
# 根據(jù)其他參數(shù)苍碟，確定輸出隨機數(shù)的類型與次數(shù)
if( args$generator == "rnorm") {
cat(paste(rnorm(args$count, mean=args$mean, sd=args$sd), collapse="\n"))
} else {
cat(paste(do.call(args$generator, list(args$count)), collapse="\n"))
}
cat("\n")
首先修改腳本的權限酒觅，為其添加可執(zhí)行權限
sudo chmod +x example.R
然后便可以使用了
- 查看幫助
./example.R --help
- 執(zhí)行腳本
./practice.R
使用參數(shù)輸出3個正態(tài)分布隨機數(shù)
./practice.R --mean=10 --sd=10 --count=3
也可以輸出均勻分布隨機數(shù)，并且選擇不打印計算過程
./practice.R --quiet -c 4 --generator="runif"
參考：
Data Science at the Command Line
argparse: Command line optional and positional argument parser
