2022-11-23

(base) [songxh@mu01 ~]$ conda env create -f /home/songxh/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml -p /home/s                                                                                                    ongxh/miniconda3/envs/  HiC-Pro
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.12.0
  latest version: 22.9.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



Downloading and Extracting Packages
fonttools-4.38.0     | 1.9 MB    | ################################################################## | 100%
xyzservices-2022.9.0 | 38 KB     | ################################################################## | 100%
font-ttf-inconsolata | 94 KB     | ################################################################## | 100%
ncurses-6.2          | 985 KB    | ################################################################## | 100%
lzstring-1.0.4       | 6 KB      | ################################################################## | 100%
r-digest-0.6.29      | 208 KB    | ################################################################## | 100%
libsanitizer-9.5.0   | 6.9 MB    | ################################################################## | 100%
requests-2.28.1      | 53 KB     | ################################################################## | 100%
r-vctrs-0.4.1        | 1.2 MB    | ################################################################## | 100%
scikit-learn-1.1.3   | 8.3 MB    | ################################################################## | 100%
toolz-0.12.0         | 48 KB     | ################################################################## | 100%
libgfortran5-12.2.0  | 1.8 MB    | ################################################################## | 100%
krb5-1.17.2          | 1.4 MB    | ################################################################## | 100%
pillow-8.2.0         | 688 KB    | ################################################################## | 100%
r-cli-3.4.1          | 1.2 MB    | ################################################################## | 100%
gettext-0.21.1       | 4.1 MB    | ################################################################## | 100%
r-ps-1.7.1           | 323 KB    | ################################################################## | 100%
r-backports-1.4.1    | 110 KB    | ################################################################## | 100%
r-matrix-1.4_1       | 4.8 MB    | ################################################################## | 100%
libxcb-1.13          | 391 KB    | ################################################################## | 100%
r-gridbase-0.4_7     | 181 KB    | ################################################################## | 100%
libtiff-4.2.0        | 639 KB    | ################################################################## | 100%
icu-68.2             | 13.1 MB   | ################################################################## | 100%
xz-5.2.6             | 409 KB    | ################################################################## | 100%
gcc_linux-64-9.5.0   | 25 KB     | ################################################################## | 100%
locket-1.0.0         | 8 KB      | ################################################################## | 100%
setuptools-65.5.1    | 731 KB    | ################################################################## | 100%
cffi-1.14.6          | 226 KB    | ################################################################## | 100%
humanfriendly-10.0   | 119 KB    | ################################################################## | 100%
libev-4.33           | 104 KB    | ################################################################## | 100%
libblas-3.9.0        | 13 KB     | ################################################################## | 100%
python-3.8.10        | 26.2 MB   | ################################################################## | 100%
colormath-3.0.0      | 34 KB     | ################################################################## | 100%
distributed-2022.11. | 761 KB    | ################################################################## | 100%
r-waldo-0.4.0        | 109 KB    | ################################################################## | 100%
xorg-xextproto-7.3.0 | 28 KB     | ################################################################## | 100%
pcre-8.45            | 253 KB    | ################################################################## | 100%
libgomp-12.2.0       | 455 KB    | ################################################################## | 100%
pyyaml-6.0           | 183 KB    | ################################################################## | 100%
h5py-3.3.0           | 1.4 MB    | ################################################################## | 100%
libbrotlidec-1.0.9   | 33 KB     | ################################################################## | 100%
cached-property-1.5. | 4 KB      | ################################################################## | 100%
xorg-libxau-1.0.9    | 13 KB     | ################################################################## | 100%
urllib3-1.26.11      | 102 KB    | ################################################################## | 100%
r-praise-1.0.0       | 24 KB     | ################################################################## | 100%
pysam-0.16.0.1       | 2.7 MB    | ################################################################## | 100%
pygments-2.13.0      | 821 KB    | ################################################################## | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 675 KB    | ################################################################## | 100%
xorg-libx11-1.7.2    | 941 KB    | ################################################################## | 100%
binutils_impl_linux- | 4.7 MB    | ################################################################## | 100%
bowtie2-2.4.4        | 15.1 MB   | ################################################################## | 100%
msgpack-python-1.0.4 | 90 KB     | ################################################################## | 100%
libglib-2.68.4       | 3.0 MB    | ################################################################## | 100%
r-fs-1.5.2           | 554 KB    | ################################################################## | 100%
idna-3.4             | 55 KB     | ################################################################## | 100%
r-pkgconfig-2.0.3    | 25 KB     | ################################################################## | 100%
r-lifecycle-1.0.2    | 110 KB    | ################################################################## | 100%
r-rcolorbrewer-1.1_2 | 64 KB     | ################################################################## | 100%
r-mgcv-1.8_40        | 3.0 MB    | ################################################################## | 100%
