IVIM,ADC和DKI是彌散磁共振圖像的三個彌散模型驾茴，并已廣泛應(yīng)用于胸腹部臟器的研究中盼樟。然而氢卡，針對這三種模型的軟件網(wǎng)上幾乎找不到。為了解決這個問題晨缴，本人寫了一個spm模塊译秦，專門用于處理這三種模型的數(shù)據(jù)。之所以寫成spm模塊击碗，是因為spm里面提供了NIFTI數(shù)據(jù)的讀寫和其他操作功能筑悴，另外spm模塊可以非常方便的進(jìn)行批處理。
準(zhǔn)備
軟件
- MATLAB： 2017b以上的版本
- SPM: spm12版本
數(shù)據(jù)
使用mricron軟件中的dcm2niigui.exe稍途，將圖像轉(zhuǎn)換成FSL/SPM8(4D NIfTI nii)阁吝。得到一個4D的DWI圖像，和記錄b值的bval文件械拍，bval文件后綴給成.txt突勇。
安裝和使用
DWI處理模塊装盯，可以從該地址下載。
此處假定甲馋，MATLAB安裝完成埂奈，并且spm12已經(jīng)正確安裝。
- 在MATLAB的命令窗口輸入以下命令定躏，spm軟件的啟動窗口：
spm fmri
- 點(diǎn)擊Quit旁邊的Batch账磺，啟動一個新的窗口,在這個窗口中，點(diǎn)擊File痊远，點(diǎn)擊Add Application垮抗，選擇提供給大家的spm模塊，里面的
cfg_dwi_master.m,然后點(diǎn)擊左下角的Done.
spm2.png
spm3.png
這時對比spm2.png拗引，可以在窗口的最上面多了一個叫做DWI Analysis的功能鍵借宵。
spm4.png - 點(diǎn)擊DWI Analysis，選擇要用的模塊矾削，比如壤玫，選擇IVIM analysis, 選擇IVIM module，模塊便被加載的窗口中哼凯，可以導(dǎo)入數(shù)據(jù)進(jìn)行分析：
spm5.png - 右邊框中欲间，
<-X指代的是這行需要輸入制定的數(shù)據(jù)，具體需要導(dǎo)入什么數(shù)據(jù)断部，可以在最下面灰色框中猎贴，看到提示。
IVIM[1][2][3]
- Image: 選擇4D DWI文件
- Mask: 選擇ROI圖像蝴光，指定處理的解剖范圍她渴，可用ITK-SNAP等軟件勾畫
- b value： 選擇記錄b值得text文件
- Fit type: 這個模塊提供了兩種處理方法，一種是seg蔑祟，一種是
bayes - bval threshold： 指定b值分析的閾值趁耗，這里指代簡化模型擬合時需要的范圍
- outName: 給一個輸出文件的名字
ADC和DKI
ADC和DKI的輸入?yún)?shù)與IVIM相比參數(shù)會少一些。具體輸入什么數(shù)據(jù)可以參考IVIM疆虚。
- 當(dāng)所有的數(shù)據(jù)輸入完成后苛败，左上角的箭頭會變成綠色，這時径簿，點(diǎn)擊箭頭罢屈，則開始數(shù)據(jù)分析。
結(jié)果
IVIM輸出的是一個4D的參數(shù)文件篇亭，第四維度分別是D缠捌， S0，f, Dstar译蒂。[4]
ADC輸出一個后綴為_ADC.nii的文件曼月。
DKI每一個參數(shù)會輸出一個文件肃叶，后綴分別是_D.nii與_K.nii。
下面介紹一下如何提取IVIM的參數(shù)值：
將生成的參數(shù)圖像導(dǎo)入到ITK-SNAP軟件中十嘿，在下圖箭頭所指的地方點(diǎn)擊因惭，選擇2/4，也就是顯示S0圖像绩衷，這個圖像通常解剖位置清晰蹦魔，可以用來勾畫ROI。勾畫想要計算的區(qū)域咳燕。勾畫完成后勿决，選擇Segmentation， 選擇Volumes and Statistics招盲，在彈出的窗口中低缩，就會顯示ROI內(nèi)每個參數(shù)的數(shù)值。
-
IVIM模型采用的別人的代碼曹货，如果使用該模塊處理數(shù)據(jù)務(wù)必引用下面的兩篇文章： ?
-
Gustafsson, Oscar et al. Impact of prior distributions and central tendency measures on Bayesian intravoxel incoherent motion model fitting. Magn Reson Med . 2018;79:1674–1683 ?
-
Jalnefjord, Oscar et al. Comparison of methods for estimation of the intravoxel incoherent motion (IVIM) diffusion coefficient (D) and perfusion fraction (f). MAGMA . 2018;31:715–723 ?
-
S0圖像是b=0的圖像 ?
