Cell-Cell Interaction Database ：
https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6
Cell-Cell Interaction Database 描述了通過過濾已有的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)數(shù)據(jù)，細(xì)胞-細(xì)胞相互作用數(shù)據(jù)庫的自動構(gòu)建弦蹂。細(xì)胞間的相互作用對理解組織結(jié)構(gòu)很重要强窖。我們和其他人建立了細(xì)胞-細(xì)胞相互作用數(shù)據(jù)庫(1,2,3,4,5)。這個網(wǎng)站提供的資源代表了一套自動構(gòu)建的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用毕骡，它可以介導(dǎo)細(xì)胞-細(xì)胞間的通訊岩瘦，與我們之前建立的數(shù)據(jù)庫相比，這個數(shù)據(jù)庫得到了擴展叙凡。
受體來源：
配體來源：
GO編號背會了嗎握爷？
人工校正：
- 既不是受體也不是配體的基因被移除
- 分類錯誤的基因被移到正確的列表中(即在配體列表中找到受體严里，反之亦然)
最后：
受體- 1851個基因
配體- 1593個基因
ECM - 433基因
點擊下載吧：
cellphonedb
CellPhoneDB是一個可公開獲取的組織受體、配體及其相互作用的知識庫燥撞。配體和受體都包括亞基結(jié)構(gòu)迷帜，準(zhǔn)確地代表異構(gòu)體復(fù)合物。這是至關(guān)重要的戏锹，因為細(xì)胞和細(xì)胞之間的通信依賴于多亞基蛋白復(fù)合物，而這些蛋白復(fù)合物超出了大多數(shù)數(shù)據(jù)庫和研究中使用的表示荠察。
CellPhoneDB集成了現(xiàn)有數(shù)據(jù)集和新的人工審查信息。CellPhoneDB使用來自以下數(shù)據(jù)庫的信息:UniProt, Ensembl, PDB, IMEx聯(lián)盟盾碗，IUPHAR舀瓢。
CellPhoneDB可以用來搜索一個特定的配體/受體或查詢你自己的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。
cellchat：
http://www.cellchat.org/index_inner.html
CellChat Explorer包含兩個主要組件:
(a)配體-受體相互作用瀏覽器航缀，使我們的配體-受體相互作用數(shù)據(jù)庫的容易探索
(b)細(xì)胞-細(xì)胞通訊Atlas Explorer允許簡單的探索和信息溝通對于任何給定scRNA-seq數(shù)據(jù)集
我們發(fā)現(xiàn)其實受配體是某種通路的關(guān)鍵基因堰怨，于是我們可以：
GO：
http://amigo.geneontology.org/amigo/search/ontology?q=ligand%20receptor
落腳在pathway上备图，開心了嗎？