python_abi-3.8       | 6 KB      | ################################################################## | 100%
tbb-2020.2           | 1.4 MB    | ################################################################## | 100%
readline-8.1         | 295 KB    | ################################################################## | 100%
cytoolz-0.12.0       | 397 KB    | ################################################################## | 100%
future-0.18.2        | 356 KB    | ################################################################## | 100%
heapdict-1.0.1       | 7 KB      | ################################################################## | 100%
gcc_impl_linux-64-9. | 43.5 MB   | ################################################################## | 100%
xorg-kbproto-1.0.7   | 27 KB     | ################################################################## | 100%
liblapack-3.9.0      | 13 KB     | ################################################################## | 100%
pyfaidx-0.7.1        | 32 KB     | ################################################################## | 100%
samtools-1.12        | 386 KB    | ################################################################## | 100%
sortedcontainers-2.4 | 26 KB     | ################################################################## | 100%
r-withr-2.5.0        | 240 KB    | ################################################################## | 100%
libuuid-2.32.1       | 28 KB     | ################################################################## | 100%
pytz-2022.6          | 235 KB    | ################################################################## | 100%
r-pkgload-1.3.0      | 191 KB    | ################################################################## | 100%
r-diffobj-0.3.5      | 1.0 MB    | ################################################################## | 100%
r-tibble-3.1.8       | 695 KB    | ################################################################## | 100%
wheel-0.38.4         | 32 KB     | ################################################################## | 100%
coloredlogs-15.0.1   | 40 KB     | ################################################################## | 100%
commonmark-0.9.1     | 46 KB     | ################################################################## | 100%
openjpeg-2.4.0       | 444 KB    | ################################################################## | 100%
python-lzo-1.14      | 20 KB     | ################################################################## | 100%
asciitree-0.3.3      | 6 KB      | ################################################################## | 100%
harfbuzz-3.0.0       | 2.0 MB    | ################################################################## | 100%
r-processx-3.7.0     | 330 KB    | ################################################################## | 100%
font-ttf-source-code | 684 KB    | ################################################################## | 100%
pairix-0.3.7         | 100 KB    | ################################################################## | 100%
click-8.1.3          | 74 KB     | ################################################################## | 100%
jpeg-9e              | 269 KB    | ################################################################## | 100%
bwidget-1.9.14       | 120 KB    | ################################################################## | 100%
cloudpickle-2.2.0    | 25 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-libxrender-0.9. | 32 KB     | ################################################################## | 100%
spectra-0.0.11       | 19 KB     | ################################################################## | 100%
libopenblas-0.3.21   | 10.1 MB   | ################################################################## | 100%
gsl-2.6              | 3.2 MB    | ################################################################## | 100%
cryptography-38.0.3  | 1.6 MB    | ################################################################## | 100%
make-4.3             | 507 KB    | ################################################################## | 100%
_r-mutex-1.0.1       | 3 KB      | ################################################################## | 100%
libstdcxx-devel_linu | 9.9 MB    | ################################################################## | 100%
r-rematch2-2.1.2     | 52 KB     | ################################################################## | 100%
pandas-1.5.1         | 13.2 MB   | ################################################################## | 100%
r-lattice-0.20_45    | 1.1 MB    | ################################################################## | 100%
multiprocess-0.70.14 | 212 KB    | ################################################################## | 100%
libiconv-1.17        | 1.4 MB    | ################################################################## | 100%
olefile-0.46         | 32 KB     | ################################################################## | 100%
psutil-5.9.4         | 348 KB    | ################################################################## | 100%
fribidi-1.0.10       | 112 KB    | ################################################################## | 100%
sysroot_linux-64-2.1 | 31.4 MB   | ################################################################## | 100%
zlib-1.2.13          | 92 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-libxext-1.3.4   | 54 KB     | ################################################################## | 100%
pyvcf3-1.0.3         | 957 KB    | ################################################################## | 100%
cairo-1.16.0         | 1.5 MB    | ################################################################## | 100%
six-1.16.0           | 14 KB     | ################################################################## | 100%
r-viridislite-0.4.1  | 1.3 MB    | ################################################################## | 100%
r-scales-1.2.1       | 611 KB    | ################################################################## | 100%
pixman-0.40.0        | 627 KB    | ################################################################## | 100%
xorg-libice-1.0.10   | 58 KB     | ################################################################## | 100%
tktable-2.10         | 89 KB     | ################################################################## | 100%
r-desc-1.4.2         | 332 KB    | ################################################################## | 100%
tornado-6.1          | 645 KB    | ################################################################## | 100%
lzo-2.10             | 314 KB    | ################################################################## | 100%
expat-2.5.0          | 189 KB    | ################################################################## | 100%
iced-0.5.10          | 2.0 MB    | ################################################################## | 100%
cached_property-1.5. | 11 KB     | ################################################################## | 100%
