安裝OrthorFinder可用conda進(jìn)行安裝拷获。
conda安裝在虛擬機(jī)中進(jìn)行安裝驰弄。參考文章賣萌哥的conda的安裝與使用（2019-6-28更新）http://www.reibang.com/p/edaa744ea47d
conda分為anaconda和miniconda懈糯。anaconda是包含一些常用包的版本（這里的常用不代表你常用 微笑.jpg）刹前，miniconda則是精簡(jiǎn)版为鳄，需要啥裝啥净宵，所以推薦使用miniconda。
使用命令如下：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下載Miniconda3最新版本
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #給執(zhí)行權(quán)限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #運(yùn)行
進(jìn)入Miniconda3/bin/activate
chmod 777 activate #給activate添加一下權(quán)限才能使用
. ./activate #這里的第一個(gè)點(diǎn)跟source是一樣的效果拒炎，啟動(dòng)conda
conda config--add channels bioconda #添加頻道bioconda挪拟、conda-forge、genomedk
conda config--add channels conda-forge
conda config--add channels genomedk
conda config--get channels?#查看已經(jīng)添加的channels
vim ~/.condarc?
miniconda安裝完成枝冀，安裝OrthorFinder
conda install orthorfinder
conda search??orthorfinder #搜索需要的安裝包
which orthorfinder #查看該軟件安裝的位置
?OrthorFinder進(jìn)行直系同源基因分析舞丛，參考文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/82638669
orthofinder -f Dataset_ directory #OrthoFinder所需的輸入數(shù)據(jù)很簡(jiǎn)單，把每個(gè)物種的蛋白序列放進(jìn)單獨(dú)的fasta文件中果漾，然后把這些fasta文件放到一個(gè)目錄下球切。fasta文件命名為對(duì)應(yīng)的物種名。
生成結(jié)果如下：
