最近接到一個(gè)任務(wù)要搭建一個(gè)pipline些楣，以往都是使用bash加上python脂凶，R搭建一個(gè)就好了，但是最近想要規(guī)范一點(diǎn)寫愁茁，所以便研究一下nextflow蚕钦，方便以后的維護(hù)
其實(shí)關(guān)于pipeline的搭建，起碼有四種框架
pipeline大全
[review of bioinformatic pipeline frameworks | Briefings in Bioinformatics | Oxford Academic (oup.com)]
框架搭建的三個(gè)關(guān)鍵: 使用隱式或顯式語法鹅很，使用配置嘶居、約定或基于類的設(shè)計(jì)范例，以及提供命令行或工作臺(tái)接口促煮。（using an implicit or explicit syntax, using a configuration, convention or class-based design paradigm and offering a command line or workbench interface.）
(https://academic.oup.com/bib/article/18/3/530/2562749?login=false)
Implicit convention frameworks（隱式約定框架）
隱式框架在擴(kuò)展其功能時(shí)保留 Make 引入的隱式通配符習(xí)慣用法邮屁，通常是利用 Python 等功能齊全的腳本語言來實(shí)現(xiàn)規(guī)則內(nèi)外的邏輯。
Snakemake 構(gòu)建在 Make 的隱式或基于通配符的邏輯之上菠齿，同時(shí)通過允許 Python 與 DSL 一起穿過管道來擴(kuò)展其功能佑吝。一些隱式框架，比如 Nextflow ( http://Nextflow.io ) 绳匀，提供了一些工具來抽象和管理文件名到全局變量中芋忿，以減少模糊性炸客。BigDataScript 是一個(gè)獨(dú)立的 DSL，它為實(shí)現(xiàn)管道邏輯提供了自己的獨(dú)立于語言的語法戈钢。
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Explicit frameworks（明確的框架）
基于步驟銜接
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Configuration frameworks（配置框架）
根據(jù)配置文件的格式比如XML,然后使用一系列的文本解析器來
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Class-based frameworks（基于類的框架）
一些高性能的工作流語言是以基于類的純語言方式實(shí)現(xiàn)的痹仙。盡管這些框架表面上可能類似于基于 dsl (domain-specific language)的框架，但基于類的實(shí)現(xiàn)通常緊密地綁定到現(xiàn)有的代碼庫殉了，而不是各種可執(zhí)行文件开仰。比如gatk
工作臺(tái)
最流行的生物信息學(xué)服務(wù)器工作臺(tái)是 Galaxy 和 Taverna