ca-certificates-2022 | 150 KB    | ################################################################## | 100%
libssh2-1.10.0       | 234 KB    | ################################################################## | 100%
r-utf8-1.2.2         | 162 KB    | ################################################################## | 100%
pthread-stubs-0.4    | 5 KB      | ################################################################## | 100%
pysocks-1.7.1        | 19 KB     | ################################################################## | 100%
pcre2-10.36          | 1.1 MB    | ################################################################## | 100%
biopython-1.76       | 2.6 MB    | ################################################################## | 100%
libcurl-7.76.1       | 328 KB    | ################################################################## | 100%
zict-2.2.0           | 20 KB     | ################################################################## | 100%
r-magrittr-2.0.3     | 215 KB    | ################################################################## | 100%
lz4-4.0.2            | 36 KB     | ################################################################## | 100%
certifi-2022.9.24    | 155 KB    | ################################################################## | 100%
perl-5.32.1          | 14.4 MB   | ################################################################## | 100%
fonts-conda-forge-1  | 4 KB      | ################################################################## | 100%
libnghttp2-1.47.0    | 808 KB    | ################################################################## | 100%
freetype-2.12.1      | 884 KB    | ################################################################## | 100%
dask-core-2022.11.0  | 861 KB    | ################################################################## | 100%
r-brio-1.1.3         | 40 KB     | ################################################################## | 100%
sed-4.8              | 264 KB    | ################################################################## | 100%
r-isoband-0.2.5      | 1.8 MB    | ################################################################## | 100%
libgfortran-ng-12.2. | 22 KB     | ################################################################## | 100%
r-ellipsis-0.3.2     | 42 KB     | ################################################################## | 100%
r-munsell-0.5.0      | 247 KB    | ################################################################## | 100%
python-dateutil-2.8. | 240 KB    | ################################################################## | 100%
r-labeling-0.4.2     | 67 KB     | ################################################################## | 100%
libbrotlicommon-1.0. | 66 KB     | ################################################################## | 100%
libwebp-base-1.2.4   | 404 KB    | ################################################################## | 100%
libpng-1.6.39        | 276 KB    | ################################################################## | 100%
gxx_impl_linux-64-9. | 10.6 MB   | ################################################################## | 100%
libffi-3.3           | 51 KB     | ################################################################## | 100%
packaging-21.3       | 36 KB     | ################################################################## | 100%
openssl-1.1.1s       | 2.1 MB    | ################################################################## | 100%
r-ggplot2-3.3.5      | 4.0 MB    | ################################################################## | 100%
gfortran_linux-64-9. | 24 KB     | ################################################################## | 100%
libcblas-3.9.0       | 13 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-libxdmcp-1.1.3  | 19 KB     | ################################################################## | 100%
kiwisolver-1.4.4     | 76 KB     | ################################################################## | 100%
simplejson-3.18.0    | 105 KB    | ################################################################## | 100%
hdf5-1.10.6          | 3.1 MB    | ################################################################## | 100%
libgcc-ng-12.2.0     | 931 KB    | ################################################################## | 100%
libgcc-devel_linux-6 | 4.0 MB    | ################################################################## | 100%
charset-normalizer-2 | 36 KB     | ################################################################## | 100%
yaml-0.2.5           | 87 KB     | ################################################################## | 100%
munkres-1.1.4        | 12 KB     | ################################################################## | 100%
networkx-2.8.8       | 1.6 MB    | ################################################################## | 100%
threadpoolctl-3.1.0  | 18 KB     | ################################################################## | 100%
contourpy-1.0.6      | 234 KB    | ################################################################## | 100%
multiqc-1.11         | 922 KB    | ################################################################## | 100%
libbrotlienc-1.0.9   | 288 KB    | ################################################################## | 100%
c-ares-1.18.1        | 113 KB    | ################################################################## | 100%
bx-python-0.8.11     | 1.1 MB    | ################################################################## | 100%
brotli-bin-1.0.9     | 20 KB     | ################################################################## | 100%
cycler-0.11.0        | 10 KB     | ################################################################## | 100%
binutils_linux-64-2. | 24 KB     | ################################################################## | 100%
typing_extensions-4. | 29 KB     | ################################################################## | 100%
font-ttf-dejavu-sans | 388 KB    | ################################################################## | 100%
curl-7.76.1          | 149 KB    | ################################################################## | 100%
r-mass-7.3_58.1      | 1.1 MB    | ################################################################## | 100%
lcms2-2.12           | 443 KB    | ################################################################## | 100%
libnsl-2.0.0         | 31 KB     | ################################################################## | 100%
pyparsing-3.0.9      | 79 KB     | ################################################################## | 100%
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ################################################################## | 100%
brotli-1.0.9         | 18 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-libsm-1.2.3     | 26 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-renderproto-0.1 | 9 KB      | ################################################################## | 100%
