Nhanes數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用(一)--入門必備小知識(shí)

1. NHanes數(shù)據(jù)庫(kù)介紹

  • NHanes是比較有名的公共數(shù)據(jù)庫(kù),雖然已經(jīng)有前人發(fā)過(guò)不少文章显歧。但主要肯挖掘仪或,還是有好文章產(chǎn)出。(以一篇BMJ文章為例:Weight change across adulthood in relation to all cause and
    cause specific mortality: prospective cohort study士骤,真正詮釋了啥叫不起眼的數(shù)據(jù)發(fā)大文章范删,所以說(shuō)重要的還是idea)
  • 美國(guó)國(guó)家健康與營(yíng)養(yǎng)調(diào)查( NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey)是一項(xiàng)基于人群的橫斷面調(diào)查,旨在收集有關(guān)美
    國(guó)家庭人口健康和營(yíng)養(yǎng)的信息拷肌。項(xiàng)目每年調(diào)查一個(gè)全國(guó)代表性的樣本到旦,約5000人,這些人群位于全國(guó)各縣巨缘。NHANES訪談部分包括人口統(tǒng)計(jì)學(xué)添忘、社會(huì)經(jīng)濟(jì)學(xué)、飲食和健康相關(guān)問(wèn)題若锁。體檢部分包括生理測(cè)量搁骑、實(shí)驗(yàn)室檢查等內(nèi)容。
  • 當(dāng)然介紹的再多都不如自己去網(wǎng)站逛一逛https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm

2. NHanes數(shù)據(jù)庫(kù)使用教程(以SAS為例)

  • 下載數(shù)據(jù):

    (1) 網(wǎng)頁(yè)直接下載:
    以2005-2006的人口學(xué)數(shù)據(jù)為例又固,點(diǎn)擊畫紅框的區(qū)域即可下載仲器,數(shù)據(jù)為xpt格式

    (2) 代碼下載:
filename xptIn url "https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/2015-2016/DEMO_I.xpt"; 
libname xptIn xport; 
  • 導(dǎo)入數(shù)據(jù):
    (1) 網(wǎng)頁(yè)下載數(shù)據(jù)集導(dǎo)入:
libname XP xport "C:\NHANES\DATA\DEMO_I.xpt"; /*改成相應(yīng)的硬盤地址*/
data demo_i;
  set xp.demo_i;
run;   /*復(fù)制到work數(shù)據(jù)集,也就是臨時(shí)數(shù)據(jù)集*/
data mydata.demo_i;
  set xpt.demo_i;
run;  /*復(fù)制到mydata數(shù)據(jù)集仰冠,也就是永久數(shù)據(jù)集*/

(2) 下載數(shù)據(jù)集導(dǎo)入:(只需要復(fù)制的步驟)

data demo_i;
  set xp.demo_i;
run;   /*復(fù)制到work數(shù)據(jù)集乏冀,也就是臨時(shí)數(shù)據(jù)集*/
data mydata.demo_i;
  set xpt.demo_i;
run;  /*復(fù)制到mydata數(shù)據(jù)集,也就是永久數(shù)據(jù)集*/
  • XPT文件格式批量導(dǎo)入(提高效率必備):.xpt擴(kuò)展也被稱為通常由SAS應(yīng)用創(chuàng)建的數(shù)據(jù)格式洋只,或許這就是為什么雙擊xpt文件也能打開(kāi)的原因(當(dāng)然雙擊的效率相較于代碼還是略低)
    批量導(dǎo)入的話肯定要用到宏程序(需要修改的地方只有三處辆沦,均已中文注釋):
/* The code below creates a transport file in the temp folder for use by the macro */

  libname testlib xport 'D:\NHANES\trans.xpt';  /*修改為存放xpt數(shù)據(jù)集的硬盤位置*/
    proc copy in=sashelp out=testlib;
    select retail;
  run;

/* Note:  Macro starts here */

/* Macro using PROC COPY and the XPORT engine for reading transport files*/
%macro drive(dir,ext,out);                                                                                                                  
                                                                                                                                        
  %let filrf=mydir;                                                                                                                      
                                                                                                                                        
  /* Assigns the fileref of mydir to the directory and opens the directory */                                                                    
  %let rc=%sysfunc(filename(filrf,&dir));                                                                                                
  %let did=%sysfunc(dopen(&filrf));                                                                                                      
                                                                                                                                        
  /* Returns the number of members in the directory */                                                                   
  %let memcnt=%sysfunc(dnum(&did));                                                                                                      
                                                                                                                                        
   /* Loops through entire directory */                                                                                                  
   %do i = 1 %to &memcnt;                                                                                                                
    
     /* Returns the extension from each file */                                                                                                                                    
     %let name=%qscan(%qsysfunc(dread(&did,&i)),-1,.);                                                                                   
                                                                                                                                        
     /* Checks to see if file contains an extension */                                                                                     
     %if %qupcase(%qsysfunc(dread(&did,&i))) ne %qupcase(&ext) %then %do;                                                                  
                                                                                                                                        
     /* Checks to see if the extension matches the parameter value */                                                                      
     /* If condition is true, submit PROC COPY statement  */                                                                      
     %if (%superq(ext) ne and %qupcase(&name) = %qupcase(&ext)) or                                                                       
         (%superq(ext) = and %superq(name) ne) %then %do;    
                                                                         
            libname old xport "&dir.\%qsysfunc(dread(&did,&i))"; 
        libname new "&out";
        proc copy in=old out=new;
        run;
     %end;                                                                                                                               
   %end; 
  %end; 
                                                                                                                                        
  /* Close the directory */                                                                                                            
  %let rc=%sysfunc(dclose(&did));                                                                                                        
/* END MACRO */                                                                                                                                           
%mend drive;   

/* Macro call */

/*First parameter is the source folder, the second parameter is extension being */
/*searched for, and the third parameter is the target directory for the         */
/*converted files.                                                              */

  %drive(D:\NHANES,xpt,D:\NHANES\)   /*前后修改為存放xpt數(shù)據(jù)集的硬盤位置,后一個(gè)多一斜杠*/

3. 下一期內(nèi)容預(yù)告
介紹數(shù)據(jù)集以及研究設(shè)計(jì)基礎(chǔ)知識(shí)及權(quán)重的使用

4. 參考內(nèi)容

郭曉娟, 田國(guó)祥, 等. NHANES項(xiàng)目介紹及數(shù)據(jù)提取流程.[J]. 中國(guó)循證心血管醫(yī)學(xué)雜志, 2019, 6(11):654-657.
https://wwwn.cdc.gov/nchs/data/tutorials/file_download_import_SAS.sas
https://support.sas.com/kb/33/918.html
https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm
https://www.reviversoft.com/zh-cn/file-extensions/xpt

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