[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--散點(diǎn)圖+箱線圖組合圖

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代碼部分：

導(dǎo)入相關(guān)包和數(shù)據(jù)

library(ggExtra)
library(ggplot2)
#### 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
cdata <- read.csv("20221128.input.csv", header = T)
cdata[1:5,1:6]

> cdata[1:5,1:6]
           ID COINF First Second             matches  maj_or_min
1 21228183801  TRUE  39.0   38.0 Delta/Omicron(BA.1) Discordance
2 21228537801  TRUE  41.5   20.0 Delta/Omicron(BA.1)   Secundary
3 21229656701  TRUE   9.0   10.0 Delta/Omicron(BA.1)   Secundary
4 21229689701  TRUE   5.0    5.5 Delta/Omicron(BA.1)   Secundary
5 21229716701  TRUE  34.0   33.0 Delta/Omicron(BA.1)   Secundary

繪制基礎(chǔ)圖形

ggplot(cdata[cdata$COINF,], aes(x=First, y=Second))+
  geom_point(aes(shape=maj_or_min,color=matches),alpha=0.9) +
  xlab("Relative abundance of minor lineage\nin First Replicate (%)") + 
  ylab("Relative abundance of minor lineage\nin Second Replicate (%)"

添加中位線

geom_abline(intercept = 0, slope = 1,linetype =  "dotted", alpha = 0.5, inherit.aes = FALSE) +
  geom_hline(yintercept = 5,linetype =  "dotted", alpha = 0.5) +
  geom_vline(xintercept = 5,linetype =  "dotted", alpha = 0.5)

修改部分參數(shù)和添加主題

xlim(c(0,50)) + ylim(c(0,50))+
  theme_bw() + scale_color_npg(drop=FALSE)

添加箱線圖，使用ggMarginal（）函數(shù)

ggMarginal(p, type="boxplot",size=10)

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者

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