libdeflate-1.7       | 67 KB     | ################################################################## | 100%
dask-2022.11.0       | 6 KB      | ################################################################## | 100%
font-ttf-ubuntu-0.83 | 1.9 MB    | ################################################################## | 100%
libedit-3.1.20191231 | 121 KB    | ################################################################## | 100%
r-jsonlite-1.8.0     | 960 KB    | ################################################################## | 100%
dill-0.3.6           | 81 KB     | ################################################################## | 100%
r-gtable-0.3.1       | 174 KB    | ################################################################## | 100%
brotlipy-0.7.0       | 342 KB    | ################################################################## | 100%
r-rprojroot-2.0.3    | 115 KB    | ################################################################## | 100%
r-farver-2.1.1       | 1.4 MB    | ################################################################## | 100%
bzip2-1.0.8          | 484 KB    | ################################################################## | 100%
xorg-libxt-1.2.1     | 375 KB    | ################################################################## | 100%
dataclasses-0.8      | 10 KB     | ################################################################## | 100%
r-fansi-1.0.3        | 323 KB    | ################################################################## | 100%
pycparser-2.21       | 100 KB    | ################################################################## | 100%
r-rcpp-1.0.9         | 2.0 MB    | ################################################################## | 100%
cooler-0.8.11        | 77 KB     | ################################################################## | 100%
gfortran_impl_linux- | 14.6 MB   | ################################################################## | 100%
r-colorspace-2.0_3   | 2.5 MB    | ################################################################## | 100%
r-nlme-3.1_159       | 2.3 MB    | ################################################################## | 100%
kernel-headers_linux | 707 KB    | ################################################################## | 100%
graphite2-1.3.13     | 102 KB    | ################################################################## | 100%
libstdcxx-ng-12.2.0  | 4.3 MB    | ################################################################## | 100%
htslib-1.12          | 2.1 MB    | ################################################################## | 100%
bokeh-3.0.2          | 11.9 MB   | ################################################################## | 100%
r-base-4.0.3         | 23.7 MB   | ################################################################## | 100%
partd-1.3.0          | 18 KB     | ################################################################## | 100%
libxml2-2.9.12       | 772 KB    | ################################################################## | 100%
zipp-3.10.0          | 14 KB     | ################################################################## | 100%
rich-12.6.0          | 170 KB    | ################################################################## | 100%
r-pillar-1.8.1       | 672 KB    | ################################################################## | 100%
libzlib-1.2.13       | 64 KB     | ################################################################## | 100%
fonts-conda-ecosyste | 4 KB      | ################################################################## | 100%
scipy-1.7.0          | 21.8 MB   | ################################################################## | 100%
pango-1.48.10        | 403 KB    | ################################################################## | 100%
fontconfig-2.14.1    | 365 KB    | ################################################################## | 100%
tblib-1.7.0          | 15 KB     | ################################################################## | 100%
pip-22.3.1           | 1.5 MB    | ################################################################## | 100%
markdown-3.4.1       | 65 KB     | ################################################################## | 100%
joblib-1.2.0         | 205 KB    | ################################################################## | 100%
pyopenssl-22.1.0     | 122 KB    | ################################################################## | 100%
importlib-metadata-5 | 23 KB     | ################################################################## | 100%
matplotlib-base-3.6. | 7.5 MB    | ################################################################## | 100%
unicodedata2-15.0.0  | 497 KB    | ################################################################## | 100%
lz4-c-1.9.3          | 179 KB    | ################################################################## | 100%
r-callr-3.7.2        | 427 KB    | ################################################################## | 100%
r-evaluate-0.16      | 85 KB     | ################################################################## | 100%
sqlite-3.37.0        | 1.5 MB    | ################################################################## | 100%
numpy-1.21.1         | 6.2 MB    | ################################################################## | 100%
markupsafe-2.1.1     | 22 KB     | ################################################################## | 100%
r-crayon-1.5.1       | 164 KB    | ################################################################## | 100%
zstd-1.4.9           | 431 KB    | ################################################################## | 100%
r-glue-1.6.2         | 154 KB    | ################################################################## | 100%
gxx_linux-64-9.5.0   | 25 KB     | ################################################################## | 100%
_openmp_mutex-4.5    | 23 KB     | ################################################################## | 100%
xorg-xproto-7.0.31   | 73 KB     | ################################################################## | 100%
tk-8.6.12            | 3.3 MB    | ################################################################## | 100%
fsspec-2022.11.0     | 96 KB     | ################################################################## | 100%
jinja2-3.1.2         | 99 KB     | ################################################################## | 100%
r-r6-2.5.1           | 89 KB     | ################################################################## | 100%
r-testthat-3.1.4     | 1.6 MB    | ################################################################## | 100%
r-rlang-1.0.6        | 1.5 MB    | ################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate /home/songxh/miniconda3/envs
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(base) [songxh@mu01 ~]$

