對應(yīng)原版教程1-2章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/
一祝沸、關(guān)于OSCA
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1、教程內(nèi)容
- 這個系列教程詳細得梳理、總結(jié)了單細胞測序數(shù)據(jù)分析的常規(guī)流程以及常用的R包美尸。
- 作者希望讀者從這套教程中不僅能夠掌握單細胞數(shù)據(jù)分析知識點，而且能夠get到分析測序數(shù)據(jù)或者說生信數(shù)據(jù)的基本思路斟薇。
2师坎、章節(jié)組成
- 1~4章介紹了分析前的準備工作與基本技能；
- 5~24章詳細堪滨、全面得介紹了分析scRNA的各個環(huán)節(jié)胯陋；
- 25~42章是結(jié)合不同類型scRNA-seq數(shù)據(jù)，實戰(zhàn)演練分析流程袱箱。
3遏乔、作者
-
本系列教程作者為Robert Amezquita [aut], Aaron Lun [aut, cre], Stephanie Hicks [aut], Raphael Gottardo [aut]四位學者；
Authors - 教程的主要分析流程发笔，作者團隊在這篇paper中也有介紹：Amezquita, Robert A et al. “Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor.” Nature methods vol. 17,2 (2020): 137-145. doi:10.1038/s41592-019-0654-x https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7358058/
Pipeline from the paper
4盟萨、小提示
- 關(guān)于原版教程，可直接訪問http://bioconductor.org/books/release/OSCA/了讨。個人覺得英文要求不是很高捻激，較通俗易懂；
- 用到的R版本為4.0以上前计。4.0以下的R胞谭，在之后可能會遇到一些問題(我之前就遇到過)；
- 本教程使用的主要是SingleCellExperiment(sce)對象残炮，而非Seurat包里的Seurat對象韭赘，盡管后者也很常用。
作者謙虛势就、嚴謹?shù)乇硎颈窘坛逃玫降腞包并未包括所有scRNA-seq分析包泉瞻，并且并不能說本教程的流程一定是符合讀者手里的測序數(shù)據(jù)的最佳pipeline。但希望讀者在閱讀筆記之后苞冯，也能夠?qū)W到如何使用一個新的R包袖牙，如何根據(jù)自己的實際數(shù)據(jù)調(diào)整流程、參數(shù)等舅锄。
二鞭达、關(guān)于筆記
- 我是一個剛接觸生信不久的學生--小貝。希望通過總結(jié)上述教程的閱讀筆記，對單細胞數(shù)據(jù)分析有一個系統(tǒng)的學習畴蹭；
- 在筆記中坦仍，會力求簡明扼要的歸納章節(jié)知識點，并且適當加入自己的理解叨襟。示例代碼會在linux命令行的R里運行實操繁扎。若涉及到統(tǒng)計原理、生信基礎(chǔ)等知識點可能會再專門學習總結(jié)糊闽。
- 寫這個筆記在時間為2021年3月20日梳玫，參考的當前OSCA版本(1.0.6)參看上圖。目前設(shè)置目標是一周至少更一章右犹，希望自己能夠堅持學完提澎。
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最后一句話共勉：站在巨人的肩膀上看世界，學生信念链！
