昨天學習了一些linux的基本語言偎血，回顧一下：
pwd顯示當前路徑
mkdir 建立文件夾
ls 查看
rm 刪除
cd 進入目錄
vi 新建腳本
cat 查看
head/tail 輸出
cp 復制
mv移動/重命名
溫故而知新
今天學習linux環(huán)境下安裝軟件
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下載鏡像miniconda 清華：
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uname -a
#查看服務器的型號
mkdir biosoft
#創(chuàng)建一個存放軟件的文件夾
cd biosoft
#進入到biosoft文件夾中
wget http
#復制粘貼latest鏡像下載鏈接（善用tab鍵自動補全）
image.png
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安裝miniconda：
鍵入代碼開始安裝集畅，利用tab補全娘侍。
進行不下去的時候侠碧，注意按enter叠艳，yes之類的 -
激活miniconda：
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如果不成功就將miniconda目錄刪掉徐矩，從安裝重新開始掐隐，不需要重新下載鏡像腳本
- 添加鏡像
# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
一句一句鍵入或者整段鍵入都可以
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目前為止安裝conda完成，接下來可以在conda中安裝軟件了十气。
- 安裝軟件
conda list
#查看當前所有軟件列表
conda search fastqc
#搜索數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc
conda install fastqc -y
#自動安裝軟件励背，-y為自動安裝，也可以fastqc=0.11.7（版本號） -
conda remove fastqc -y
#卸載軟件
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- conda環(huán)境
同時進行幾個項目時砸西，不同項目需要某種軟件不同版本，這時候需要創(chuàng)建幾個平行空間，也可以理解為分身芹枷，就是conda enviroment
conda info --envs
#conda目前有哪些環(huán)境衅疙，前面加*的就是默認環(huán)境
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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#創(chuàng)建一個叫rna-seq的conda 環(huán)境，指定python版本為3鸳慈，并且在此環(huán)境中安裝fastqc和trimmomatic軟件
conda info --evns
#創(chuàng)建完成再次查看環(huán)境
image.png
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目前conda已經(jīng)有兩個分身了饱溢，目前默認的環(huán)境還是base
conda activate rna-seq
#激活新的conda環(huán)境，目前默認環(huán)境變成rna-seq了
fastqc
#查看該環(huán)境中走芋，軟件是否安裝成功绩郎，若顯示大段信息，為安裝成功
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總結(jié)今天的內(nèi)容翁逞，學會linux環(huán)境下的conda安裝肋杖，鏡像安裝，conda中軟件安裝和刪除挖函，conda環(huán)境的使用状植。注意其中的語言細節(jié)，還需要多熟悉怨喘，以后才能熟練應用這些命令津畸。