PREFIX = /home/songxh/miniconda3/envs/bin
BOWTIE2_PATH = /home/songxh/miniconda3/envs/bin/bowtie2
SAMTOOLS_PATH = /home/songxh/miniconda3/envs/bin/samtools
R_PATH = /home/songxh/miniconda3/envs/bin/R
PYTHON_PATH = /home/songxh/miniconda3/envs/bin/python
CLUSTER_SYS = TORQUE

make configure

make

Hic Pro 使用 HiC Pro 環(huán)境配置及使用 - 騰訊云開(kāi)發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)

如果已經(jīng)完成 config-hicpro.txt 的相關(guān)配置和文件的生成文捶，可跳過(guò) 參數(shù)文件 章節(jié)踱阿。
參數(shù)文件

生成 bowtie2 index 文件笨奠。

bowtie2-build --threads 16 /home/songxh/Rwork/wsw/00ref/1270.build_all2.fa shuiniuhic
shuiniuhic 為生成文件的前綴

生成genome.sizes文件

1.整理基因組文件仁连，生成 bed 文件

/home/songxh/software/HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py 1270.build_all2.fa -r dpnii -o shuiniuhic_dpnii.bed
#/HiC-Pro-3.1.0 為 HiC Pro 所在目錄千扶，可根據(jù) 使用章節(jié)中的介紹判斷，例子中為 Docker 環(huán)境中的所做目錄读拆。
#-o 為生成 bed 文件的文件名

2.建立 .fai 文件痢虹，根據(jù)這個(gè) .fai 文件和原始的 fasta 文件， 能夠快速的提取任意區(qū)域的序列梯皿。
該命令對(duì)輸入的 fasta 序列有一定要求：對(duì)于每條序列仇箱，除了最后一行外， 其他行的長(zhǎng)度必須相同东羹。

samtools faidx 1270.build_all2.fa
#生成的文件名為 fasta 文件的文件名加 .fai 文件后綴剂桥，如上例子中得到:1270.build_all2.fa.fai

