來自俄羅斯研究人員開發(fā)了基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫：GTRD（Gene Transcription Regulation Database）熊赖，為轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究提供最全面的ChIP-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)資源来屠，并提供實(shí)用的轉(zhuǎn)錄因子與靶基因查詢功能。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic acids research》震鹉。
GTRD：基因轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)數(shù)據(jù)庫
ChIP-seq是一種廣泛用于識(shí)別給定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的技術(shù)俱笛。基于全球大量的ChIP-seq數(shù)據(jù)集積累传趾，已建立了一些專有數(shù)據(jù)庫迎膜。但是這些數(shù)據(jù)庫沒有集成來自不同ChIP-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)提供非冗余的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBSs）集。
為了彌補(bǔ)這個(gè)不足浆兰，研究人員開發(fā)了基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫：GTRD磕仅。GTRD從SRA、GEO簸呈、ENCODE等公共數(shù)據(jù)庫中收集轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的ChIP-seq數(shù)據(jù)榕订，采用標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行peak calling分析，并基于已有的轉(zhuǎn)錄因子motif數(shù)據(jù)蜕便，預(yù)測(cè)了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)卸亮。該數(shù)據(jù)庫自發(fā)布以來，一直在保持更新玩裙。
GTRD能做什么？
根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子搜索ChIP-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
用戶可根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子查詢相關(guān)ChIP-seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)段直，首頁點(diǎn)擊“Start”吃溅，搜索框輸入轉(zhuǎn)錄因子名稱，即可在下面窗口展示查詢結(jié)果鸯檬。
查詢基因上的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)
在高級(jí)搜索功能中决侈，用戶可根據(jù)基因和轉(zhuǎn)錄因子的信息，搜索轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)情況。
預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因
在高級(jí)搜索功能中赖歌，用戶還可根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的信息預(yù)測(cè)其靶基因枉圃，查詢結(jié)果以基因列表的形式反饋。
用戶可以根據(jù)9種物種信息+樣本類型/轉(zhuǎn)錄因子信息瀏覽GTRD中的數(shù)據(jù)庐冯。
GTRD首頁展示了最新的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)信息孽亲。
點(diǎn)擊首頁“download”按鈕可下載GTRD中的數(shù)據(jù)。
GTRD訪問地址：http://gtrd.biouml.org.
首發(fā)公號(hào)：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺(tái)
參考文獻(xiàn)
[1] Yevshin I,?Sharipov R,?Kolmykov S,?Kondrakhin Y,?Kolpakov F.GTRD: a database on gene transcription regulation-2019 update.Nucleic Acids Res.?2019 Jan 8;47(D1):D100-D105.
[2] Yevshin I,?Sharipov R,?Valeev T,?Kel A,?Kolpakov F.
GTRD: a?database?of?transcription factor?binding sites?identified?by?ChIP-seq?experiments. Nucleic Acids Res.?2017 Jan 4;45(D1):D61-D67.?
圖片來源：GTRD官網(wǎng)展父、參考文獻(xiàn)返劲，如有侵權(quán)請(qǐng)聯(lián)系刪除。
