#!usr/bin/bash
# Input and output file paths
INPUT_BED="outs/reads.bed.gz"
OUTPUT_BIGWIG="outs/reads.bw"
CHROM_SIZES="genome.sizes"
# Temporary files
TEMP_BEDGRAPH="temp.bedgraph"
# Check if required tools are installed
command -v bedtools >/dev/null 2>&1 || { echo >&2 "bedtools is required but not installed. Aborting."; exit 1; }
command -v bedGraphToBigWig >/dev/null 2>&1 || { echo >&2 "bedGraphToBigWig is required but not installed. Aborting."; exit 1; }
# Step 1: Convert BED to bedGraph
echo "Converting BED to bedGraph..."
zcat "$INPUT_BED" | bedtools genomecov -bg -i stdin -g "$CHROM_SIZES" > "$TEMP_BEDGRAPH"
# Step 2: Sort the bedGraph file
echo "Sorting bedGraph..."
LC_COLLATE=C sort -k1,1 -k2,2n "$TEMP_BEDGRAPH" -o "$TEMP_BEDGRAPH"
# Step 3: Convert bedGraph to bigWig
echo "Converting bedGraph to bigWig..."
bedGraphToBigWig "$TEMP_BEDGRAPH" "$CHROM_SIZES" "$OUTPUT_BIGWIG"
# Clean up temporary files
rm "$TEMP_BEDGRAPH"
echo "Conversion complete. BigWig file created at $OUTPUT_BIGWIG"
2024-10-19 bed轉(zhuǎn)換為bw文件
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