本文具體介紹生物信息學(xué)分析中最常用的群體結(jié)構(gòu)展示圖形——系統(tǒng)發(fā)育樹鳖眼，分為兩部分進(jìn)行說明：系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念和系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建。

全文重點(diǎn):

第一部分

系統(tǒng)發(fā)育樹是描述物種間進(jìn)化關(guān)系的一種圖形钦讳，樹的結(jié)果是通過算法推測的，并不一定是絕對真實(shí)的情況缚去。
系統(tǒng)發(fā)育樹中的分支反映了物種是如何從一系列共同祖先進(jìn)化而來的琼开。
在系統(tǒng)發(fā)育樹中易结，如果兩個(gè)物種的共同祖先較近柜候，則它們之間的相關(guān)性高；如果它們的共同祖先較遠(yuǎn)鹦肿，則兩個(gè)物種的相關(guān)性小辅柴。
系統(tǒng)發(fā)育樹有很多種形式。各分支繞節(jié)點(diǎn)旋轉(zhuǎn)所傳達(dá)的信息不會改變碌嘀。

第二部分

如何構(gòu)建一棵發(fā)表級系統(tǒng)發(fā)育樹？
我的生產(chǎn)力工具开泽。

基本概念：

系統(tǒng)發(fā)育樹（英文：Phylogenetic tree）又稱為進(jìn)化樹（Evolutionary tree）魁瞪，是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間進(jìn)化關(guān)系的樹惠呼。是一種親緣分支分類方法（Cladogram）峦耘。在樹中，每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表其各分支的最近共同祖先辅髓，而節(jié)點(diǎn)間的線段長度對應(yīng)演化距離（如估計(jì)的演化時(shí)間）。

進(jìn)化關(guān)系——祖先矫付？

當(dāng)我們繪制系統(tǒng)發(fā)育樹時(shí)第焰，我們預(yù)設(shè)了一個(gè)關(guān)于一組物種（或其他群體）如何從共同祖先進(jìn)化而來的最佳假設(shè)。這種假設(shè)是基于我們已經(jīng)收集到的挺举，有關(guān)一組物種的信息，如物理特征脂崔、DNA序列和蛋白序列之類的信息梧喷。

在系統(tǒng)發(fā)育樹中砌左，用于研究的物種或者是其他群體都位于進(jìn)化枝的末端伤柄，如下圖所示文搂，A、B笔喉、C、D和E為五個(gè)物種常挚，都放在了各分支的末端。

進(jìn)化枝

系統(tǒng)發(fā)育樹分支連接的模式奄毡，代表我們對樹中物種如何從一系列共同祖先進(jìn)化而來的理解贝或。每個(gè)分支點(diǎn)（也稱為內(nèi)部節(jié)點(diǎn)）表示發(fā)散事件锐秦，也可以理解成將某個(gè)組拆分為兩個(gè)后代組盗忱。簡單說就是，每個(gè)分支點(diǎn)之上的部分都是在從該分支點(diǎn)下所有物種的最近共同祖先扇谣。例如闲昭，在產(chǎn)生物種A和B的分支點(diǎn)上，我們可以找到這兩個(gè)物種的最新共同祖先序矩。在樹根上方的分支點(diǎn)，我們可以找到樹中所有物種的共同祖先（物種A楞慈，B，C囊蓝，D和E）令蛉。

分支連接模式

進(jìn)化關(guān)系——物種之間的關(guān)系

在系統(tǒng)樹中，兩個(gè)物種的相關(guān)性具有非常特殊的含義蝎宇。我們先用一種非常簡單的方法來找到一組物種的最近共同祖先祷安。在這種方法中，我們從兩個(gè)感興趣的物種的枝末端開始汇鞭，然后向后走，直到找到物種線會聚的點(diǎn)台囱，所走過的距離可以看成兩個(gè)物種共同祖先的出現(xiàn)時(shí)間读整，距離越短，共同祖先出現(xiàn)的時(shí)間越近，反之亦然豺总。

知道了這個(gè)關(guān)鍵法則择懂，我們就可以看出兩個(gè)物種之間的相關(guān)性喻喳。如果兩個(gè)物種的共同祖先較近困曙，則它們的關(guān)聯(lián)性高；如果它們的共同祖先較遠(yuǎn)蹦哼，則兩個(gè)物種的關(guān)聯(lián)性較小要糊。例如，從圖上看锄俄，我們可以說A和B的關(guān)系比B和C的關(guān)系更緊密。但是鱼填！我們不能判斷A和B是否比C和D更緊密相關(guān)毅戈。這是因?yàn)槟J(rèn)情況下，樹的水平軸并不直接表示時(shí)間苇经。因此，我們只能比較發(fā)生在同一譜系（與樹根相同方向的直線）上分支事件的發(fā)生時(shí)間扇单，而不能比較發(fā)生在不同譜系上分支事件的發(fā)生時(shí)間。