3.根據(jù) fai 文件，提取 基因?qū)φ战M属提，即 .sizes 文件

awk '{print $1"\t" $2}' 1270.build_all2.fa.fai >genome.sizes

如果你拿到的是 bam 文件渊额，需要生產(chǎn) fastq 文件，可通過(guò)下面的文件生成 fastq 文件垒拢。

bedtools bamtofastq -i E234_R1_2.hicup.bam -fq E234_R1_2.fastq

HiC-Pro/UTILS.md at master ·nservant/HiC-Pro ·GitHub

/home/songxh/software/HiC-Pro-3.1.0/bin/utils/digest_genome.py -r dpnii -o shuiniu_dpnii.bed 1270.build_all2.fa
#Analyzing 1270.build_all2.fa
#Restriction site(s) GATC    #識(shí)別位點(diǎn)
#Offset(s) 0
#chr1...
#chr8...

利用Homer進(jìn)行motif分析–從實(shí)戰(zhàn)到原理 | Public Library of Bioinformatics (plob.org)
Releases · nservant/HiC-Pro (github.com)
conda安裝Hic-Pro - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

hicpro分步走 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
HiC數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)之Hic-pro - 騰訊云開(kāi)發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)
科學(xué)網(wǎng)—HiCPro分析流程詳解 - 盧銳的博文 (sciencenet.cn)
HiCPro分析流程及結(jié)果解讀 - BPSO_mynotes - 博客園 (cnblogs.com)

HiC-Pro使用

其實(shí)HIiC-Pro的使用方法簡(jiǎn)單來(lái)講主要有三個(gè)參數(shù):

HiC-Pro -c config-hicpro.txt -o analysis -i data
/home/songxh/software/HiC-Pro-3.1.0/bin/HiC-Pro -c /home/songxh/software/HiC-Pro-3.1.0/config-hicpro.txt -o /home/songxh/cres/H/10output -i /home/songxh/cres/H/01data
$ /usr/local/bin/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro -i path/data -c path/config-hicpro.txt -o path/outfile
#-i 輸入的是fastq文件所在路徑，需要注意的是：文件路徑是指fastq文件所在位置的上兩層
#-c 為HiC-Pro的config-hicpro.txt 文件所在路徑
#-o 為輸出文件路徑
**-i時(shí)火惊，路徑只需寫到 PATH/data 即可求类！**

conda activate /home/songxh/miniconda3/envs

hicpro分步走

ref1：github: https://github.com/nservant/HiC-Pro

ref2: 說(shuō)明書：http://nservant.github.io/HiC-Pro/

ref3：谷歌論壇：https://groups.google.com/forum/?nomobile=true#!forum/hic-pro

完整

HiC-Pro -i test_data -o hicpro_output -c config.txt

step1：mapping：

HiC-Pro -i test_data -o hicpro_output -c config.txt -s mapping
#生成：hicpro_output/bowtie_results/bwt2/dixon_2M/ {bwt2 bwt2_global bwt2_local}

step2：proc_hic

HiC-Pro -i hicpro_output/bowtie_results/bwt2/ -o hicpro_output/ -c config.txt -s proc_hic
#生成：hicpro_output/hic_results/data/dixon_2M（各種pairs文件）
#要求：只要在目錄下有R1/R2兩個(gè)比對(duì)好的bam文件即可

step3：quality_checks

HiC-Pro -i hicpro_output/hic_results/data/ -o hicpro_output/ -c config.txt -s quality_checks
#生成： hicpro_output/hic_results/pic/dixon_2M/xxx.pdf

build_contact_maps

cp hicpro_output/hic_results/data/dixon_2M/SRR400264_00_GRCh37.bwt2pairs.validPairs hicpro_output/hic_results/data/dixon_2M/SRR400264.allValidPairs
#因?yàn)樾枰蠿XX.allValidPairs
HiC-Pro -i hicpro_output/hic_results/data/ -o hicpro_output/ -c config.txt -s build_contact_maps
#生成：hicpro_output/hic_results/matrix/dixon_2M/raw/50000/XXX.matrix

step5：ice_norm

HiC-Pro -i hicpro_output/hic_results/matrix/ -o hicpro_output/ -c config.txt -s ice_norm
#生成：hicpro_output/ice_norm/hic_results/matrix/dixon_2M/iced/50000/XXX.matrix
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